TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
3 results
Search Results
Article Citation - WoS: 2Türkiye’de Kutanöz Leyşmanyazis Hastalarından Elde Edilen Leishmania İzolatlarındaki Farklılıklar ve Bunların Fare Modeline Klinik Yansıması(Ankara Microbiology Society, 2020) Özbilgin, Ahmet; Çulha, Gülnaz; Güray, Melda Zeynep; Zeyrek, Fadile Yıldız; Akyar, Işın; Toz, Seray; Gündüz, Cumhur; 01. Izmir Institute of TechnologyAlthough asexual reproduction has been attributed to Leishmania species, genetic exchange has recently been demonstrated, which helped emerging of hybrid isolates. Situated on the crossroads between three continents, Leishmania hybrids may be present in Turkey. In Turkey, visceral leishmaniasis caused by Leishmania infantum is less common, while cutaneous leishmaniasis (CL) caused by Leishmania tropica and L.infantum could reach 2500 reported cases a year. Our aim was to investigate genetic variability of local Leishmania species and presence of hybrid Leishmania strains in Turkey. Twenty CL patients from Sanliurfa and Hatay, where only L.tropica and both L.tropica and L.infantum cause CL, respectively, were registered equally. All isolates were assessed with real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR), isoenzyme analysis, gene sequencing, two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE) and MALDI-TOF/TOF-MS followed by in vivo analyses on mouse model. Identification of differentially expressed proteins was performed. These proteins were confirmed by sequence analysis. All isolates from Sanliurfa were found to be L.tropica which caused cutaneous infection in mice. However, one of 10 isolates from Hatay was found as Leishmania major which caused cutaneous infection. Five isolates were found as L.tropica with Rt-PCR and gene sequencing, one of which had one different protein from the reference L.tropica strain and caused cutaneous infection. Four of the five isolates had five different proteins compared to reference strain and caused both cutaneous and visceral infections. Remaining four isolates showed double melting curves in Rt-PCR, which were concordant with L.tropica and L.infantum. Their sequencing and isoenzyme analyses indicated them as L.infantum. They had six different proteins compared to reference L.infantum strain and caused cutaneous and visceral infections. It is concluded that the isolates with different proteins were hybrid Leishmania species. In the present study, outcomes of the proteomics, genomics, clinical manifestations and tissue tropism on animal models were evaluated together for the first time. In addition to L. tropica and L.infantum, L.major was identified as a causative agent for CL and hybrids of Linfantum/tropica were also shown to be present.Article Fourier Dönüşümlü Kızılötesi (ft-ır) Spektroskopisi ile Malassezia Türlerinin Değerlendirilmesi(Ankara Microbiology Society, 2011) Ergin, Çağrı; Özdemir, Durmuş; Vuran, M. Emre; Gök, Yaşar; Özdemir, Durmuş; Karaarslan, Aydın; Kaleli, İlknur; Çon, Ahmet Hilmi; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyMalassezia türleri, normal deri florasının üyesi kabul edilen, cilt enfeksiyonlarına da yol açabilen lipofilik ekzobasidiyomiçet mantarlardır. Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında uygulanan fenotipik karakterlere dayalı tür tanımlaması her zaman için taksonomik araştırmalarla uyumlu olmayabilmektedir. Lipofilik ve lipide bağımlı Malassezia türleri lipid ile zenginleştirilmiş besiyerlerine gereksinim gösterir. Bu nedenle, lipid bölgesine odaklanmış Fourier dönüşümlü kızılötesi (Fourier transform infrared; FT-IR) spektroskopisi, Malassezia türlerinin tanımlanmasında yardımcı olabilir. Bu çalışmada, insan patojeni olan 10 farklı türe ait standart Malassezia suşu (M.dermatis CBS 9145, M.furfur CBS 7019, M.japonica CBS 9432, M.globosa CBS 7966, M.nana CBS 9561, M.obtusa CBS 7876, M.pachydermatis CBS 1879, M.slooffiae CBS 7956, M.sympodialis CBS 7222 ve M.yamatoensis CBS 9725), modifiye Dixon agar besiyerinde standart kültürü takiben FT-IR spektroskopisi ile incelenmiştir. Çalışmamızda, tüm spektrum analizi ile iki ana grup (M1 grubu; M.globosa, M.obtusa, M.sympodialis, M.dermatis, M.pachydermatis ve M2 grubu; M.furfur, M.japonica, M.nana, M.slooffiae, M.yamatoensis) ayırımı yapılmıştır. M1 grubunda; M.obtusa’nın 1686-1606 $cm^ {-1}$, M2 grubunda M.japonicum’un 2993-2812 $cm^ {-1}$ dalga sayısı penceresinde yapılan ikinci basamak işlemlerinde, düşük düzeyde ayırım gücü ile tanımlandığı görülmüştür. Bununla birlikte, M.sympodialis, M.globosa ve M.pachydermatis ile M.furfur ve M.yamatoensis’in birbirlerinden ayırım gösterdiği bölgeler saptanamamıştır. Sonuç olarak, farklı spektral bölgelerin analiz verilerine göre; FT-IR spektroskopik analizinin, standart kültürü yapılan Malassezia türlerinin ayırımında yeterli olmadığı kanısına varılmıştır.Article Citation - WoS: 19Citation - Scopus: 18Biyomalzeme Yüzeylerinden İzole Edilen Metisiline Dirençli Staphylococcus Aureus Suşlarında Virülans Genlerinin Araştırılması(Ankara Microbiology Society, 2008) Sudağıdan, Mert; Çavuşoğlu, Cengiz; Bacakoğlu, Feza; 01. Izmir Institute of TechnologyStafilokoklar, biyomalzeme kaynaklı nozokomiyal enfeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Bu çalışmada, Göğüs Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesi (YBÜ)'nde yatan 48 hastada kullanılan polimerik biyomalzeme yüzeylerinden izole edilen metisiline dirençli 11 Staphylococcus aureus suşunda virülans genlerinin varlığının saptanması ve bunların bazılarının fenotipik ifadelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile özgül primerler kullanılarak, bağlanma ve biyofilm oluşumundan sorumlu genler (icaA, icaC, bap), metisilin direnç geni (mecA), enterotoksin A-E üretiminden sorumlu genler (sea, seb, sec, sed, see), toksik şok sendromu toksini geni [tst), eksfoliatif toksin A ve B genleri (eta ve etb), alfa ve beta-hemolizin genleri (hla ve hlb), stafilokokal ekzotoksin benzeri protein-1 geni (sef1), proteaz genleri (sspA, sspB, aur, serine proteaz geni), lipaz geni (geh) ve regülatör genler (sarA ve agrCA) araştırılmıştır. Ayrıca suşların fenotipik olarak biyofilm oluşturma, antibiyotik duyarlılık, proteaz ve lipaz üretimi gibi özellikleri de değerlendirilmiştir. Biyofilm testlerinde, biyofilm yapan ve "slime" üreten suşlara rastlanmamış, ancak tüm suşların biyofilm yapımında rol oynayan icaA genine sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte biyofilm yapımında rol oynayan icaC ve bap genleri tespit edilememiştir. Tüm suşlarda mecA geninin varlığı saptanmış ve suşların hepsinin oksasilin, penisilin G ve gentamisine; 10'unun eritromisine ve dokuzunun da ofloksasine dirençli olduğu bulunmuştur. İzolatların tümü vankomisin, teikoplanin ve ko-trimoksazole duyarlı olarak saptanmıştır. Ekzotoksin ve regülatör genlerinin taranması sonucunda, suşların sea, seti, hla, hlb ve sarA genlerini taşıdığı belirlenmiştir. PCR ile tüm suşların, çalışılan bütün proteaz genlerine (sspA, sspB, aur ve serin proteaz geni) sahip olduğu görülmüş, ancak sütlü (skim milk ve milk agar) ve kazein ağarlarda yapılan proteaz üretimi testlerinde negatif sonuç alınmıştır. Lipaz üretiminin belirlenmesi için Tween 20, Tween 80 ve tributyrin içeren besiyerleri kullanılmış ve tüm suşlarda geç dönemde (inkübasyonun üçüncü günü) pozitif sonuç alınmasına karşın, izolatların hiçbirisinde lipaz üretiminden sorumlu geh geni bulunmamıştır. Sonuç olarak, biyomalzeme yüzeylerinden izole edilen S.aureus suşlarında, araştırılan virülans genlerinden bazılarının varlığı saptanmış, ancak bunların tam olarak fenotipe yansımadığı izlenmiştir. İzolat sayısının azlığına ve tüm genlerin ekspresyonlarının fenotipik olarak çalışılamamış olmasına rağmen, bu genlerin varlığının yoğun bakım hastalan için potansiyel bir risk teşkil edebileceği düşünülmüştür.