Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis Neuroblastoma Ras (NRAS) Mutasyonlu Melanomda Negative Regulator Of Antiviral Response (NRAV) Uzun Kodlamayan RNA'nın Tip-2 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin İmmünoterapi Yanıtıyla İlişkilerinin Araştırılması(2025) Şahin, Çağatay; Ekiz, Hüseyin Atakan; Ekiz, Hüseyin Atakan; Güner, Şerife Ayaz; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsBu çalışma, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) NRAV'ın tip II interferon (IFN-γ) sinyal yolaklarını düzenlemedeki rolünü ve bunun melanoma biyolojisi ile immünoterapi etkinliği üzerindeki etkilerini incelemektedir. NRAS mutasyonuna sahip SKMEL147 melanoma hücre hattı kullanılarak, IFN-γ uyarımı öncesi ve sonrası koşullarda interferonla uyarılan genlerin (ISG) ekspresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki değişiklikleri değerlendirmek amacıyla NRAV aşırı ifade eden hücre modelleri oluşturulmuştur. NRAV'ın aşırı ifadesi, IFIT2, IRF1 ve PD-L1 gibi kritik ISG'leri baskılayarak IFN-γ–STAT1 sinyal yolunun inhibe edildiğini göstermiştir. Fonksiyonel olarak, NRAV hücre büyümesini azaltmış ve hücre ölümünü nekroza kaydırmıştır; bu bulgu koloni oluşum deneyleri ve akış sitometrisi ile doğrulanmıştır. RNA pulldown sonrası yapılan proteomik analiz, NRAV ile ilişkili proteinlerin otofaji, translasyon ve mitokondriyal stres yanıtlarında rol aldığını ortaya koyarak, NRAV'ın hücre kaderini post-transkripsiyonel düzeyde düzenleyebileceğini göstermiştir. Melanoma immünoterapisi veri setlerine uygulanan makine öğrenmesi, LINC02273, LINC01833 ve MIR210HG gibi immünoterapiye yanıtla ilişkili olabilecek çok sayıda lncRNA'yı belirlemiş, ZFAT-AS1 ve CSRP3-AS1 gibi yeni adayları da ortaya koymuştur. Bu bulgular, NRAV'ın hem IFN aracılı bağışıklığı baskılayıcı hem de nekrotik hücre ölümünü düzenleyici ikili işlevine dikkat çekmekte olup, onu gelecekteki mekanistik ve terapötik çalışmalar için potansiyel bir hedef haline getirmektedir. Bu araştırma, melanomada bağışıklık düzenleyici lncRNA'ların anlaşılmasını derinleştirerek, immünoterapi direncinde biyobelirteç ve hedef keşfi için yeni yollar açmaktadır.Master Thesis Proteogenomik Yaklaşımlar Kullanılarak Trueperella Pyogenes Piyolizin Toksinine Özgü Nanokorların Tanımlanması(2025) Fındık, Fatma; Güner, Şerife Ayaz; 01. Izmir Institute of TechnologyHayvancılık sektörün başta olmak üzere Trueperella pyogenes enfeksiyonları (mastitis gibi) önemli ekonomik kayıplara yol açmakta ve artan antibiyotik direnci, hedefe yönelik tanı ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Bakterinin başlıca virülans faktörü olan Piyolizin, immünojenik yapısı nedeniyle potansiyel bir antikor hedefidir. Nanokorlar, küçük boyutları, yüksek afiniteleri, üstün yapısal kararlılıkları ve kolay üretimleri sayesinde geleneksel antikorlara güçlü bir alternatif sunmaktadır. Bu proje, proteogenomik yaklaşımlar kullanılarak T. pyogenes enfeksiyonlarının tanı ve tedavisinde kullanılabilecek Piyolizin'e özgü nanokorları tanımlamayı amaçlamıştır. Piyolizin geninin çeşitli varyasyonlarda rekombinant ekspresyonu ve saflaştırılması başarıyla gerçekleştirilmiştir. Alpakalar inaktive edilmiş Pyolosin toksini ile immünize edilerek, elde edilen antikor yanıtları ELISA yöntemiyle değerlendirilmiştir. VHH kütüphanesi oluşturmak amacıyla, periferik kan mononükleer hücrelerinden (PKMH) toplam RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapılmış; antijene özgü antikorların proteomik analizi ve nanokor adaylarının seçimi için immünopresipitasyon ve kütle spektrometrisi teknikleri uygulanmıştır. Toplamda Pyolysine özgü 26 nanokor adayı filogenetik olarak analiz edilmiş ve ileri çalışmalar için üç temsilci (NB1, NB2, NB3) seçilmiştir. Seçilen dizilerin biyofiziksel özellikleri in silico olarak değerlendirilmiş ve üretime uygunlukları analiz edilmiştir. NB3 başarıyla üretilmiş ve karakterize edilmiştir. Ancak NB1 ve NB2 nanokorlarının ekspresyonunda çözünmezlik ve agregasyon problemleri gözlenmiş, bu durum yapısal stabilite ile ilgili sorunlara işaret etmiştir. Bu proje, Pyolosin'i hedefleyen nanokorların tanımlanmasında önemli bir ilk adımı temsil etmekte ve nanokor tabanlı hızlı tanı sistemleri ile antimikrobiyal alternatiflerin geliştirilmesi için değerli bir kaynak sağlamaktadır. Elde edilen deneyimler, proteogenomik yaklaşımla farklı patojenlere karşı nanokor geliştirilmesine de ışık tutacaktır.