Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
1 results
Search Results
Master Thesis Bazı Sekonder Metabolitlerin HIV-1 Kapsit Proteini Oligomerizasyonuna Etkisinin Araştırılması(2025) Turgut, Selin Gül; Sezgin, Hümeyra TaşkentHIV-1 enfeksiyonu dünya çapında küresel bir sağlık sorunu olmaya ve mevcut tedavilerin yanında yeni antiviral ajanlara olan ihtiyaç artmaya devam etmektedir. HIV-1'in yaşam döngüsünde önemli bir rol oynayan kapsid proteini, virüsün yapısal bütünlüğünü sağlamanın yanı sıra ters transkripsiyon ve viral genomun konakçı hücre genomuna entegrasyonu gibi kritik adımları da düzenlemektedir. Bu nedenle kapsid proteini, ilaç geliştirme aşamalarında giderek daha fazla öne çıkan bir hedef haline gelmiştir. Bu tez çalışmasında, Türkiye'deki mikroorganizma ve bitkilerden ve izole edilen Bedir Grup sekonder metabolitlerin HIV-1 kapsid ile etkileşim potansiyeli araştırılmıştır. Tez kapsamında 279 sekonder metabolit HIV-1 kapsid monomeri ile moleküler yanaştırma yapılmış ve en yüksek bağlanma skoruna sahip moleküller seçilerek deneysel çalışmalarda incelenmiştir. Deneysel aşamada iki farklı biyofiziksel yöntem kullanılmıştır. Protein stabilitesi üzerindeki etkileri değerlendirmek için Diferansiyel Taramalı Florimetre (DSF) ve oligomerleşme kinetiği üzerindeki etkileri incelemek için oligomerizasyon deneyi kullanılmıştır. DSF analizinde, MD-MG-03 ve MD-MG-04 molekülleri proteinin erime sıcaklığını azaltırken, kapsid oligomerizasyon deneyinde ATB-01 ve ATB-05 molekülleri oligomerizasyonu önemli ölçüde hızlandırmıştır. HİV-1 kapsid doğada monomer ve multimer formda bulunabilir. Moleküllerin HİV-1 kapsid multimeri ile etkileşimini incelemek için dört monomerden oluşan bir kapsid multimeri oluşturulmuştur. Bu multimer yapı üzerine, MD-MG ve ATB grubu molekülleriyle moleküler yanaştırma uygulanmıştır. En iyi moleküler yanaştırma sonuçlarında moleküller kapsid monomerinde C-terminal bölgeye, kapsid multimerde üç farklı hekzamerin etkileştiği bölgeye bağlanmış görünmektedir. Moleküllerin HİV-1 kapsid proteini ile etkileşimini anlayabilmek için daha fazla deneysel ve hesaplamalı çalışma yapılması gerekmektedir.