Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
5 results
Search Results
Now showing 1 - 5 of 5
Master Thesis Optik Spektroskopi Teknikler Kullanarak Rna Metilasyonunun Araştırılması(2025) Akkuş, Onur; Güler, Günnur; Akgül, BünyaminN6-metiladenozin (m6A), en yaygın RNA modifikasyonlarından biridir ve RNA'nın işlenmesi, kararlılığı, nükleustan taşınması ve translasyonunun düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. Bu tezde, m6A metilasyonun FT-IR, CD sinyali ve ikincil yapıdaki transkripsiyon sonrası modifikasyonlar incelenmektedir. FT-IR spektroskopisi, zayıflatılmış toplam yansıma (ATR) yöntemiyle birleştirilerek, metil grubunun titreşimsel davranışını analiz etmek amacıyla giderek karmaşıklaşan sistemlerde sistematik biçimde kullanılmıştır. Ana CH₃ gerilme ve bükülme modları, ilk olarak metanol gibi basit moleküllerde gözlemlenmiş sonrasında DNA, sentetik RNA ve nihayetinde hücre kaynaklı RNA gibi daha büyük sistemlerde uygulanmıştır. Özellikle, CH₃ bükülme modları yaklaşık 1478 ve 1332 cm⁻¹'de, CH₃ gerilme modları ise yaklaşık 2984 ve 2883 cm⁻¹'de ortaya çıkmıştır. Bu modlar metilasyonun göstergeleri olarak değerlendirilmiştir. Bu tayinler, metillenmiş ve metillenmemiş türler arasında net spektral ayrım yapılmasını mümkün kılarak, hücre kaynaklı RNA'larda m6A tespiti için moleküler bir parmak izi sunmuştur. Dairesel dikroizm (CD) spektroskopisi, RNA'daki lokalize epitranskriptomik yapısal modifikasyonlardan kaynaklanan baz istiflenmesi, baz eşleşmesi ve hairpin oluşumu gibi metilasyona bağlı ikincil yapı değişikliklerini gözlemlemek için kullanılmıştır. Metillenmiş ve metillenmemiş örnekler karşılaştırıldığında, 265 nm'de (baz istiflenmesi) ve 210 nm'de (sarmal asimetri) eliptiklikte önemli değişiklikler gözlemlenmiştir. Bu spektral değişiklikler, lokalize transkripsiyon sonrası konformasyonel değişiklikleri yansıtmaktadır. Bu çalışma ile, spektroskopik (IR) tabanlı RNA m6A metilasyonunun ölçülmesine dayalı alternatif bir yöntemin geliştirilebileceği ve CD spektroskopisi ile, m6A metilasyon kaynaklı transkripsiyon sonrası lokalize yapısal modifikasyonların izlenebileceğini göstermektedir. Bu bulgular ile, spektroskopik analizlerin m6A metilasyonuna dayalı yapısal biyoloji alanında destekleyici nitelikte bilgi ve yöntem sağlanması amaçlanmıştır.Master Thesis Oküler Yüzey Skuamöz Hücreli Neoplazilerin Erken Tanısında Optik Spektroskopi Tekniklerin Potansiyelinin Araştırılması(2025) Çavuş, Ali Özenç; Güler, Günnur; Onay, Melis PalamarOküler yüzey skuamöz hücreli neoplazi (OYSHN), göz yüzeyinde skuamöz epitel hücrelerinin anormal büyümesini içeren geniş ve çeşitli bir hastalık spektrumunu kapsar. Bu hastalıklardan bazıları konjonktival intraepitelyal neoplazi (CIN) veya oküler yüzeyin skuamöz hücreli karsinomudur (SCC). OYSHN hastalıkları arasında, SCC nadir görülen (rare disease) bir kanser çeşidi olmasına karşın CIN en yaygın görülen konjonktival neoplazidir. CIN gözün epitel tabakasını etkileyen fakat epitel bazal membranı aşmayan konjonktiva epitel hücre displazisidir. OYSHN hastalığının teşhis ve tedavi yöntemleri arasında en sık kullanılan yöntem, lezyonu tespit edebilmek için, floresan, lizamin yeşili veya rose bengal kullanılarak yapılan oftalmik muayene yöntemidir. Son yıllarda, ön segment Optik Koherans Tomografi tetkikinin kullanıma girmesiyle tanıda yardımcı olarak kullanılmaya başlanmıştır. Ancak, bu prosedürlerin uygulanmasında ve değerlendirilmesinde uzman kişilere gereksinim duyulması, invaziv olması, boyama ve etiketleme gerektirmesi, maliyetinin yüksek olması, sonuçlarının ve raporlarının uzun vakit alması gibi dezavantajları bulunmaktadır. Buna karşın, optik spektroskopi (FTIR, Raman) tekniklerinde kullanılmak üzere oluşturulan olan protokoller/yöntemler hızlı, hassas, düşük maliyetli, etiketsiz (label-free), az miktarda numune gerektirmesi (2-5 uL), sarf malzemeye ihtiyaç olmadan ve numune hazırlamaya gerek kalmadan veya zahmetsizce kısa numune hazırlığı ile kullanımı kolay olması gibi birçok avantajlara sahiptirler. Bu çalışma, hastalığın tanısında ve erken teşhisinde titreşim spektroskopisi ve çok değişkenli istatistiksel analizlerin kullanımını desteklemektedir. Bu çalışmada oküler yüzey skuamöz hücreli neoplazi hastalarından alınan gözyaşı sıvılarının moleküler içeriklerinin sağlıklı bireylerin gözyaşı sıvılarından farklı olduğu gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Oküler yüzey skuamöz hücreli neoplasi, İnsan gözyaşı sıvısı, Kızılötesi spektroskopisi, Raman spektroskopisiMaster Thesis FTIR ve CD Spektrometresi Kullanılarak N-bağlı Glikozilasyonun Eritropoetinin İkincil Yapısı ve Konformasyonel Stabilitesi Üzerindeki Etkilerin Araştırılması(2025) Öztürk, Cansel Özen; Güler, Günnur; Güner, Şerife AyazEritropoetin (EPO), böbreklerden salgılanan ve eritrosit üretiminden sorumlu olan 165 aminoasiten oluşan ve dört adet glikanın bağlı olduğu glikoprotein yapıda olan bir hormondur. Rekombinant insan eritropoetini, kronik böbrek yetmezliğinden veya kanser tedavisinden kaynaklanan aneminin tedavisi için terapötik olarak uygulanan bir proteindir. Ancak, EPO'nun üretim süreç ve koşullarında meydana gelen değişiklikler, molekülün glikolizasyon formunun bozulmasına neden olabilir bu da EPO'nun yapısında ve biyolojik aktivitesinde farklılıklara sebep olabilir. Çünkü glikozilasyon profilleri, proteinin hedef reseptörlerle doğru bir şekilde etkileşim kurmasını sağlar ve bu da tedavi etkinliğini doğrudan etkiler. Bu sebeple EPO'nun yapısının bilinmesi, yapısal stabilitesi hakkında bilgi sahibi olunması, tedaviler açısından büyük önem taşımaktadırlar. Bu çalışmanın amacında, EPO'nun N-bağlı glikozilasyon ve deglikozilasyon formunun, yapıda meydana getirebileceği yapısal ve konformasyonel değişikliklerin incelenmesi, Fourier Dönüşümlü Kızılötesi (FT-IR) ve Dairesel Dikroizm (CD) Spektroskopisi teknikleri yardımıyla gerçekleştirilmesi vardır. FT-IR ile proteinin ikincil yapısı aydınlatılıp, termal stabilite ve H/D değişimi analizleri yapılırken, CD spektroskopisi ile proteinin katlanması, sekonder yapısı ve termal stabilite analizleri yapılacaktır. Analizler sonucunda, farklı formların EPO'nun yapısal bütünlüğü üzerindeki etkilerinin aydınlatılması hedeflenmektedir. Ayrıca, elde edilen verilerin, Eritropoetinin tedavi etkinliği üzerinde yeni biyoteknolojik yaklaşımlar için temel oluşturması beklenmektedir.Master Thesis Protein-enzyme reaction followed by vibrational spectroscopy and dft (density functional theory) characterization(01. Izmir Institute of Technology, 2023) Öztoprak, Nazlı; Güler, Günnur; Yağmurcukardeş, MehmetWhey proteins are crucial for many functions of the human body. Determining the structural properties of the protein with the enzymatic hydrolysis makes it possible to improve food quality, identify allergens and better understand food poisoning. In this study, the structural alterations of β-Lactoglobulin (model whey protein) were investigated during proteolysis. Trypsin was used as a model enzyme. Digestion of β-LG by trypsin at different concentrations were measured by Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy as well as by Raman spectroscopy to identify the degradation of the protein and to verify the enzymatic reactions results at various temperatures in real time. Afterwards, the advanced analysis techniques, two-dimensional correlation spectroscopy (2DCOS) and curve-fitting analysis, were applied. In addition, the experimental measurements were supplemented with DFT simulations. Based on the FTIR spectroscopy results, the most notable changes take place in the amide I (1600-1700 cm-1) and in the amide II (1480-1580 cm-1) regions. FTIR spectroscopic results revealed that the structural elements of β-LG broken down and degraded during the enzymatic digestion. Moreover, the carboxylate groups (COO-) gives rise in the infrared range (1605-1580 cm-1) as released products. Raman spectroscopic results demonstrate that β-LG loses its secondary structure and the product is formed around 1425 cm-1 arising from the carboxylate groups (COO-) due to the digestion. DFT results show that the Raman spectrum of single unit arginine and lysine residues can be predicted by DFT method. Furthermore, DFT calculations give the rise at 1683 cm-1 and 3540 cm-1 caused by C-N vibrations and N-H vibrations arising from the amino groups (NH2+), respectively.Master Thesis Investigation of Malignant Melanoma Cancer and Cancer Stem Cells Using Optical Spectroscopy Techniques(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Uslu, Bensu Rüya; Güler, GünnurKanser kök hücreleri, kök hücre ve progenitör hücrelerdeki akümüle mutasyonlardan kaynaklanan kanser hücrelerinin düşük bir yüzdesini oluşturmalarına rağmen kanserin tekrarından, tedaviye direnç göstermesinden ve metastazından büyük ölçüde sorumludurlar. Malign melanom yaygın bir kanserdir, ve insidansı, mortatalitesi ve morbitesi alarm verici seviyede artmaktadır. Bu çalışmanın amacı kanser kök hücrelerinin malign melanom modeli üzerinde titreşimsel spektroskopi ile incelenmesidir. Titreşimsel spektroskopi moleküllere dair hem nitel hem nicel bilgi verir. Yani hücrelerin biyokimyasal içeriği ve moleküllerin miktarı titreşimsel spektroskopi ile belirlenebilir. Dahası, deney grupları arasındaki ilişkiler ve spektral verinin istatistiksel önemi kaydedilen spektrumlara çok-değişkenli Analiz yöntemleri uygulanarak değerlendirilebilir. Titreşimsel spektroskopi, infrared ve Raman spektroskopileri, hücresel ve diğer biyolojik çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır ve başarılı sonuçlar elde edilmektedir. Bu çalışmada, kanser kök hücreleri, kök hücre olmayan kanser hücreleri ve bulk hücre popülasyonu hücreleri infrared ve Raman spektroskopileri ile incelenmiştir ve elde edilen veriler hücre döngüsünün 11, 24, 48 ve 72. saatlerinde çok-değişkenli yöntemlerle analiz edilmiştir. Sonuç olarak, üç grup arasındaki biyokimyasal ve biyofiziksel farklar farklı saatler için belirlenmiş ve hücrelerin hüçre döngüsüne ilişkin bilgiler elde edilmiştir. Bu çalışma titreşimsel spektroskopinin hücre karakterizasyonunda kullanılabileceğini ve çok-değişkenli analizlerle birleştirildiğinde spektrumlardan elde edilen bilginin ciddi ölçüde geliştirilebileceğini desteklemektedir.