Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis Daha Etkili Aşı, Anti-viral Molekül, Survilas Geliştirilmesi için Rekombinant ve Rekombinant Olmayan Omicron-SARS-CoV2 Alt Soylarının Moleküler Evrimlerinin Biyoinformatik ve İstatistiksel Yöntemler ile Analiz Edilmesi(2025) Arlı, Meliscan; Sezgin, Efe; Eraltuğ, Nur Başak SürmeliCOVID-19'un ortaya çıkmasıyla birlikte SARS-CoV-2 virüsü birçok değişim geçirmiştir ve bunun sonucunda Alfa, Beta, Gama, Delta ve Omikron gibi çeşitli varyantlar ortaya çıkmıştır. Şu anda tespit edilen varyantların hepsi Omikron varyantına aittir ve en yüksek bulaşıcılık ile bildirilen varyant olma özelliğini sürdürmektedir. Bunun yanında, rekombinant suşlar da virüsün evriminde ve genetik çeşitlilik sağlamada önemli bir yere sahiptir. Hipotezimiz, Omikron rekombinant suşlarının ebeveynlerine göre farklı bir evrimsel süreçten geçtiğini popülasyon genetiği ve moleküler evrim analizleri yaparak göstermektir ve bu sayede pandemiye yol açabilecek bu suşlara karşı aşı/ilaç veya sürvilans metotları geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu doğrultuda, uygulanan testler ve analizlerden elde edilen bulgulara göre 8 rekombinantın çoğunda negatif seçilimin etkili olduğu görülmüştür. Gözlemlenen mutasyonların çoğu Spike gen bölgesinin RBD kısmındadır ve bunların immün kaçışı sağlayan ve enfeksiyonu etkileyen mutasyonlar olduğu bulunmuştur. Ayrıca, Spike gen bölgesindeki sinonim olmayan değişimlerin ve negatif Tajima, Fu ve Li değerlerinin suşların ortadan kaybolmasına katkıda bulunduğu ortaya çıkarılmıştır. Spike bölgesinin en korunmuş bölgelerden olması ve yapılan analizler sonucunda rekombinant suşlarla ilgili önemli bulgular vermesine dayanarak Spike geninin rekombinant suşlarda aşı/ilaç, sürvilans metotları geliştirmede potansiyel hedef olabileceği öngörülmektedir.Master Thesis Daha Etkili Aşı, Anti-viral Molekül ve Survilans Geliştirilmesi için Rekombinant ve Rekombinant Olmayan Omicron-SARS-CoV-2 Alt Soylarının Moleküler Evrimlerinin Biyoinformatik ve İstatistiksel Yöntemlerle Analizi(2025) Arlı, Meliscan; Sezgin, Efe; Eraltuğ, Nur Başak SürmeliCOVID-19'un ortaya çıkmasıyla birlikte SARS-CoV-2 virüsü birçok değişim geçirmiştir ve bunun sonucunda Alfa, Beta, Gama, Delta ve Omikron gibi çeşitli varyantlar ortaya çıkmıştır. Şu anda tespit edilen varyantların hepsi Omikron varyantına aittir ve en yüksek bulaşıcılık ile bildirilen varyant olma özelliğini sürdürmektedir. Bunun yanında, rekombinant suşlar da virüsün evriminde ve genetik çeşitlilik sağlamada önemli bir yere sahiptir. Hipotezimiz, Omikron rekombinant suşlarının ebeveynlerine göre farklı bir evrimsel süreçten geçtiğini popülasyon genetiği ve moleküler evrim analizleri yaparak göstermektir ve bu sayede pandemiye yol açabilecek bu suşlara karşı aşı/ilaç veya sürvilans metotları geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu doğrultuda, uygulanan testler ve analizlerden elde edilen bulgulara göre 8 rekombinantın çoğunda negatif seçilimin etkili olduğu görülmüştür. Gözlemlenen mutasyonların çoğu Spike gen bölgesinin RBD kısmındadır ve bunların immün kaçışı sağlayan ve enfeksiyonu etkileyen mutasyonlar olduğu bulunmuştur. Ayrıca, Spike gen bölgesindeki sinonim olmayan değişimlerin ve negatif Tajima, Fu ve Li değerlerinin suşların ortadan kaybolmasına katkıda bulunduğu ortaya çıkarılmıştır. Spike bölgesinin en korunmuş bölgelerden olması ve yapılan analizler sonucunda rekombinant suşlarla ilgili önemli bulgular vermesine dayanarak Spike geninin rekombinant suşlarda aşı/ilaç, sürvilans metotları geliştirmede potansiyel hedef olabileceği öngörülmektedir.