TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
8 results
Search Results
Publication Ankilozan Spondilit'in Moleküler ve İmmün Patogenezinin İncelenmesi(2024) Yalçın, Talat; Yalçın, Talat; Erzik, Can; Akçapınar, Günseli Bayram; Dilek, Yunus Emre; Özkaya, Şeyma Çolakoğlu; Gülmez, Merve; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.01. Department of ChemistryKronik inflamatuvar ve otoimmün bir eklem hastalığı olan Ankilozan Spondilit (AS), özellikle genç erkeklerde görülen ve omurgayı etkileyen, sakroileit ve bambu omurga gibi belirgin lezyonlara yol açabilen bir durumdur. Hastalığın patofizyolojisi tam olarak anlaşılamamış olmasına rağmen, genetik faktörlerin, özellikle HLA-B27 genetik varyantının, büyük bir rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmada, hastalarda HLA-B27 genotipinin, ERAP1 ve ERAP2 haplotiplerinin ve bu ikisinin ortak oluşturduğu HLA-B ile sunulan immünopeptidom profilinin, AS'nin gelişimindeki rollerinin daha iyi anlaşılması amaçlanmıştır. Çalışmada ERAP1 ve ERAP2 haplotiplerinin ankilozan spondilit (AS) hastalarındaki dağılımı türk popülasyonunda 200 hastalık seride gösterilmiş ve sağlıklı bireylerdeki dağılım ile kıyaslanmıştır. Hasta ve kontrol dağılımları farklılık göstermezken, literatürde AS için risk olarak tanımlanmamış olan haplotip-8 (Hap8) çalışmada hasta popülasyonunda en sık rastlanan haplotip olarak bulunmuştur. As hastalığıyla ilk ilişkilendirilmiş genotip olan HLA-B27 aleli için hasta ve kontrol gruplarında tiplendirme yapılmıştır. Hastalardaki sıklığı %85-90 rapor edilen HLA-B27 pozitifliği, çalışılan grupta %62 olarak bulunmuştur. Bununla birlikte HLA-B27 için negatif olan ancak As için risk aleli olan diğer alellerin oranı %18 olarak tespit edilmiştir. İlk belirlenen hasta grubunun içinden ERAP haplotipleri, HLA-B27 genotipleri ve klinik seyir özelliklerine göre seçilen ikinci hasta grubunda, MHC-I ile hücre yüzeyinde sunulan peptid havuzu saptanmış ve veritabanlarında taranmıştır. Bakteri, virüs ve fungus peptidleriyle dizi benzerliklerine ve immünojenite veritabanı skorlarına dayanılarak immünojenik/artritojenik olarak moleküler kenetlenme (docking) çalışmaları için aday peptidler tanımlanmıştır. Bu veriler ışığında peptidlerin kenetlenme çalışmalarının ayrıntılandırılması sonrası ERAP haplotipleri-HLA-B alt-tipleri- immünojenik aday peptid ilişkisinin kurulması ve in vitro immünojenite çalışması aday peptidlerinin belirlenmesi hedeflenecektir.Research Project Tek kullanımlık MALDI targetlerin geliştirilmesi:karakterizasyonu ve uygulamaları(2008) Yalçın, Talat; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology[No Abstract Available]Research Project Peplit türevlerinin gaz farkı reaksiyon mekanizmalarının kütle spektrometre ile incelenmesi(2012) Yalçın, Talat; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyProteinlerin aminoasit dizilimleri, ardaşık kütle spektrometresi (MS/MS) kullanılarak bulunmaktadır. Amino asit dizilimi bulunmak istenen proteinler, önce enzim yardımı ile küçük peptit gruplarına parçalanmakta ve daha sonra, bu peptitlerin, amino asit dizilimleri ardaşık kütle spektrometre kullanılarak bulunabilinmektedir. Günümüzde, ardaşık kütle spektrometre kullanarak bu tür peptitlerin gaz fazında ne tür parçalanma ürünleri verdiği konusunda çok detaylı çalışmalar yapılmış ve hâlâda yapılmaktadır. Peptitelerin, gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok iyi anlaşılması, proteinlerin sekanslarının doğru ve etkin bir şekilde bulunabilmesi için çok önemlidir. Bu konuda yapılan detaylı çalışmalar göstermektedir ki, amino asitlerin gruplanmalarını ve isimlendirmelerini belirleyen fonksiyonel grupların, peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmalarında önemli rol oynadığıdır.Research Project Proton Kopartılmış Peptit Türevlerinin Gaz Fazı Reaksiyon Mekanizmalarının Kütle Spektrometre ile İncelenmesi(2014) Yalçın, Talat; Arslanoğlu, Alper; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyProteinler canlı organizmalardaki yaşamsal faliyetleri etkileyen ve düzenleyen en önemli yapı taşlarındandır. Hastalıklarda, kalp krizinde, stres altında v.b., hücrelereki protein seviyelerinde ve çeşitliliğinde değişmeler gözlenebilmektedir. Bu tür proteinlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için protein sekanslarının doğru tanımlanması çok önemlidir. Özellikle hücre içi sinyal iletimi fosforlanmış proteinler vasıtasıyla yapılmaktadır ve fosforlanmış proteinlerdeki fosfor grubunun hangi pozisyondaki (serin, S, tirozin , Y, veya tironin, T) amino asite bağlandığını belirleme ve sekansın doğru yapılması, proteinin fonksiyonunu anlamak açısından önemli gerekliliktir. Günümüzde proteinlerin enzimlerle kesilmesi ile elde edilen peptitlerden elde edilen gaz fazı Kütle Spektrometre sinyalleri (pozitif ve/veya negatif iyonlar) yardımı ile peptitlerin sekanslarını ve dolayısıyla proteinlerin amino asit dizilimleri tanımlanmaya çalışılmaktadır ve doğru tanımlayabilmek açısından gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok detaylı çalışılması, yeni informatik bilgiler elde etme açısından önemlidir. Bu çalışmada, proton kopartılmış peptit türevlerinin gaz fazı reaksiyon mekanizmaları kütle spektrometre yardımı ile çalışılmıştır. Çalışmalar sırasında XAAAAAA-OH, AXAAAAA-OH, AAXAAAA-OH, AAAAXAA-OH, AAAAAXA-OH, AAAAAAX-OH, XAAAAAA-NH2, AXAAAAANH2, AAXAAAA-NH2, AAAAXAA-NH2, AAAAAXA-NH2, AAAAAAX-NH2 ve XYAGFLV-OH, YXAGFLV-OH, YAXGFLV-OH, YAGXFLV-OH, YAGFXLV-OH, YAGFLXV-OH ve YAGFLVXOH (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit serileri, sekanslarında tekli asidik amino asit içeren peptitlerle, sistematik çalışmalar yapılmıştır. Amino asidin pozisyona bağlı gaz fazı parçalanma mekanizması ve ayrıca komşu amino asitlerin yan zincirlerinin gaz fazı parçalanmasına etkileride incelenmiştir. Ayrıca, sekanslarında birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevleriylede sistematik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar içinde, XXYAGFLV-OH, YXXAGFLV-OH, YAXXGFLVOH, YAGXXFLV-OH, YAGFXXLV-OH, YAGFLXXV-OH, YAGFLVXX-OH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) VE XXXYAGFLV-OH, YXXXAGFLV-OH, YAXXXGFLV-OH, YAGXXXFLV-OH, YAGFXXXLV-OH, YAGFLXXXV-OH, YAGFLVXXXOH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit türevleri kullanılmıştır. Burada da birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevlerinin pozisyon etkisi ve komşu aminoasitlerin yan zincilerinin gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylandırılmıştır. Bunlara ek olarak, YAGFLVEEEE-OH ve YAGFLVEEEEE-OH peptit türevleriyle çalışılmalar yapılmıştır ve etkileri detaylandırılmıştır. Ayrıca sekanslarında serine, S, tirozine, Y, treonin, T, bulunduran peptit türevleri ilede fosforlanmış peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmaları çalışılmıştır. Bu çalışma için, AEKEpYTVD-OH, IETDKEpYT-OH, SKDESIpYV-OH, DMTpSGLPL-OH, KELLPLpSA-OH, YDMTTpSLP-OH, ve YDMpTGLPLOH fosforlanmış peptit türevleri kullanılmıştır.Research Project Puccinellia distans (Jacq.) Parl.’da boron hiperakümülasyonu ve tolerans mekanizmalarının proteomiks yaklaşım kullanarak anlaşılması(2017) Yalçın, Talat; Frary, Anne; Allmer, Jens; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBor hem yüksek hem düsük konsantrasyonlarında bitkilerde büyüme bozukluklarına ve verim kaybına neden olmaktadır. Yüksek bor konsantrasyonundan kaynaklanan problemlerin giderilmesi için gerçeklestirilen; topragın yıkanması, topragın çinko ile zenginlestirilmesi gibi yöntemlerin bu sorunun giderilmesinde yetersiz kaldıgı gözlemlenmistir. Dünya bor rezervlerinin %71,3?üne sahip olan Türkiye?de bor toksisitesi, önemli bir tarımsal sorundur ve ülkenin belirli bölgelerindeki birçok tarım bitkinin verimini azaltmakta ve kullanılabilir tarım alanlarını kısıtlamaktadır. Dayanıklı tür belirlemeye yönelik yapılan arastırmalar sonucunda Türkiye?de bor madenlerinin bulundugu arazilerde büyüyebilen ve yüksek bor toksisitesine tolerans gösteren Puccinellia distans (çorak çimi) tanımlanmıstır. Tarımsal olarak ekonomik bir degeri olmamasına ragmen, yakın zamanda gerçeklestirilen fizyolojik çalısmaların ısıgında bünyesinde yüksek miktarlarda bor biriktirebildigi bulunmustur. Bu bitki türü ile transkriptomik düzeyde çalısılmıstır fakat üzerinde daha önce proteomik düzeyde herhangi bir çalısma gerçeklestirilmemistir. Bu projede, Puccinelia distans bitkisindeki bor toksisitesine karsı toleransta rol oynayan mekanizmalar proteomik (proteinlerin farklı ekspresiyon profillerinin çıkarılması) yaklasımla incelenmistir. Puccinellia distans bitkisindeki bor toksisitesine dayanıklılık mekanizmalarını ortaya çıkarmak için bor stresine maruz bırakılmıs bitkiler ile normal sartlarda yetistirilmis bitkilerin kök ve yapraklarından izole edilen proteinler incelenmistir. Ifadelenmesi farklı bulunan proteinlerin tanımlanması için etiketsiz (label-free) kütle spektrometresi ile ölçümler yapılmıstır. Puccinelia distans transkriptomu, Arabidopsis thaliana ve Oryza sativa proteinleri ve de novo dizileme sonuçlarında olusan bir veritabanı kullanılarak kütle spektrometre verileri analiz edilmistir, peptitler ve dolayısıyla proteinler tanımlanmıstır. Çalısma sonucunda boron transportundan sorumlu aquaporin proteinleri, tonoplastlar tanımlanmıs ve karbohidrat, lipid, protein yıkım, oksidatif stres, hormonal sinyal transdüksiyonu gibi metabolik yolların stres kosullarından etkilendigi tespit edilmistir.Research Project Bazik amino asit içeren çift-protonlanmış peptit iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması(2018) Yalçın, Talat; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyProteinler, hücre içindeki faaliyetlerin düzenlenmesinde önemli görevlere sahiptir. Protein içindeki amino asitlerin konumları, birbiriyle olan etkileşimleri, bazik veya asidik amino asitlerin peptit zincirine etkileri proteinlerin hücre içindeki rollerini belirlmekte ve hakkında önemli bilgiler vermektedir. Kütle Spektrometresi (MS) yöntemi, proteinlerdeki amino asit dizilimlerinin bulunmasında oldukça popüler yöntemdir. Proteinler enzimatik bölünmeye uğradığında (Tripsin), kesilmiş peptitlerin C terminalinde, her zaman lizin (K) veya arginin (R) gibi bir bazik amino asit bulunur. Amino asit dizilimlerinde, bazik amino asit ihtiva eden petit seriler ile, kolaylıkla çoklu protonlanmış peptit iyonları oluşturulabilinmektedir. Bu çalışmada, model olarak hepta peptit serileri kullanılmış ve dizilimlerinde bazik amino asitlerden, lisin (K), arjinin (R) ve histidin (H), ihtiva eden bu peptitler ile, bu aminoasitlerin pozisyon etkilerini araştırmak için peptit dizisi içinde yerleri değiştirilmiş ve bazik amino asitlerin (C terminaline ve N terminaline yakın) konumunun gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylı olarak çalışılmıştır. Sonuç olarak; bütün model peptidlerde, bazik amino asitlerin pozisyonları (N-ucundan sayılarak) 4, 5, 6, ve 7?ci pozisyonlarda olduğu zaman Klas 1 parçalanma mekanizmasına bağlı olarak gözlenen b2 ve y5 komplementeri iyonları gözlenebilmektedir. b2 ve y5 iyonlarının göreceli iyon şidetlerinin, bazik amino asitin C-ucuna yaklaştıkça arttığı gözlenmiştir. Pozisyon veya amino asidin yapısı b2 ve y5 iyonlarının oluşma mekanizmlarına bir etki gösterdiği görülmektedir. Alanin ihtiva eden birinci model peptit örneklerindeki çalışma sonuçlarına göre, b2 ve y5 iyonlarının, bazik amino asitler (N-ucundan sayıldığında) 3. cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlanmışken, aynı tür iyonlar, YAGFLV amino asit dizlimleri ihtiva eden diğer model peptit örneklerinde 4.cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlamışlardır. Sadece Serin ve Treonin amino asitleri diğerlerinden farklı davranış göstermiştir. Histidin C-ucunda bulunduğunda diğer sonuçların aksine, y5 ve b2 iyonu % 5-10 şiddete sinyal seviyesi göstermiştir.Article Bitki Proteomik Çalışmalarında Kullanılan Yaklaşımlar ve Uygulama Yöntemleri(2020) Günel, Aslıhan; Yalçın, Talat; Hasançebi, Semra; Yalçın, Talat; Emir, Mahmut; Demirci, Yahya Emin; Dinç, Melike; Güray, Melda Zeynep; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyProteomik yaklaşımları 2000 li yılların başlarına kadar mikroorganizmalar ve hayvansal kaynaklı örneklerde ağırlıklı olarak kullanıldı. Bu dönemde bitki proteomik çalışmaları yok denecek kadar azdır. Bitkisel dokulardaki sert hücre çeperleri, karmaşık ve çok çeşitli sekonder metabolitlerin varlığı, fazla miktardaki pigmentler, proteazlar, polifenoller, polisakkaritler, nişasta ve lipitler total protein örneklerinin hazırlanması ve proteinlerin ayrımı sırasında pek çok soruna neden olmuştur. Ancak her bir sorunun üstesinden gelmek üzere sürdürülen çabalar sayesinde bitki dünyasında da proteomik yaklaşım kullanımı yaygınlaşmıştır. Bu derlemede, örnek hazırlığından protein tanımlamaya kadar tüm basamaklar yöntemsel gelişmeleri de kapsayacak şekilde ayrıntılı olarak ele alınmış ve konuyla ilgili araştırıcıların maksimum yararlanabileceği bir kaynak oluşturulmaya çalışılmıştır.Article Citation - WoS: 11Citation - Scopus: 14Proteomic Changes During Boron Tolerance in Barley (hordeum Vulgare) and the Role of Vacuolar Proton-Translocating Atpase Subunit E(Türkiye Klinikleri Journal of Medical Sciences, 2011) Atik, Ahmet Emin; Bozdağ, Gönensin Ozan; Koç, Ahmet; Kaya, Alaattin; Koç, Ahmet; Yalçın, Talat; Karakaya, Hüseyin Çağlar; Karakaya, Hüseyin Çağlar; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBoron is an essential micronutrient for plants and animals; however, it can be toxic when present at high concentrations. The purpose of this study was to understand the mechanisms of boron tolerance in the Turkish barley (Hordeum vulgare) Anadolu cultivar. For this purpose, 2-dimensional electrophoresis (2-DE) was used to screen differentially expressed proteins for both control and boron-stressed Anadolu barley genotypes. Seven proteins were revealed by 2-DE: 1) ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCo large chain), 2) TLP5, a thaumatin-like protein, 3) PR5, a basic pathogenesis-related protein, 4) a RNase S-like protein, 5) a PSI type III chlorophyll a/b-binding protein, 6) a light-harvesting complex I LHC I, and 7) the vacuolar proton-translocating ATPase subunit E protein. These were found to be upregulated in response to boron treatment. Even though the protein encoded by the V-ATPase subunit E gene was overexpressed, its transcript level was downregulated by boron treatment. Heterologous expression of the barley V-ATPase subunit E gene in yeast provided boron resistance to yeast cells. These results indicated that the V-ATPase subunit E gene was functional and conferred tolerance to toxic boron levels in yeast and might play a role in the overall boron tolerance of barley. © TÜBITAK.