Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis Optik Spektroskopi Teknikler Kullanarak Rna Metilasyonunun Araştırılması(2025) Akkuş, Onur; Güler, Günnur; Akgül, BünyaminN6-metiladenozin (m6A), en yaygın RNA modifikasyonlarından biridir ve RNA'nın işlenmesi, kararlılığı, nükleustan taşınması ve translasyonunun düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. Bu tezde, m6A metilasyonun FT-IR, CD sinyali ve ikincil yapıdaki transkripsiyon sonrası modifikasyonlar incelenmektedir. FT-IR spektroskopisi, zayıflatılmış toplam yansıma (ATR) yöntemiyle birleştirilerek, metil grubunun titreşimsel davranışını analiz etmek amacıyla giderek karmaşıklaşan sistemlerde sistematik biçimde kullanılmıştır. Ana CH₃ gerilme ve bükülme modları, ilk olarak metanol gibi basit moleküllerde gözlemlenmiş sonrasında DNA, sentetik RNA ve nihayetinde hücre kaynaklı RNA gibi daha büyük sistemlerde uygulanmıştır. Özellikle, CH₃ bükülme modları yaklaşık 1478 ve 1332 cm⁻¹'de, CH₃ gerilme modları ise yaklaşık 2984 ve 2883 cm⁻¹'de ortaya çıkmıştır. Bu modlar metilasyonun göstergeleri olarak değerlendirilmiştir. Bu tayinler, metillenmiş ve metillenmemiş türler arasında net spektral ayrım yapılmasını mümkün kılarak, hücre kaynaklı RNA'larda m6A tespiti için moleküler bir parmak izi sunmuştur. Dairesel dikroizm (CD) spektroskopisi, RNA'daki lokalize epitranskriptomik yapısal modifikasyonlardan kaynaklanan baz istiflenmesi, baz eşleşmesi ve hairpin oluşumu gibi metilasyona bağlı ikincil yapı değişikliklerini gözlemlemek için kullanılmıştır. Metillenmiş ve metillenmemiş örnekler karşılaştırıldığında, 265 nm'de (baz istiflenmesi) ve 210 nm'de (sarmal asimetri) eliptiklikte önemli değişiklikler gözlemlenmiştir. Bu spektral değişiklikler, lokalize transkripsiyon sonrası konformasyonel değişiklikleri yansıtmaktadır. Bu çalışma ile, spektroskopik (IR) tabanlı RNA m6A metilasyonunun ölçülmesine dayalı alternatif bir yöntemin geliştirilebileceği ve CD spektroskopisi ile, m6A metilasyon kaynaklı transkripsiyon sonrası lokalize yapısal modifikasyonların izlenebileceğini göstermektedir. Bu bulgular ile, spektroskopik analizlerin m6A metilasyonuna dayalı yapısal biyoloji alanında destekleyici nitelikte bilgi ve yöntem sağlanması amaçlanmıştır.Master Thesis İnvaziv Lobüler Meme Kanserinde N6-metiladenozin (m6A) Silici Yağ Kütlesi ve Obeziteyle İlişkili (FTO) Proteinin Karakterizasyonu ve Hedef Genlerin Tanımlanması(2025) Gazaloğlu, Yasemin; Akgül, BünyaminMeme kanseri dünyada kadınlarda en yaygın olarak teşhis edilen bir kanser tipidir. Histolojik olarak invaziv lobüler meme kanseri memenin süt üretiminin gerçekleştiği lobüllerde meydana gelmektedir ve tüm meme kanserlerinin yaklaşık olarak %15'ini oluşturmaktadır. ER ve PR ekspresyonu yüksek HER2 ekspresyonu düşüktür ve çeşitli sinyal yolaklarında görev alan CDH1, TP53, PTEN ve AKT1, gibi genlerde mutasyon bulundurmaktadır. Kanserin regülasyonunda m6A RNA modifikasyonu gibi epitanskriptomik modifikasyonlar kanserinin biyolojik süreçlerinde görev almaktadır. m6A modifikasyonunun dinamik olarak ve geri döndürülebilir bir şekilde düzenlenmesini yazıcı, silici ve okuyucu proteinler sağlamaktadır. Bu proteinlerin ekspresyon seviyeleri kanser çeşidi ve hücre tiplerine göre farklılık göstermektedir. Bu farklılıklar kanser hücrelerinin tespiti ve tedavi edilmesi için oldukça önemlidir. Bu tezin amacı, ters genetik yaklaşımlar kullanarak FTO manipülasyonu ile MDA-MB-134 invaziv lobüler meme kanseri ilişkili fenotipler arasında bir bağlantı kurmak ve bu hücrelerde FTO'nun potansiyel hedef genlerini belirlemektir. Bu nedenle her iki hücre hattında da FTO proteini susturulmuş olup canlılığın MCF10A hücrelerinde %19,5, MDA-MB-134 hücrelerinde %16,7 oranında azaldığı; MDA-MB-134 hücrelerinin canlı hücre oranının %9,41 azaldığı ve erken apoptoz oranının %8,40 arttığı; MCF10A hücrelerinin S fazının %3,2 azalırken, MDA-MB-134 hücrelerinin S fazının %5,3 azaldığı ve G0/G1 fazında %5,1 arttığı gözlemlenmiştir. Bu nedenle MDA-MB-134 hücrelerinde bu fenotiplere sebep olabilecek ve MCF10A hücrelerinden farklı metile olan aday genler ZFP36L1, CDKN2B, SSTR2 ve AR olarak belirlenmiş ancak ekspresyon seviyelerinde FTO'ya bağlı bir değişim gözlemlenmemiştir.