Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis Population Genomics of Crohn Disease Susceptibility(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Narli, Bengisu; Sezgin, Efe; Büyükkileci, Ali OğuzCrohn Hastalığı (CD), gastrointestinal sistemin kronik inflamasyonuna neden olan inflamatuar bir bağırsak hastalığıdır. Modern popülasyonlarda CD'ye yatkınlığı artıran genetik yapının, enfeksiyonlara ve patojenlere direnç gibi belirli çevresel stres faktörlerine karşı seçici avantaj sağlayan türetilmiş bir özellik olduğu iddia edilmektedir. Bu nedenle, CD ile ilişkili genlerde seçilim belirtileri olmalıdır. CD riskinin türetilmiş seçilmiş bir özellik olup olmadığını test etmek için, literatür taramaları yoluyla CD ile ilişkili genler ve varyantlar belirlenmiştir. Allen veriseti ve 1000 Genom Projesi aracılığıyla eski ve modern nüfus verileri toplanmıştır. Veriler Plink ve R kullanılarak analiz edilmiştir. 352 CD risk aleli tanımlanmıştır ve CD ile ilişkili alellerin hastalık risk durumu (koruyucu ve duyarlı) atasal ve türetilmiş durumlarıyla karşılaştırılmıştır. Dünya çapındaki dört metapopülasyonun bu alellere göre farklılaşması incelenmiştir. Ayrıca, eski ve modern popülasyonlar arasındaki alel frekansı farklılıkları karşılaştırılmıştır. Günümüz metapopülasyonları arasındaki genetik farklılaşma ve ayrımın, CD ile ilişkili PUS10 ve PPBP_CXCL5 genlerinin etkisine bağlı olduğu, antik ve modern metapopülasyonlardaki ayrımın ise PPP5C, PPBP_CXCL5 ve AIMP1P2 genlerinin etkisi olduğu gözlemlenmiştir. CD prevalansının daha yüksek olduğu popülasyonlarda daha yüksek risk alel frekanslarına sahip olduğu belirlenmiştir. CD ile ilişkili IRGM, OR2B11 ve IL10 genlerindeki varyantlar, atasal ve modern Avrupa popülasyonları karşılaştırıldığında zaman içinde yüksek alel frekansı değişiklikleri göstermiştir. Gen bazlı son seleksiyon analizleri, CD ile ilişkili HERC2, MACROD2, RBFOX1, ITLN1 ve RNFT1P2 genlerinde etkili olan olası pozitif seçilime işaret etmiştir.Master Thesis Genomic Profiling of Micrornas Regulating Translation in Drosophila Melanogaster Embryos(Izmir Institute of Technology, 2008) Tüncel, Özge; Akgül, BünyaminAmong the small RNAs, microRNAs are a particular class of 21 to 23 nucleotide RNAs that negatively regulate translation and play a pivotal role in posttranscriptional gene expression. microRNAs are found in many phyla that control such diverse events as metabolism, cell fate, cell death and development.The aim of this study is to investigate molecular mechanism of miRNAmediated translational regulation by profiling developmentally important microRNAs according to their translational status and to identify new microRNAs that have roles in translational regulation during the embryogenesis of Drosophila. Following RNA purification from different embryonal stages the fractionated RNAs were analyzed by microRNA microarray. Preliminary results show that 9 miRNAs were expressed in both stages whereas 60 miRNAs were accumulated in RNA fractions of 8 hour embryos.Also there are 2 miRNAs in all fractions of both stages in Drosophila embryos. It can be concluded that most of them were expressed in late embryonal development and there does not appear to be a switch in microRNA profiles in fractions for different stages of embryos. The preliminary results suggest that microRNAs may suppress protein synthesis at pre-initiation and initiation phases based on the microarray data.Further studies are required to solidify the preliminary findings.