Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

20254

Settings

Access type: Metadata onlyDepartment: search.filters.department.Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

Search Results

Now showing 1 - 4 of 4
  • Master Thesis
    Kolorimetrik Biyosensör Uygulamaları için Hidrojel Bazlı Fonksiyonel Malzemelerin Geliştirilmesi
    (2025) Bayraktar, Ayşe Ezgi; Yıldız, Ahu Arslan
    Kolorimetrik biyosensörler, basit kullanımları ve kolay yorumlanabilmeleri sayesinde hasta-başı (PoC) uygulamaları için en uygun araçlardır; diğer optik biyosensörler ise genellikle hacimli cihazlar gerektirir ve karmaşık ölçüm çıktıları verir. Ancak, kolorimetrik biyosensörlerin düşük hassasiyetleri, bu sistemlerin yaygın kullanımını sınırlamaktadır. Hidrojeller, üç boyutlu gözenekli ağ yapıları ve sağladıkları sulu mikroortam sayesinde biyosensörlerin hassasiyet ve stabilitesini artırmak amacıyla kullanılmaktadır. Bu çalışmada, glikoz tayini için Ayva Çekirdeği Hidrojeli (QSH) tabanlı kolorimetrik biyosensör geliştirilmiştir. Platformların mekanik dayanımını artırmak için karboksimetil selüloz (CMC) kullanılmıştır. Bu platformlar, EDC-NHS kimyası aracılığıyla glikoz oksidaz (GOX), horseradish peroksidaz (HRP) ve 3,3',5,5' tetrametilbenzidin (TMB) ile fonksiyonlandırılmıştır. Transparan QSH/CMC hidrojellerinde oluşan mavi rengin yoğunluğu glikoz konsantrasyonu ile doğru orantılı olup kolay ve kullanıcı dostu bir tayin sağlamaktadır. QSH/CMC hidrojellerin konsantrasyonları ve çapraz bağlayıcı oranları, sensörlerin deneyler sırasındaki işlenebilirliğini iyileştirmek için optimize edilmiştir. Geliştirilen QSH/CMC hidrojellerinin biyosensör olarak kullanımına uygunluğunu değerlendirmek için mekanik, FTIR, SEM, şişme kapasitesi, salınım kapasitesi, ve protein adsorpsiyonu analizleri gerçekleştirilmiştir. Geliştirilen QSH/CMC biyosensörü, ultra saf su (UPW) ve yapay ter ortamlarında test edilmiş; deteksiyon limitleri (LODs) sırasıyla 0.055 ve 0.067 mM olarak hesaplanmıştır. Sükroz, galaktoz ve askorbik asit ile yapılan seçicilik analizinde, platformun glikoza özgül olduğu ve askorbik asitin güçlü bir interferant olduğu gösterilmiştir. Biyosensör, 4oC'de saklandığında iki hafta boyunca stabilitesini korumuştur. Geliştirilen QSH/CMC kolorimetrik biyosensörlerin, hasta başı testi olarak taşıdığı potansiyel gösterilmiş olup, ileri çalışmalarla vücut sıvılarındaki glikoz seviyelerini takip edebilecek giyilebilir bir platform tasarlanabileceği öngörülmüştür.
  • Master Thesis
    Oligomerik Amiloid-beta için Hesaplamalı Nanokor Tasarımı
    (2025) Elmacı, Sümeyla Ceren; Uyar, Arzu
    Alzheimer Hastalığı, hücre içi Tau proteinlerinin ve hücre dışı Amiloid-β (Aβ) proteinlerinin birikimi ile oluşan nörodejeneratif bir hastalıktır. Amiloidojenik hipoteze göre, Aβ40 ve Aβ42 proteinlerinin, özellikle daha nörotoksik olan Aβ42'nin birikimi bu hastalığa sebep olmaktadır. Son yapılan çalışmalara göre tetramerden itibaren daha üst seviyedeki oligomerlerin olgun fibrillerden daha nörotoksik olduğu bilinmektedir. Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç Dairesi'nin (Food and Drug Administration-FDA) onayladığı birkaç anti-amiloid beta antikorları monomerden fibrillere kadar farklı agregasyon seviyelerindeki Aβ ile etkileşime geçmesine rağmen, bilinen herhangi bir nanokor ile tedavi yöntemi yoktur. Bu tez kapsamında, Aβ42 oktamerine bağlanabilecek olan nanokorların hesaplamalı yöntemlerle tespit edilmesi hedeflenmiştir. İlk aşamada, Aβ42 ile etkileşime girdiği bilinen üç farklı enzimden 40 farklı nanokor hesaplamalı yöntemlerle üretilmiştir. Bu nanokorlar, Temel Bölge Tarama Analizi, Peptit Atlas veri tabanı ve AbNativ yönteminden elde edilen bilgilere dayanarak tasarlanmış ve SWISS-MODEL ve AlphaFold3 kullanılarak modellenmiştir. Oktamere bağlanma afinitesini anlamak için lokal kenetleme stratejisi (ClusPro) kullanılmış ve her bir nanokor kompleksinin en iyi üç bağlanma enerjili pozu alınarak toplamda 120 farklı nanokor-oktamer kompleksi elde edilmiştir. Elde edilen 120 kompleks yapının sıralaması yerleştirme skoru, toplam tuz köprüleri, toplam sabit arayüz sayısı ve çözücü ile erişilebilen yüzey alanı (SASA) verileri kullanılarak belirlenmiş olup aralarından 7 tane nanokor-Aβ42 kompleksi seçilmiştir. Bu komplekslerin oktamere bağlanıp bağlanmadığını doğrulamak için Moleküler Dinamik Simülasyonları uygulanmıştır. Bunlar arasında yalnızca bir nanokor (Nb05), Aβ42 oktamerini tespit etmede potansiyel bir aday olduğunu gösteren umut vaad edici sonuçlar göstermiştir. Bu tez, farklı yöntemlerin entegrasyonu ile nanokor tasarımı için hesaplamalı bir strateji sunmaktadır.
  • Master Thesis
    Dihidroorotat Dehidrojenaz'da (DHODH) Allosterinin Hesaplamalı İncelenmesi
    (2025) Bayer, Hatice Tuğba; Uyar, Arzu
    Dünya Sağlık Örgütü'ne göre, parazitik protozoan Trypanosoma cruzi'nin (Tc) neden olduğu Chagas Hastalığı (CD), dünya çapında bir pandemi riski taşımaktadır. İhmal edilmiş bir hastalık olan CD, hastalığın kronik fazı için mevcut ilaçların yetersizliği ve Tc tarafından sürekli olarak ilaç direnci geliştirmesi nedeniyle tedavisi için yeni ilaçlara ihtiyaç duyulmaktadır. Pirimidinlerin de novo biyosentezinde kritik bir rol oynayan ve Trypanosoma cruzi'nin çoğalması ve büyümesi için gerekli olan dihidroorotat dehidrogenaz (DHODH) enzimi, potansiyel bir ilaç hedefi olarak belirlenmiştir. Bu tez kapsamında, TcDHODH'yi inhibe etme potansiyeli olan bir molekülün hesaplamalı olarak bulunması amaçlanmaktadır. İlk olarak, DHODH yapılarındaki olası bağlanma bölgelerini tahmin etmek için Temel Bölge Tarama Analizi (ESSA) kullanılmıştır. Bu doğrultuda, TcDHODH'nin inhibisyonu için, yüksek oranda korunan dimerik arayüz bölgesi (DIR) hedeflenmiştir. Bu amaçla, FDA onaylı ilaçların TcDHODH'deki DIR ve ortosterik bölgelerine ve insan (HsDHODH) yapısına karşı sanal taraması, Vina-GPU ve QVina-W kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sanal tarama sonucunda, TcDHODH DIR'ına özgü 89 alosterik bileşik tanımlanmış, farmakoforlar belirlenmiş ve bunlar DIR'a özgü yeni bir kütüphane oluşturmak için farmakofor tabanlı bir taramada kullanılmıştır. Bunun için, 13 milyondan fazla bileşiği içeren ZINC veritabanı, Pharmit sunucusu kullanılarak taranmış ve 3,499 molekül bulunmuştur. Son olarak, bu yeni kütüphane kullanılarak hem TcDHODH hem de HsDHODH'ye karşı kör yerleştirme gerçekleştirilmiş ve TcDHODH DIR'a bağlanan bir aday molekül bulunmuştur. Moleküler yerleştirmeye ek olarak, molekülün kararlılığını analiz etmek için aday molekülün bağlı olduğu TcDHODH ve HsDHODH kompleksleri üzerinde moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bu tez, ilaç keşfi çalışmaları için kapsamlı ve genel olarak uygulanabilir bir hesaplama stratejisi sunmaktadır.
  • Master Thesis
    HIV Erken Tanısına Yönelik LSPR Esaslı Platform Geliştirilmesi
    (2025) Altun, Nazlı Hilal; Zareie, Esma Volga Bulmuş
    İnsan Bağışıklık Yetmezlik Virüsü'nün (HIV) erken tanısı, özellikle düşük kaynaklı bölgelerde, hızlı, taşınabilir ve maliyet etkin teşhis araçlarına duyulan ihtiyaç nedeniyle hala kritik bir küresel sağlık sorunudur. Mevcut tanı yöntemleri, karmaşık ekipman ve eğitimli personele olan bağımlılıkları, uzun işlem süreleri gibi nedenlerle hasta başı tanı (POCD) uygulamalarında sınırlı kalmaktadır. Bu tez çalışmasında, HIV-1 enfeksiyonunun erken evresinde kanda serbestçe bulunan ve yaklaşık 12-14 gün içinde tespit edilebilen HIV-1 kapsid proteini (p24) hedeflenerek, lokalize yüzey plazmon rezonansı (LSPR) temelli bir biyosensör platformu geliştirilmiştir. Yüksek en-boy oranına sahip altın nanoçubuklar (GNR), hidroksilasyon ve silanizasyon ile modifiye edilen cam yüzeylere immobilize edilmiştir. Yüzey üzerine, kendiliğinden düzenlenen bir katman (SAM) ile EDC-NHS kimyası kullanılarak p24'e özgü nanobadiler kovalent olarak bağlanmıştır. Spesifik olmayan bağlanmaların önlenmesi amacıyla kazein ile yüzey bloklanmıştır. Özel tasarlanmış bir mikroakışkan çip kullanılarak PBS ve serum ortamında farklı p24 konsantrasyonları test edilmiştir. Platform, 1 pM seviyesinde bir tespit sınırı ve 50–100 pM arasında dinamik bir aralık göstermiştir. Raman ve FTIR analizleri yüzey modifikasyonlarını doğrularken, SEM analizinde yaklaşık 6,5–7 en-boy oranına sahip GNR morfolojisi belirlenmiştir. Küçük boyutlu ve yüksek afiniteye sahip nanobadi kullanımı, GNR yüzeyine yakınlığı koruyarak algılama verimliliğini artırmıştır. Elde edilen sonuçlar, geliştirilen platformun HIV'in erken teşhisi ve POCD uygulamaları için güçlü bir potansiyel sunduğunu göstermektedir.