Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis Computational investigation of allostery in hydroxyacid oxidase(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gökoğlu, Gizem; Uyar, Arzu; Ceylan, ÇağatayUnderstanding allosteric regulation in proteins may enable the development of effective new-generation therapeutics for disease treatments. Computational methods are gaining importance daily due to their fast and effective nature in examining protein dynamics and discovering potential allosteric binding sites. In this context, computational methods were used to determine the potential binding sites of the human hydroxyacid oxidase 1 (hHAO1) protein, which is effective in the rare disease Primary hyperoxaluria type 1 (PH1). Then, potential binding sites were predicted in monomeric and homotetrameric crystal and modeled structures of hHAO1 using the Fragment–Based Mapping (FTMap) web server and the Essential Site Scanning Analysis (ESSA) method. In ESSA, first, the default parameters cut-off 10 Å and mode 10 were applied. Then, to examine the effect of the cut-off value (distance) (Å), the parameters cut-off 7 Å and cumulative mode 20, and cut-off 13 Å and cumulative mode 20 were applied in ESSA. The modeled structures for hHAO1 were successful in terms of conformation and predicted binding sites. In the results of hHAO1, more binding sites were determined in the monomeric forms of hHAO1 than in tetrameric forms. FTMap and especially ESSA successfully predicted allosteric and potential new binding sites for hHAO1. This thesis might contribute to the improvement of computational methods and the development of allosteric therapeutics for hHAO1 and PH1.Master Thesis Computational Investigation of Allostery in Nanobody – Antigen Complexes(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Halisdemir, Nurşah; Uyar, Arzu; Sezgin, Hümeyra TaşkentGelişen, değişen ve dijitalleşen dünyada hesaplamalı biyokimya alanının sunduğu avantajlar birçok araştırmanın bilgisayar ortamına taşınmasını sağlamıştır. Kümülatif bilgi birikimi ile büyüyen bilim dünyasında nanobodilerin tanı ve tedavide sağladığı faydalar ile nanokor-antijen komplekslerinin araştırılması son zamanlarda giderek artmıştır. Bu bağlamda bu çalışmada, nanokor-antijen komplekslerindeki bağlanma bölgeleri dışında kalan önemli bölgeler araştırılarak yapıların iç dinamiklerinde meydana gelen alosterik değişimler ve bu değişimlerin yapılara yansıması yorumlanmıştır. Çalışmada Caplacizumab – von Willebrand Faktör (vWF), Nanokor 87 – NTCP ve Nanokor 2-67 – SARS-CoV-2 Spike protein kompleksleri incelenmiştir. Bu yapılara ek olarak bu kompleks yapıların bir bileşeni olan antijenlere bağlanan diğer moleküller de çalışmanın konuşu olmuştur. Bu incelemelerde bir potansiyel bağlanma bölgesi tahmin uygulaması olan Essential Site Scanning Analysis (ESSA) uygulaması kullanılmıştır. Yapıların bağlanma bölgelerinin analizi z-skor sonuçlarına göre yapılmış olup önemli bölgeler 5'in üzerinde z-skor sonucuna sahip bölgeler olarak belirlenmiştir. Bu çalışmadaki önemli bulgulardan biri de incelenen nanokor, antijen yapılarının birbirleri ile bağlanma bölgeleri dışında da önemli bölgelere sahip olmasıdır. Bağlanma bölgesi dışında bulunan ve moleküllerin iç dinamiklerinde meydana gelen alosterik değişimlerden kaynaklandığı düşünülen bu bölgelerin, gelecekte nanokor – antijen komplekslerinin bağlanma mekanizmalarının açıklanmasına yeni bir bakış açısı sunacağı ve kapsamlı yapısal analizlerin önemini vurgulamaktadır.