Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
3 results
Search Results
Master Thesis Proteomic analysis of benzylisoquninoline alkaloid (BIA) biosynthesis in different opium poppy cultivars and examination of differentially expressed proteins in relation to bia content(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Taşdemir, İrem; Frary, AnneHaşhaş (Papaver somniferum), eczacılıkta kullanılan benzilizokinolin alkaloidleri (BIA) üretmesi nedeniyle Türkiye için stratejik öneme sahip bir bitkidir. Yalnızca haşhaş bitkisinden elde edilebilen bu alkaloidler, ağrı kesici, öksürük kesici ve narkotik amaçlı ilaç olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. Türkiye'nin haşhaş çeşitleri, yüksek BIA içeriği hedeflenerek geliştirilmiş olup küresel rekabet için verimlerinin artırılması gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı haşhaş çeşitlerinin belirli organlarındaki protein seviyelerinin değişen BIA içeriği ile ilişkili olarak karşılaştırılmasını içeren proteomik bir yaklaşım kullanılmıştır. Çalışmada, belirli alkaloidler açısından öne çıkan üç Türk haşhaş çeşidi kullanılmıştır: tebain (TMO T), morfin (Ofis 2) ve noskapin (Ofis NM). Haşhaş bitkisinin belirli dokularından alınan protein ekstraktları, LC-MS/MS kullanılarak incelenmiş ve ardından kuru kapsüllerdeki BIA miktarı TLC/HPLC analizleriyle ölçülmüştür. Bu şekilde, farklı haşhaş çeşitlerinin ve organlarının protein ekspresyon modelleri ile kapsüllerdeki alkaloid birikimi arasındaki bağlantılar araştırılmış ve BIA metabolizmasının biyosentetik ve düzenleyici yollarına dair bilgi edinilmiştir. İncelenen beş doku arasında, olgun kapsüller en yüksek sayıda anlamlı farklı şekilde ifade edilen proteini gösterirken, Ofis 2 protein ifade profilleri açısından tüm dokularda TMO T ve Ofis NM'den belirgin şekilde ayrışmıştır. BIA yolağındaki kilit enzimler, üç haşhaş çeşidinin kapsülleri ve lateks içeren gövdeleri arasında anlamlı yukarı ve aşağı regülasyon göstermiştir. Gelecekteki araştırmalar, BIA biyosentezini aydınlatmak ve manipüle etmek için karakterize edilmemiş proteinlerin işlevlerini, çoklu omik entegrasyonunu, dokuya özgü enzim lokalizasyonunu ve işlevsel gen çalışmalarını araştırabilir. Bu sayede farmasötik amaçlar için yüksek verimli haşhaş çeşitlerinin geliştirilmesine olanak sağlanabilir.Master Thesis Bacterial Cellulose Production With Gluconoacetobacter Xylinus From Hazelnut Waste(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gazioğlu, Metehan; Frary, Anne; Büyükkileci, Ali OğuzBakteriyel selüloz (BC), biyomedikal, kozmetik ve elektronik gibi birçok endüstriyel alanda önemli potansiyele sahip doğal bir biyopolimerdir. BC'nin özellikleri arasında yüksek yüzey alanı, sıvı ve gaz geçirgenliği, biyobozunabilirlik ve modifiye edilebilirlik bulunur. Bu çalışmada bakteriyel selüloz üretimi gluconacetobacter xylinus tarafından gerçekleştirilmiştir. BC üretimini optimize etmek için çeşitli çevresel koşullar ve besiyerleri test edilmiştir. Bu çalışmada, fındık kabuklarının asit ve baz kimyasal ön işlemleri ile elde edilen şekerlerin kullanımına odaklanılmıştır. Fındık kabuğunun kimyasal içeriği belirlenmiş ve lignin, selüloz ve hemiselüloz oranları sırasıyla %42,09, %21,84 ve %22,99 olarak bulunmuştur. Bu içerikler, farklı ön işlem yöntemlerinin etkinliğini değer- lendirmek için kullanılmıştır. Fındık kabukları, farklı kimyasallar ile ön işlem- den geçirilmiş ve şeker salınımı açısından değerlendirilmiştir. Alkali ön işlemler, şeker salınımı açısından daha etkili bulunmuştur. Özellikle, %1'lik potasyum hidroksit ve %3'lük sodyum hidroksit ile ön işlem gören numuneler sırasıyla 37,8 ve 39 g/L en yüksek şeker konsantrasyonuna sahip olmuştur. Optimiza-syon çalışmaları kapsamında inokülasyon oranı, pH değeri, gün ve etanol varlığı gibi parametreler incelenmiştir. %10 inokülasyon oranı, 10 gün ve pH 6 ile en yüksek BC verimi elde edilmiştir. Kıyaslanan kültürlere bakıldığında %1 potasyum hidroksit ile ön işlem görmüş sonrasında da besiyeri içerisinde %1'lik etanol bulunan besiyerinde 2369 mg/L' de en çok bakteriyel selüloz üretildiği belirlenmiştir. Farklı kültürlerden alınan bakteriyel selülozlarda etanol ilavesinin su tutma kapasitesini azalttığ görülmüştür. FT-IR sonuçları bütün örneklerin saf olarak elde edildiğini ve yapısal bütünlüğün korunduğu göstermiştir. Bu tez, BC üretimini optimize etmek için gerekli olan koşulları belirlemekte ve fındık kabuklarının sürdürülebilir bir şeker kaynağı olarak kullanılabileceğini göstermektedir.Master Thesis Genetic Modifications of Chlorogenic Acid Content in Eggplant (solanum Melongena L.) by Agrobacterium-Mediated Transformation Technique(01. Izmir Institute of Technology, 2023) Tanyolu, Tanya Nil; Frary, AnneEggplant is a nutritious vegetable that is low in lipids and high in fiber, vitamins, and minerals. Eggplant is a good source of phenolic compounds, particularly chlorogenic acid (CGA), which is associated with several health benefits, such as reducing the risk of diabetes and cardiovascular diseases. Among CGA-rich fruits, eggplant has a geographically wide distribution while coffee is limited to tropical regions. For that reason, eggplant can be used as alternative to coffee for CGA production. The goal of this research was to develop transgenic eggplant that has increased CGA content using the Agrobacterium-mediated transformation technique. The over-expression of the Myb1 gene, which is related to CGA synthesis and responsible for the production of a transcription factor that activates the phenylpropanoid pathway in eggplant, was used. The Myb1 gene was isolated, amplified, and inserted into the PRI910 vector system before being transformed into Agrobacterium tumefaciens. After plant transformation, seven regenerated plants were verified as transgenic by PCR analysis. Young leaves from transgenic eggplants were used for mRNA expression analysis and metabolite analyses. A two-fold increase in Myb1 gene expression levels for three of the transformed plants was observed and five plants showed a significant increase in 3-CGA content. Expression of Myb1 correlated with CGA content measured by HPLC analysis. Specifically, the two-fold increases in Myb1 expression of three plants corresponded with two-fold increases in their leaf 3-CGA content. In the future, these genetically modified plants could serve a crucial role in better understanding the pathway of CGA production in eggplants, and may also prove useful in generating valuable CGAs for both economic and medicinal purposes. Subsequent research can be directed towards determining the CGA content via measurement of 5-CGA and examining CGA content in different parts of the fruit such as flesh and peel. Study of the next generation (T1 plants) will also be critical for confirming the stability of the transformation.