Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2024 - 20252

Settings

Subject: search.filters.subject.Melanoma

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Master Thesis
    Uzun Kodlanmayan RNA Antiviral Yanıtı Negatif Düzenleyici (NRAV)'nin Braf-mutant Melanomada İnterferon ile Uyarılan Genlerin İfadelerinin Düzenlenmesindeki Rolü
    (2025) Ekiz, Hüseyin Atakan; Ekiz, Hüseyin Atakan; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics
    Bu tez çalışması, uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) biri olan NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response)'in BRAF mutasyonu taşıyan melanom hücrelerinde interferon (IFN) uyarılı gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemek-tedir. NRAV daha önce viral enfeksiyon modellerinde interferon yanıtını baskıladığı gösterilmiş bir molekül olmasına rağmen, tümör immünolojisindeki rolü net olarak ortaya konmamıştır. Bu çalışma, NRAV'ın melanom bağlamında bağışıklık sistemine karşı nasıl işlev gördüğünü deneysel olarak değerlendiren ilk çalışmalardan biridir. TCGA-SKCM veri seti üzerinde yapılan biyoinformatik analizlerde, yüksek NRAV ekspresyonunun IFN-α, IFN-γ ve inflamasyon yollarını baskıladığı; bununla birlikte düşük hasta sağkalımıyla ilişkili olduğu gösterilmiştir. A375 melanom hücre hattında oluşturulan NRAV aşırı ekspresyon ve susturma modellerinde yapılan IFN-α ve IFN-γ uygulamaları sonrası, interferon uyarılı genlerin ekspresyon düzeylerinde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. NRAV susturulduğunda bu genlerin ekspresyonu artarken, aşırı ekspresyon durumunda baskılanmıştır. Ancak hücre canlılığı ve prolife-rasyon deneylerinde NRAV'in fazla etki yaratmadığı görülmüştür. Hatta literatürün aksine NRAV baskılanmasının kısmi olarak melanom hücre proliferasyonunu arttırdı-ğı görülmüştür. Bu durum NRAV'in hücre canlılığı ve proliferasyona etkisinin tümör tipine özgü olabileceğini ve belki de immünojenik hücre ölümüyle ilişkili olabileceği-ni düşündürmektedir. Epigenetik analizler, NRAV'ın özellikle H3K27me3 düzeylerini artırarak kromatin bazlı baskılama mekanizmalarıyla işlev görebileceğinin ortaya koymuştur. Ayrıca LC-MS/MS analizleri, NRAV'ın YTHDF2 gibi m6A okuyucu pro-teinlerle fiziksel olarak etkileşime girebileceğini göstermiştir. NRAV, interferon yanı-tını hem epigenetik hem de post-transkripsiyonel düzeyde baskılayan bir lncRNA ola-rak melanomda immün kaçışı destekleyici potansiyele sahiptir. Bu nedenle terapötik hedef ve biyobelirteç adayıdır.
  • Master Thesis
    Investigation of Malignant Melanoma Cancer and Cancer Stem Cells Using Optical Spectroscopy Techniques
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Uslu, Bensu Rüya; Güler, Günnur; Güler, Günnur; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
    Kanser kök hücreleri, kök hücre ve progenitör hücrelerdeki akümüle mutasyonlardan kaynaklanan kanser hücrelerinin düşük bir yüzdesini oluşturmalarına rağmen kanserin tekrarından, tedaviye direnç göstermesinden ve metastazından büyük ölçüde sorumludurlar. Malign melanom yaygın bir kanserdir, ve insidansı, mortatalitesi ve morbitesi alarm verici seviyede artmaktadır. Bu çalışmanın amacı kanser kök hücrelerinin malign melanom modeli üzerinde titreşimsel spektroskopi ile incelenmesidir. Titreşimsel spektroskopi moleküllere dair hem nitel hem nicel bilgi verir. Yani hücrelerin biyokimyasal içeriği ve moleküllerin miktarı titreşimsel spektroskopi ile belirlenebilir. Dahası, deney grupları arasındaki ilişkiler ve spektral verinin istatistiksel önemi kaydedilen spektrumlara çok-değişkenli Analiz yöntemleri uygulanarak değerlendirilebilir. Titreşimsel spektroskopi, infrared ve Raman spektroskopileri, hücresel ve diğer biyolojik çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır ve başarılı sonuçlar elde edilmektedir. Bu çalışmada, kanser kök hücreleri, kök hücre olmayan kanser hücreleri ve bulk hücre popülasyonu hücreleri infrared ve Raman spektroskopileri ile incelenmiştir ve elde edilen veriler hücre döngüsünün 11, 24, 48 ve 72. saatlerinde çok-değişkenli yöntemlerle analiz edilmiştir. Sonuç olarak, üç grup arasındaki biyokimyasal ve biyofiziksel farklar farklı saatler için belirlenmiş ve hücrelerin hüçre döngüsüne ilişkin bilgiler elde edilmiştir. Bu çalışma titreşimsel spektroskopinin hücre karakterizasyonunda kullanılabileceğini ve çok-değişkenli analizlerle birleştirildiğinde spektrumlardan elde edilen bilginin ciddi ölçüde geliştirilebileceğini desteklemektedir.