Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2009 - 200912020 - 20251

Settings

Author: search.filters.author.Demir, Ayşe BanuLanguage: search.filters.language.en

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Master Thesis
    Alfa-Ketoglutaratın Maya (Saccharomyces Cerevisiae) Yaşlanması Üzerindeki Etkilerinin Proteomik Yaklaşımla Belirlenmesi
    (2025) Karakaya, Hüseyin Çağlar; Karakaya, Hüseyin Çağlar; Demir, Ayşe Banu; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics
    Alfa-Ketoglutarat, hücre metabolizmasını, bazı amino asitlerin biyosentezini, kolajen sentezini, histon demetilasyonuyla epigenetik regülasyonu etkileyen bir metabolittir. AKG'nin yaşlanmayla ilişkisi üzerine farklı organizmalar kullanılarak araştırmalar, AKG'nin yaşlanmayı geciktirdiğini keşfetmiştir. Bu çalışmalar içinde genomik düzeydeki değişikliklere ya da AKG'ye bağlı spesifik proteinlerin seviyelerindeki değişikliklere yönelik çalışmalar olmasına rağmen tüm protein profili üzerine yapılmış kapsamlı bir proteomik çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, AKG uygulamasının maya hücrelerinin tüm protein profiline etkisini analiz ederek, hücresel düzeydeki etki mekanizmasının araştırılması amaçlanmıştır. Kontrol ve AKG uygulanmış maya hücrelerinin protein profilleri, LC-MS/MS analizi yapılarak incelenmiş, Proteome Discoverer LFQ modülüyle protein ifade farklılıkları analiz edilmiştir. Ham proteomik veriler filtrelenmiş ve 40 adet upregüle olmuş protein tespit edilmiştir. Bu proteinler moleküler fonksiyonlarına göre gruplandırıldığında, sürekli ekspresyon gösteren proteinlerin RNA bağlanması, transferaz, hidrolaz ve oksidoredüktaz fonksiyonları olduğu gözlemlenmiştir. Bu durum, AKG'nin metabolik aktiviteler, enerji üretimi, stres karşı direnç ve büyüme düzenlemesi üzerinde etkisi olduğunu düşündürmektedir. Alfa, alfa-trehaloz-fosfat sentazi, AP-1-benzeri transkripsiyon faktörü gibi yaşlanma ve stress direncini olumlu yönde etkileyen proteinler AKG uygulanmasının sonucunda upregüle olmuştur. Fakat, önceki Drosophila melanogaster, fare, ve insan üzerine yapılan genomik çalışmalarında otofaji ve mTOr gibi yaşlanma alakalı genler tespit edilmesine rağmen bizim proteomik çalışmamızda bu tür genlere rastlanmamıştır.
  • Master Thesis
    Assesment of Chronological Life Span Dependent Molecular Damages of S.cerevisiae Deficient in Mitochondrial Antioxidant Genes
    (Izmir Institute of Technology, 2009) Demir, Ayşe Banu; Koç, Ahmet; Koç, Ahmet; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
    Aging is referred as the time-dependent accumulation of biological and physiological changes in an organism. This complex process is the major factor that is associated with many diseases such as cancer, diabetes and neurodegenerative disorders.The free radical theory of aging, which states that the molecular damages formed upon free radicals lead to the aging process, is the most widely accepted aging theory. The free radicals that are primarily produced in the mitochondria upon aerobic metabolism, are known to damage the biomolecules such as DNA, proteins and lipids. However, cells have evolved different defense systems for the elimination of these molecular damages. Antioxidant defense mechanism is one these systems that play role in the repair of the molecular damages. Since mitochondria are the main sites for the free radical production, the antioxidant genes that function in mitochondria gained an importance for their roles in preventing the molecular damages in a cell. In this study, the differences in the life spans and levels of molecular damages among different mitochondrial antioxidant gene mutants of Saccharomyces cerevisiae were tried to be identified throughout the chronological aging process, which is the model that mimics post-mitotic cell aging in higher eukaryotes. It was shown that deletion of some mitochondrial antioxidant genes resulted in different levels of biomolecular damages as well as different sensitivities against reactive species, which may be a critical outcome for the prevention of the detrimental effects of free radicals on biomolecules formed during chronological aging.