TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
3 results
Search Results
Research Project Manyetik Levitasyon Tekniğiyle Oluşturulan 3 Boyutlu Tümör Sferoid Modellerinde Sapogenol Türevlerinin İlaç Etkinliklerinin Araştırılması(2023) Yıldız, Ahu Arslan; Bedir, Erdal; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of TechnologySon dönemin yaygın hastalığı olan kanser tedavisine yönelik çalışmalarda potansiyel ilaçların etkinliklerinin araştırılması için doku fizyolojisine yüksek benzerlik gösteren 3 boyutlu (3B) hücre kültürü modelleri dikkat çekmektedir. Bu modeller 2B hücre kültürü çalışmalarındaki birçok problemin aşılmasını sağlayarak ilaç geliştirme çalışmalarında tercih edilmektedir. Tamamlanan projede yeni nesil manyetik levitasyon kullanılarak üretilmiş 3B tümör sferoid modelleri üzerinde sapogenol türevi potansiyel kanser ilaçları ve antikanser ilacı Paklitaksel?in (Ptx) ilaç aktivite taramaları yapılmıştır. 3B sferoid modelleri doku iskelesi üzerinde ya da doku iskelesinden bağımsız şekilde üretilebilirler. Manyetik levitasyon yöntemi doku iskelesinden bağımsız olup, iki mıknatıs tarafından yaratılmış manyetik alan içerisinde paramanyetik ajanların etkisiyle manyetize edilmiş hücrelerin yoğunlarına bağlı olarak kendilerine has bir yükseklikte (levitasyon yüksekliği) harici bir kuvvet gerektirmeden asılı kalmalarını sağlamaktadır. Bu yöntemle, levitasyon yükseklikleri aynı seviyede olan hücreler arası etkileşimler artarak 3B sferoid yapıları doku iskelesine ihtiyaç duyulmadan hızlıca elde edilebilmektedir. Proje sürecinde geliştirilmiş olan manyetik levitasyon temelli ilaç tarama platformu 3B tümör sferoid modellerinin üretilmesi için yeni bir yöntemdir. Bu amaçla, tamamlanan projede; çeşitli kanser hücreleri, geliştirilmiş manyetik levitasyon düzeneği içerisinde paramanyetik kontrast ajanları kullanılarak 3B şekilde kültürlenmiş, tümör sferoid modelleri her hücre hattı için ayrı şekilde elde edilmiştir. Kontrol grubu olarak, aynı hücre hatlarıyla asılı damlacık yöntemi kullanılarak 3B sferoid modelleri elde edilmiştir. Oluşturulan sferoid modelleri üzerinde 2B hücre kültüründe ilaç etkinliği belirlenmiş sapogenol türevi ilaç moleküllerinin ve FDA tarafından onaylı antikanser ilacı Ptx?in aktivitesi araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlarla birlikte, 2B hücre kültürü kullanılarak yapılan tümör fizyolojisi araştırmaları yerine bu modellerin dezavantajlarını geride bırakan, gerçek tümör fizyolojisini çok daha yakın seviyede taklit edebilen, klinik araştırmalar öncesinde ilaç taramalarında ve farklı moleküllerin etkilerinin araştırılmışında kolay, gerçekçi ve hızlı sonuçlar sağlayabilecek manyetik levitasyon temelli yeni bir ilaç aktivite tarama modeli geliştirilmiştir.Research Project Eksozom Tayini İçin Plazmonik Temelli Sensör Platformu Geliştirilmesi(2022) Sözmen, Alper Baran; Yıldız, Ahu Arslan; 01. Izmir Institute of Technology; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of EngineeringEksozom Tayini İçin Plazmonik Temelli Sensör Platformu Geliştirilmesi Amaç: Kanser vakalarında yüksek ölüm oranına rağmen erken teşhis ile vakaların %40?ının tedavisinin mümkün olduğu gösterilmiştir. Mevcut altın standart olan doku biyopsisine alternatif olarak geçtiğimiz yıllarda likit biyopsi yöntemi önerilmiştir. Bu çalışmada amaç plazmonik temelli bir sensör platformu geliştirilerek likit biyopsi ile kanser biyobelirteci olabilecek eksozom proteinlerinin tayininin sağlanmasıdır. Bu amaçla literatürde küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK) biyobelirteci olarak gösterilen CD151 ve EpCAM proteinini yapısında bulunduran in-vitro eksozomların üretimi A549 KHDAK hücre hattı kullanılarak sağlanmış ardından eksozomlar izole edilerek sensör platformunu test etmek için kullanılmıştır. Gereç ve yöntem: Platform üretimi için altın nanoparçacık (AuNP) sentezi yapılıp AuNP?lar mikroplakalara immobilize edilmiştir. İmmobilize AuNP?lar CD151 ve EpCAM antikorları ile ayrı ayrı fonksiyonlandırılmıştır. Sensör platformunun optimizasyonu AuNP sentez süresi, antikor miktarı ve antikor interaksiyonu için inkubasyon süresi çalışılarak yapılmıştır. Sonrasında ilgili protein standartları kullanılarak platformun çalışma aralığı ve tayin limiti belirlenmiştir. Eksozom izolasyonu için ticari kit kullanılmış ve izole eksozomların karakterizasyonu toplam protein tayini, western blot, immunohistokimyasal boyama ve zeta sizer DLS analizleriyle yapılmıştır. Yapılan analizlerin ardından eksozom örnekleri geliştirilen sensör platformunu test etmek için kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmanın optimizasyon adımında AuNP üretimi için ideal sürenin 90 dk, immobilizasyon için uygun antikor konsantrasyonunun %2 ve inkubasyon süresinin 60 dk olduğu görülmüştür. EpCAM ve CD151 proteinleri için tayin limitleri sırası ile 2,9 ve 0,9 nM olarak hesaplanmıştır. İzolat içerisindeki eksozom konsantrasyonunun 2,9 x 109 eksozom/ml olduğu, eksozomların yapılarında CD151, EpCAM ve eksozom biyobelirteci olan CD81 proteinlerini taşıdığı, toplam protein miktarının 1,32 mg/ml olduğu gösterilmiştir. Sensör platformu ekozomlar ile test edildiğinde tayin limitleri anti-CD151 ve anti-EpCAM ile hazırlanmış platformlar için sırasıyla 7,62 x 104 ve 3,14 x 104 eksozom/ml olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada literatürde ilk defa eksozomların tayini için immobilize LSPR-temelli sensör platformu geliştirilmiştir. Geliştirilen sensör platformunun hassasiyet ve kolay kullanıma sahip olması kanser teşhisi çalışmaları için uygun bir aday olduğunu göstermektedir.Article Investigation of Breast Cancer Cells and Phospholipid Cell Membrane Interactions(İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, 2019) Yıldız, Ahu Arslan; Arslan Yıldız, Ahu; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of TechnologyObjective: Circulating tumor cells have an important role in the pathogenesis of metastasis. Metastasis occurs through few steps including arrival of circulating tumor cells to distant tissue and organs, their adherence to the target tissue, and then formation of a new tumor. To understand the mechanism of this process it is necessary to investigate the interaction of cancer cells with other molecules and cells of the target tissue, and most importantly interaction with lipids forming the cellular membrane. Methods: To better understand the process of cancer cell adhesion onto lipid membranes and the ionic interactions that are involved in cell adherence, surfaces functionalized with tethered bilayer lipid membrane (tBLM) were utilized in this work as an experimental platform. Either lipid surfaces functionalized with cationic POEPC: PC or anionic POPS: PC fwere examined to observe the ionic interaction of charged phospholipid membrane and MDA-MB231 breast cancer cells. Results: Adhesions of MDA-MB-231 breast cancer cells and NIH-3T3 mouse fibroblast cells to positively charged POEPC: PC lipid surfaces,and their dissemination was observed during examinations using Surface Plasmon Resonance (SPR) method. The results were further confirmed with cell viability and proliferation studies that shows cationic POEPC: PC lipid surfaces were able to facilitate and increase the cell adhesion. Conclusion: These results reveal the cationic phospholipid structures favour the enhanced cancer cell adhesion.