Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2024 - 20253

Settings

Department: search.filters.department.Thesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Polymer Science and Engineering

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Master Thesis
    Comparison Of Interaction Of Poly(Ethylene Glycol) And Poly(Oligo (Ethylene Glycol) Methyl Ether Methacrylate) With Water Using Molecular Dynamics Simulation
    (01. Izmir Institute of Technology, 2025) Abbas, Yawer; Zareıe, Esma Volga Bulmuş; 03. Faculty of Engineering; 03.09. Department of Materials Science and Engineering
    Bu tez, MD simülasyonları kullanarak konformasyonel, hidrasyon ve H-bağlanma özelliklerini inceleyerek polietilen glikol (PEG) ve poli(oligo(etilen glikol) metakrilat) (POEGMA)'ın su ile etkileşimini karşılaştırmaktadır. 4, 8, 12, 16 ve 20 tekrarlayan birim içeren POEGMA ile 20 ve 40 birim içeren PEG'in moleküler modelleri Avogadro ve CHARMM GUI yazılımları kullanılarak hazırlanmıştır. Tüm polimerler TIP3 su kutularında çözündürülmüştür. Bağlanmış ve bağlanmamış etkileşimler için Charmmff parametreleri kullanıldı. MD simülasyonları TRUBA yüksek performanslı hesaplama platformunda LAMMPS yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kısa minimizasyon ve 1 ns'lik dengeleme çalışmalarının ardından 15 s'lik üretim çalışması gerçekleştirilmiştir. Elde edilen yörüngeler VMD yazılımı ve MD analizi kullanılarak düzenlenmiş ve analiz edilmiştir. İki polimerin sulu ortamdaki davranışlarını karşılaştırmak için dönme yarıçapı (Rg), su kabuğu ve hidrojen bağı gibi temel özellikler araştırılmıştır. Sonuçlar her iki polimerde de belirgin farklılıklar ortaya koymuştur. PEG, aynı sayıda tekrar eden etilen glikol birimine sahip POEGMA ile karşılaştırıldığında, kompakt rastgele sarmal yapı oluşturan biraz daha düşük ve daha az kararlı (her bir PEG zinciri için ortalama 9,73 ve 13,41 Å) Rg değerleri sergilemiştir. Su kabuğu analizi, PEG etrafındaki su kabuğundaki su molekülü sayısının (N(H2O)) (PEG20 ve 40 için sırasıyla ortalama N(H2O) 244.9 ve 418.6) esas olarak kararlı olmadığını göstermiştir. Su molekülü sayısındaki kararsızlık, konformasyonun kararsız olmasına atfedilmiştir. Son olarak, POEGMA ile karşılaştırıldığında, PEG ile daha yüksek bir ortalama H-bağı sayısı gözlemlenmiştir. Öte yandan, POEGMA biraz daha yüksek Rg değerleri ve kısa zincirler için kararlı bir yapı sergilemiştir (4 ve 8-mers POEGMA için sırasıyla 13,46 ve 15,78 Å). Zincir boyutu ile Rg değerlerindeki artış PEG'e kıyasla daha küçük çıkmıştır. Ayrıca, POEGMA zincirlerinin çok daha kararlı ve daha fazla N(H2O) değerlerine sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, eşdeğer POEGMA için H-bağı sayılarının daha düşük olduğu bulunmuştur. Zincir boyunca H-bağı dağılımı da PEG ve POEGMA zincirleri için farklıdır. Anahtar Kelimeler: PEG, POEGMA, MD simulasyonu, dönme yarıçapı, su kabuğu analizi, H bağı analizi
  • Master Thesis
    Enhancement of Ultraviolet Resistance of Polyaspartics
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Karabacak, Bahar Demirtaş; Demir, Mustafa Muammer
    The degradation of polyaspartic ester (PAE) resins under ultraviolet (UV) exposure poses significant challenges for their long-term use in outdoor applications. This study investigates the enhancement of UV resistance of PAE resins through the incorporation of metal oxide particles as UV absorbers. The research aims to determine the efficacy of metal oxide particles in improving the UV protective properties of PAE resins. Experimental results demonstrate that the UV absorption values of resin dispersions containing metal oxide particles significantly increased compared to pure PAE resin. This enhancement may be attributed to the metal oxides' ability to absorb and scatter UV light, thereby reducing the transmission of harmful UV rays through the resin matrix. Various concentrations of metal oxide particles were tested, and the findings underscore the importance of achieving a homogeneous dispersion within the resin for optimal UV protection. The study concludes that the incorporation of metal oxide particles into PAE resins can remarkably enhance the UV resistance of PAE. The improved UV absorption characteristics make these modified resins more suitable for applications exposed to prolonged UV radiation. This research provides a foundation for further exploration into optimizing particle concentrations and dispersion techniques to maximize the UV resistance of polyaspartic ester resins while maintaining their transparency over visible region of the optical spectrum.
  • Master Thesis
    Identification of Allosteric Control in Proteins Using Computational Methods
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Güneş, Sude; Uyar, Arzu; Sezgin, Hümeyra Taşkent
    The prediction of orthosteric, allosteric, and cryptic sites through computational approaches is significant for drug discovery studies. To this extent, a ligand binding site prediction method called Essential Site Scanning Analysis (ESSA) was used to investigate allosteric and cryptic sites of TEM-1 beta-lactamase, cell division protein kinase 2, and galactokinase by applying various cutoff values (7 Å, 10 Å, 11 Å, and 13 Å) and combining 10/20 modes in this study. On the other hand, molecular dynamics (MD) and ClustENMD were performed to investigate hGALK1 enzyme dynamics. In addition, Principal Component Analysis (PCA) was applied to investigate collective motions in the presence and the absence of an allosteric inhibitor in hGALK1. The ligand binding sites of hGALK1 were investigated using frames obtained from MD and ClustENMD. According to the findings, the application of combined 10/20 modes improved the success of the ESSA method. Moreover, binding site prediction success demonstrated variation in the presence of different cutoff values and conformations. Different cutoff values demonstrated success in the prediction of allosteric and orthosteric sites highlighting the role of contacting atoms in the Gaussian Network Model (GNM) calculations. To this extent, the combination of results from various cutoff values has the potential to improve the allosteric site prediction success of the ESSA method.