Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2010 - 201922020 - 20241

Settings

Access type: Open accessSubject: search.filters.subject.Plant proteomics

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Master Thesis
    Proteomic analysis of benzylisoquninoline alkaloid (BIA) biosynthesis in different opium poppy cultivars and examination of differentially expressed proteins in relation to bia content
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Taşdemir, İrem; Frary, Anne
    Haşhaş (Papaver somniferum), eczacılıkta kullanılan benzilizokinolin alkaloidleri (BIA) üretmesi nedeniyle Türkiye için stratejik öneme sahip bir bitkidir. Yalnızca haşhaş bitkisinden elde edilebilen bu alkaloidler, ağrı kesici, öksürük kesici ve narkotik amaçlı ilaç olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. Türkiye'nin haşhaş çeşitleri, yüksek BIA içeriği hedeflenerek geliştirilmiş olup küresel rekabet için verimlerinin artırılması gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı haşhaş çeşitlerinin belirli organlarındaki protein seviyelerinin değişen BIA içeriği ile ilişkili olarak karşılaştırılmasını içeren proteomik bir yaklaşım kullanılmıştır. Çalışmada, belirli alkaloidler açısından öne çıkan üç Türk haşhaş çeşidi kullanılmıştır: tebain (TMO T), morfin (Ofis 2) ve noskapin (Ofis NM). Haşhaş bitkisinin belirli dokularından alınan protein ekstraktları, LC-MS/MS kullanılarak incelenmiş ve ardından kuru kapsüllerdeki BIA miktarı TLC/HPLC analizleriyle ölçülmüştür. Bu şekilde, farklı haşhaş çeşitlerinin ve organlarının protein ekspresyon modelleri ile kapsüllerdeki alkaloid birikimi arasındaki bağlantılar araştırılmış ve BIA metabolizmasının biyosentetik ve düzenleyici yollarına dair bilgi edinilmiştir. İncelenen beş doku arasında, olgun kapsüller en yüksek sayıda anlamlı farklı şekilde ifade edilen proteini gösterirken, Ofis 2 protein ifade profilleri açısından tüm dokularda TMO T ve Ofis NM'den belirgin şekilde ayrışmıştır. BIA yolağındaki kilit enzimler, üç haşhaş çeşidinin kapsülleri ve lateks içeren gövdeleri arasında anlamlı yukarı ve aşağı regülasyon göstermiştir. Gelecekteki araştırmalar, BIA biyosentezini aydınlatmak ve manipüle etmek için karakterize edilmemiş proteinlerin işlevlerini, çoklu omik entegrasyonunu, dokuya özgü enzim lokalizasyonunu ve işlevsel gen çalışmalarını araştırabilir. Bu sayede farmasötik amaçlar için yüksek verimli haşhaş çeşitlerinin geliştirilmesine olanak sağlanabilir.
  • Master Thesis
    Proteomic Basis of Drought Tolerance in Chickpea
    (Izmir Institute of Technology, 2010) Şelale, Hatice; Frary, Anne
    In this study our aim was to identify differentially expressed proteins in root and leaf samples of the drought tolerant chickpea cultivar Gokce using proteomics approaches. For this aim we carried out 2D gel electrophoresis from total proteome extracts of root and leaf samples of Gokce cultivar from drought treated and control samples. In root 2D gels we obtained approximately 430 proteins; 14 of them were newly formed and 4 of them were disappeared in drought stress. Also we obtained 12 over-expressed protein and 4 down-regulated spot as a result of drought stress. In leaf 2D gels we obtained approximately 450 proteins 4 of them were newly formed spots, and 3 of them were disappeared in drought stress. For these samples we obtained 24 over-expressed proteins and 17 down-regulated proteins in drought stress. We identified differentially expressed proteins in MALDI-TOF/TOF mass spectrometer via peptide mass fingerprinting. Identified proteins are zinc finger (C2H2 type, AN1-like) family protein, pathogenesis-related family protein, STRS2 (STRESS RESPONSE SUPPRESSOR 2), 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3, pentatricopeptide repeat-containing protein, RABB1C (ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG B1C); serine hydroxymethyltransferase, fiddlehead protein, aluminum-activated malate transporter, phloem protein 2-A8, ribosomal protein L30 family protein, N-rich protein with known function and we identified 14 hypothetical proteins with unknown function. Identified proteins are WRKY DNA-binding protein 6, myb family transcription factor, porin family protein, pentatricopeptide repeat (PPR) protein and transmembrane protein and 2 hypothetical proteins with unknown function.
  • Master Thesis
    Identification of Salt Stress Responsive Protyeins in Wild Sugar Beet (beta Maritima) Using 2d-Page With Maldi-tof/Tof System
    (Izmir Institute of Technology, 2012) Çakıroğlu, Çiğdem; Karakaya, Hüseyin Çağlar
    High salinity is one of the abiotic stresses, which affects the homeostasis, growth and productivity of plants. In plants, uptake of the non-essential salt ions negatively affects the anatomy, physiology and metabolism, changes the osmotic balance in cells and causes abundant dehydration. In this case, higher plants develop salt tolerance mechanisms such as induction of related signaling pathways, effluxion of salt ions, accumulation of these toxic ions in their vacuoles, activation of their detoxification mechanisms and production of osmoprotectans. In this study, identification of salt responsive proteins in moderately halophyte wild type sugar beet Beta vulgaris ssp. maritima was aimed. In order to investigate the protein-based natural stress tolerating mechanisms, plants were exposed to 150 mM NaCl and total proteins were extracted. Differentially expressed proteins were identified by proteomic approaches including MALDI-TOF/TOF mass spectrometry combined two dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. The results revealed that enzymatic antioxidants and secondary members of antioxidative pathways are responsive in salt stress. In conclusion, these detected proteins demonstrate that antioxidative system may be the major defense mechanism in halophytic plants.