Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis Optik Spektroskopi Teknikler Kullanarak Rna Metilasyonunun Araştırılması(2025) Güler, Günnur; Akgül, Bünyamin; Güler, Günnur; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyN6-metiladenozin (m6A), en yaygın RNA modifikasyonlarından biridir ve RNA'nın işlenmesi, kararlılığı, nükleustan taşınması ve translasyonunun düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. Bu tezde, m6A metilasyonun FT-IR, CD sinyali ve ikincil yapıdaki transkripsiyon sonrası modifikasyonlar incelenmektedir. FT-IR spektroskopisi, zayıflatılmış toplam yansıma (ATR) yöntemiyle birleştirilerek, metil grubunun titreşimsel davranışını analiz etmek amacıyla giderek karmaşıklaşan sistemlerde sistematik biçimde kullanılmıştır. Ana CH₃ gerilme ve bükülme modları, ilk olarak metanol gibi basit moleküllerde gözlemlenmiş sonrasında DNA, sentetik RNA ve nihayetinde hücre kaynaklı RNA gibi daha büyük sistemlerde uygulanmıştır. Özellikle, CH₃ bükülme modları yaklaşık 1478 ve 1332 cm⁻¹'de, CH₃ gerilme modları ise yaklaşık 2984 ve 2883 cm⁻¹'de ortaya çıkmıştır. Bu modlar metilasyonun göstergeleri olarak değerlendirilmiştir. Bu tayinler, metillenmiş ve metillenmemiş türler arasında net spektral ayrım yapılmasını mümkün kılarak, hücre kaynaklı RNA'larda m6A tespiti için moleküler bir parmak izi sunmuştur. Dairesel dikroizm (CD) spektroskopisi, RNA'daki lokalize epitranskriptomik yapısal modifikasyonlardan kaynaklanan baz istiflenmesi, baz eşleşmesi ve hairpin oluşumu gibi metilasyona bağlı ikincil yapı değişikliklerini gözlemlemek için kullanılmıştır. Metillenmiş ve metillenmemiş örnekler karşılaştırıldığında, 265 nm'de (baz istiflenmesi) ve 210 nm'de (sarmal asimetri) eliptiklikte önemli değişiklikler gözlemlenmiştir. Bu spektral değişiklikler, lokalize transkripsiyon sonrası konformasyonel değişiklikleri yansıtmaktadır. Bu çalışma ile, spektroskopik (IR) tabanlı RNA m6A metilasyonunun ölçülmesine dayalı alternatif bir yöntemin geliştirilebileceği ve CD spektroskopisi ile, m6A metilasyon kaynaklı transkripsiyon sonrası lokalize yapısal modifikasyonların izlenebileceğini göstermektedir. Bu bulgular ile, spektroskopik analizlerin m6A metilasyonuna dayalı yapısal biyoloji alanında destekleyici nitelikte bilgi ve yöntem sağlanması amaçlanmıştır.Master Thesis Grafen Silisyum Karbür Tabanlı Quadrant Fotodedektör Aygıt Geliştirilmesi(2025) Çelebi, Cem; Çelebi, Cem; Ünverdi, Özhan; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBu tez çalışmasında, Kimyasal Buhar Biriktirme yöntemi ile üretilen p-tipi grafen ve n-tipi Silisyum Bu tez çalışmasında Grafen/Silisyum Karbür aygıt mimarisine sahip kendinden beslemeli, Schottky eklemli ve ultraviyole bölgede çalışacak kadran fotodedektör aygıt tasarlanmış ve karakterize edilmiştir. Çalışmanın amacı kapsamında kimyasal buhar biriktirme metodu ile sentez edilmiş p-tipi çift katmanlı grafen malzemesinin kadran fotodedektör mimarisine uyumluluğunu değerlendirilmiş ve ışık pozisyonunu algılama kapasitesini deneysel metodlar ile incelenmiştir. Aygıtın n-tipi eklemini oluşturan silisyum karbür alttaşın üzerinde termal buharlaştırma metodu ile kadran aygıtın elektrotları ve yapısı oluşturulmuştur. Çift katmanlı p-tipi grafen bu yapının üzerine transfer edilerek p-i-n eklemlerine sahip kendinden beslemeli aygıt yapısı tamamlanmıştır. Büyütülmüş çift katmanlı grafenin varlığı Raman spektroskobisi metodu ile doğrulanmıştır. Aygıtın karanlık koşullarda akım-gerilim özellikleri ölçülerek, karanlık akım, Schottky bariyer yüksekliği ve idealite faktörleri hesaplanmıştır. Cihazın 250 – 300 nanometre dalga boyundaki ultraviyole ışınına karşı tepkiselliği ölçülmüştür. Son olarak pozisyonlama hassasiyeti sensörün aktif bölgesinde seçilen bir aramada tarama yaparak belirlenmiştir. Bu çalışma gelecekte geliştirilebilecek Grafen/Silisyum Karbür mimarisine sahip kadran fotodedektörler için bir giriş niteliği taşımaktadır.Master Thesis V Tipi Atomlarda Kuantum Girişiminin Yayınım ve Soğurma Üzerindeki Etkileri(2025) Ataman, Evren; Çakır, Özgür; Ataman, Evren; Çakır, Özgür; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.05. Department of PyhsicsKuantum optiği ve atom fiziği alanlarında, iki seviyeli atomik sistemler, radyatif geçişlerin gerçekleşebileceği en basit yapı taşlarıdır ve görece sade seviye dinamiklerine sahiptir. Ancak bu yapısal sadelik, çok seviyeli atomik konfigürasyonlarda ortaya çıkabilecek daha karmaşık ve egzotik kuantum fenomenlerinin gözlemlenmesini sınırlandırmaktadır. Bu tez kapsamında, kuantum Langevin denklemleri kullanılarak, tek frekanslı ve eşuyumlu bir alanla sürülen tek bir V-tipli üç seviyeli atomun kararlı durumdaki ışıma ve soğurma karakteristiği ile popülasyon dinamikleri incelenmiştir. V-tipli konfigürasyonun sunduğu seviye yapısı, sisteme bir kuantum girişim parametresi kazandırmakta ve radyatif geçiş yolları arasında girişim etkilerinin ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Bu kuantum girişim etkisinin ışınım ve soğurma spektrumları üzerindeki etkileri, giydirilmiş atom resmi üzerinden ayrıntılı biçimde analiz edilmiştir.