Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Author: search.filters.author.Akkuş, OnurSubject: search.filters.subject.Biophysics

Search Results

Now showing 1 - 1 of 1
  • Master Thesis
    Optik Spektroskopi Teknikler Kullanarak Rna Metilasyonunun Araştırılması
    (2025) Akkuş, Onur; Güler, Günnur; Akgül, Bünyamin
    N6-metiladenozin (m6A), en yaygın RNA modifikasyonlarından biridir ve RNA'nın işlenmesi, kararlılığı, nükleustan taşınması ve translasyonunun düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. Bu tezde, m6A metilasyonun FT-IR, CD sinyali ve ikincil yapıdaki transkripsiyon sonrası modifikasyonlar incelenmektedir. FT-IR spektroskopisi, zayıflatılmış toplam yansıma (ATR) yöntemiyle birleştirilerek, metil grubunun titreşimsel davranışını analiz etmek amacıyla giderek karmaşıklaşan sistemlerde sistematik biçimde kullanılmıştır. Ana CH₃ gerilme ve bükülme modları, ilk olarak metanol gibi basit moleküllerde gözlemlenmiş sonrasında DNA, sentetik RNA ve nihayetinde hücre kaynaklı RNA gibi daha büyük sistemlerde uygulanmıştır. Özellikle, CH₃ bükülme modları yaklaşık 1478 ve 1332 cm⁻¹'de, CH₃ gerilme modları ise yaklaşık 2984 ve 2883 cm⁻¹'de ortaya çıkmıştır. Bu modlar metilasyonun göstergeleri olarak değerlendirilmiştir. Bu tayinler, metillenmiş ve metillenmemiş türler arasında net spektral ayrım yapılmasını mümkün kılarak, hücre kaynaklı RNA'larda m6A tespiti için moleküler bir parmak izi sunmuştur. Dairesel dikroizm (CD) spektroskopisi, RNA'daki lokalize epitranskriptomik yapısal modifikasyonlardan kaynaklanan baz istiflenmesi, baz eşleşmesi ve hairpin oluşumu gibi metilasyona bağlı ikincil yapı değişikliklerini gözlemlemek için kullanılmıştır. Metillenmiş ve metillenmemiş örnekler karşılaştırıldığında, 265 nm'de (baz istiflenmesi) ve 210 nm'de (sarmal asimetri) eliptiklikte önemli değişiklikler gözlemlenmiştir. Bu spektral değişiklikler, lokalize transkripsiyon sonrası konformasyonel değişiklikleri yansıtmaktadır. Bu çalışma ile, spektroskopik (IR) tabanlı RNA m6A metilasyonunun ölçülmesine dayalı alternatif bir yöntemin geliştirilebileceği ve CD spektroskopisi ile, m6A metilasyon kaynaklı transkripsiyon sonrası lokalize yapısal modifikasyonların izlenebileceğini göstermektedir. Bu bulgular ile, spektroskopik analizlerin m6A metilasyonuna dayalı yapısal biyoloji alanında destekleyici nitelikte bilgi ve yöntem sağlanması amaçlanmıştır.