Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis Uzun Kodlanmayan RNA Antiviral Yanıtı Negatif Düzenleyici (NRAV)'nin Braf-mutant Melanomada İnterferon ile Uyarılan Genlerin İfadelerinin Düzenlenmesindeki Rolü(2025) Ekiz, Hüseyin Atakan; Ekiz, Hüseyin Atakan; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsBu tez çalışması, uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) biri olan NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response)'in BRAF mutasyonu taşıyan melanom hücrelerinde interferon (IFN) uyarılı gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemek-tedir. NRAV daha önce viral enfeksiyon modellerinde interferon yanıtını baskıladığı gösterilmiş bir molekül olmasına rağmen, tümör immünolojisindeki rolü net olarak ortaya konmamıştır. Bu çalışma, NRAV'ın melanom bağlamında bağışıklık sistemine karşı nasıl işlev gördüğünü deneysel olarak değerlendiren ilk çalışmalardan biridir. TCGA-SKCM veri seti üzerinde yapılan biyoinformatik analizlerde, yüksek NRAV ekspresyonunun IFN-α, IFN-γ ve inflamasyon yollarını baskıladığı; bununla birlikte düşük hasta sağkalımıyla ilişkili olduğu gösterilmiştir. A375 melanom hücre hattında oluşturulan NRAV aşırı ekspresyon ve susturma modellerinde yapılan IFN-α ve IFN-γ uygulamaları sonrası, interferon uyarılı genlerin ekspresyon düzeylerinde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. NRAV susturulduğunda bu genlerin ekspresyonu artarken, aşırı ekspresyon durumunda baskılanmıştır. Ancak hücre canlılığı ve prolife-rasyon deneylerinde NRAV'in fazla etki yaratmadığı görülmüştür. Hatta literatürün aksine NRAV baskılanmasının kısmi olarak melanom hücre proliferasyonunu arttırdı-ğı görülmüştür. Bu durum NRAV'in hücre canlılığı ve proliferasyona etkisinin tümör tipine özgü olabileceğini ve belki de immünojenik hücre ölümüyle ilişkili olabileceği-ni düşündürmektedir. Epigenetik analizler, NRAV'ın özellikle H3K27me3 düzeylerini artırarak kromatin bazlı baskılama mekanizmalarıyla işlev görebileceğinin ortaya koymuştur. Ayrıca LC-MS/MS analizleri, NRAV'ın YTHDF2 gibi m6A okuyucu pro-teinlerle fiziksel olarak etkileşime girebileceğini göstermiştir. NRAV, interferon yanı-tını hem epigenetik hem de post-transkripsiyonel düzeyde baskılayan bir lncRNA ola-rak melanomda immün kaçışı destekleyici potansiyele sahiptir. Bu nedenle terapötik hedef ve biyobelirteç adayıdır.