Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis Tay-sachs Hastalığı Fare Hücrelerinde MiRNA'ların Biyolojik Rolünün Araştırılması(2025) Seyrantepe, Volkan; Seyrantepe, Volkan; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsTay-Sachs hastalığı, HEXA geminin mutasyonu ve β-N-asetilheksosaminidaz A enzim eksikliğine bağlı bir lizozomal depo hastalığıdır. GM2 gangliozidinin lizozomal birikimi ve bozulmuş otofajik akış daha önce Tay-Sachs hastalığı fare modeli olan Hexa- /-Neu3-/-'de bildirilmiştir. Birkaç tedavi stratejisi araştırılmış olsa da Tay-Sachs hastalığı için küratif bir tedavi yoktur. ML-SA1 bir lizozomal kalsiyum kanalı agonistidir ve otofaji ve ekzositozu indükleme yeteneği çeşitli hastalıklarda bildirilmiştir. miRNA'lar, gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzenleyen kodlamayan küçük RNA'lardır. miRNA'ların düzensiz ekspresyonları birkaç lizozomal depo hastalığı için incelenmiştir. Ancak, Tay-Sachs hastalığında kapsamlı miRNA profillendirmesi ve ML-SA1 tedavisi hakkında bir çalışma yoktur. Bu çalışmada ML-SA1 ile tedavi edilmiş ve edilmemiş koşullarda Hexa-/-Neu3-/- fibroblastları ve nöroglialarının kapsamlı miRNA profillerini belirleyerek hastalık patolojisiyle ilişkili spesifik miRNA'ları tanımlamak ve ML-SA1'in lizozomal ekzositoz ve bozulmuş otofaji üzerindeki etkisini değerlendirmek amaçlanmıştır. Buna göre, yeni nesil dizileme ile birlikte enzim aktivite analizi, otofaji ve ekzositoz belirteçlerinin protein ve gen ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, ML-SA1 lizozomal ekzositozu artırmış ve otofajiyi indüklemiştir. Ancak otofajik temizlenme gözlemlenmemiştir. ML-SA1 uygulanmamış Hexa-/-Neu3-/- fibroblastlar ve nöroglialarda mmu-miR-672-5p ve mmu-miR-5624-3p, WT kontrollerine kıyasla önemli ölçüde yukarı regüle edilirken, mmu-miR-6940-3p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir. ML-SA1 tedavisi üzerine, WT hücrelerine kıyasla mmu-miR-375-3p her iki hücre tipinde de önemli ölçüde yukarı regüle edilirken mmu-miR-7091-5p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir ve mmu-miR-672-5p'nin yukarı regülasyonu etkilenmemiştir. Bu bulgular lizozomal kalsiyum modülasyonunun hastalık koşulları altında miRNA regülasyonunu belirgin şekilde etkilediğini göstermektedir.Master Thesis Investigation of Biomarkers Using Lipidome-Based Research Analysis in Sialidosis(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gümüş, İlker; Seyrantepe, Volkan; Seyrantepe, Volkan; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyNeuraminidase 1, also known as N-acetyl-α-neuraminidase, is an enzyme found in lysosomes and encoded by the NEU1 gene. This enzyme is responsible for eliminating terminal sialic acids from glycoproteins and oligosaccharides. When mutations occur in the NEU1 gene, it leads to a particular lysosomal storage disorder known as sialidosis. Sialidosis is a rare genetic disorder that is inherited in an autosomal recessive manner. Sialidosis is classified into two subtypes: Type I, which has a later onset and Type II, which presents with early onset. In previous studies, an increase in glycolipid levels in visceral organs, and accumulation of sialyloligosaccharides and sialoglycoproteins were reported. However, the effect of NEU1 sialidase on secondary lipid expression levels in sialidosis pathology remains unknown. The relationship between lipid expression levels and inflammation of human and mice sialidosis fibroblasts cell lines was analyzed for the first time in this study. To understand the connection between secondary lipid alterations and inflammation in sialidosis molecular biological approaches and shotgun lipidome analysis were followed. The link between the secondary lipid alterations and its association with sialidosis was determined in our research. We have concluded that the findings not only provide the elucidation of the lipidome characteristics in sialidosis models of mice and patients, but they also have the potential to establish a connection between the lipidome features and the occurrence of neuroinflammation in sialidosis. Grasping the correlation between the changes in secondary lipids and inflammation may offer therapeutic strategies for sialidosis patients by modulating the expression of secondary lipids.