TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
6 results
Search Results
Research Project Manyetik Levitasyon Tekniğiyle Oluşturulan 3 Boyutlu Tümör Sferoid Modellerinde Sapogenol Türevlerinin İlaç Etkinliklerinin Araştırılması(2023) Yıldız, Ahu Arslan; Bedir, ErdalSon dönemin yaygın hastalığı olan kanser tedavisine yönelik çalışmalarda potansiyel ilaçların etkinliklerinin araştırılması için doku fizyolojisine yüksek benzerlik gösteren 3 boyutlu (3B) hücre kültürü modelleri dikkat çekmektedir. Bu modeller 2B hücre kültürü çalışmalarındaki birçok problemin aşılmasını sağlayarak ilaç geliştirme çalışmalarında tercih edilmektedir. Tamamlanan projede yeni nesil manyetik levitasyon kullanılarak üretilmiş 3B tümör sferoid modelleri üzerinde sapogenol türevi potansiyel kanser ilaçları ve antikanser ilacı Paklitaksel?in (Ptx) ilaç aktivite taramaları yapılmıştır. 3B sferoid modelleri doku iskelesi üzerinde ya da doku iskelesinden bağımsız şekilde üretilebilirler. Manyetik levitasyon yöntemi doku iskelesinden bağımsız olup, iki mıknatıs tarafından yaratılmış manyetik alan içerisinde paramanyetik ajanların etkisiyle manyetize edilmiş hücrelerin yoğunlarına bağlı olarak kendilerine has bir yükseklikte (levitasyon yüksekliği) harici bir kuvvet gerektirmeden asılı kalmalarını sağlamaktadır. Bu yöntemle, levitasyon yükseklikleri aynı seviyede olan hücreler arası etkileşimler artarak 3B sferoid yapıları doku iskelesine ihtiyaç duyulmadan hızlıca elde edilebilmektedir. Proje sürecinde geliştirilmiş olan manyetik levitasyon temelli ilaç tarama platformu 3B tümör sferoid modellerinin üretilmesi için yeni bir yöntemdir. Bu amaçla, tamamlanan projede; çeşitli kanser hücreleri, geliştirilmiş manyetik levitasyon düzeneği içerisinde paramanyetik kontrast ajanları kullanılarak 3B şekilde kültürlenmiş, tümör sferoid modelleri her hücre hattı için ayrı şekilde elde edilmiştir. Kontrol grubu olarak, aynı hücre hatlarıyla asılı damlacık yöntemi kullanılarak 3B sferoid modelleri elde edilmiştir. Oluşturulan sferoid modelleri üzerinde 2B hücre kültüründe ilaç etkinliği belirlenmiş sapogenol türevi ilaç moleküllerinin ve FDA tarafından onaylı antikanser ilacı Ptx?in aktivitesi araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlarla birlikte, 2B hücre kültürü kullanılarak yapılan tümör fizyolojisi araştırmaları yerine bu modellerin dezavantajlarını geride bırakan, gerçek tümör fizyolojisini çok daha yakın seviyede taklit edebilen, klinik araştırmalar öncesinde ilaç taramalarında ve farklı moleküllerin etkilerinin araştırılmışında kolay, gerçekçi ve hızlı sonuçlar sağlayabilecek manyetik levitasyon temelli yeni bir ilaç aktivite tarama modeli geliştirilmiştir.Research Project Pankreas Kanserine Hedeflenen Oleandrin Taşıyıcısı Işık-Duyarlı Siklodekstrin Nanokapsüllerin Sentezi ve 3d Mikro-Akışkan Hücre Kültür Modelinde İncelenmesi(2022) Genç, Rükan; Okvur, Devrim Pesen; Bedir, Erdal; Bolgen, Nimet; Karacabey, Pınar; Doğan, GamzeBu projede, oleandrinin biyoyararlanımını arttırmak ve sağlıklı hücrelere olan sitotoksisitesini azaltmak için siklodekstrinin temelli UV-ışığa duyarlı nanokapsüllerin (Ole-CD NKlar) geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu nanokapsüllerin yüzeyleri, pankreas kanseri hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildiği düşünülen EGFR ve CA-19-9 proteinlerine hedeflenmek üzere başarı ile modifiye edilmiştir (Ab-Ole-CD NKlar). Modifikasyon sonrasında yüzeye konjuge antikorlar sırası ile yaklaşık 10-7 ve 10-8 nM Kd değeri ile yüksek afinite göstermeye devam etmiş ve +4 C° argon koşullarında saklandıklarında 1 ay boyunca stabil kalmışlardır. 2 boyutlu (2B) hücre kültüründe sitotoksisite çalışmaları pankreas kanseri (PANC-1, MIA PaCa-2) ve sağlıklı hücre hatları (HEK-293, MRC-5 ve HUVEC) üzerinde MTT analizi ile gerçekleştirilmiştir. Ole-CD NKlar için tüm hücre gruplarında sitotoksisite 3-4 kat kadar düşerken sağlıklı hücrelerde bu oranın kanserli hücrelere göre arttığı gözlenmiştir. Hem PANC-1 hem de MIA PaCa-2 hücreleri Ab-Ole-CD NKlarla muamele edildiklerinde UV ışık maruziyeti olduğu ve olmadığı koşullarda IC50 değerlerinde seçici olarak düşme gözlenmiştir. Akış sitometrisi ile yaptığımız antijen ekspresyon seviyeleri, PANC-1 için popülasyonun sadece %20?sinde EGFR eksprese olurken, CA19-9 için bu oran %15 civarında bulunmuştur. Mia PaCa2 hücrelerinde popülasyonun %84?ünde, MRC-5 hücrelerinde ise %34?ünde EGFR ekspresyonu görülmüştür. HEK293 hücrelerinde beklendiği gibi her ki hücre yüzey belirtecinin de eksprese olmadığı gözlemlenmiştir. In vitro sitotoksisite sonuçlarımız ve nanokapsüllerin hücre alımını araştırdığımız deneylerimiz hücrelerin CA19-9 ve EGFR?ın hücresel ekspresyonlarına paralel olarak sonuçlanmıştır. UV-ışımanın etkisi 2B in vitro sitotoksisite testlerinde görülmemiş olmsına rağmen hücre çekirdekleri görüntülendiğinde Ole-CD NK ve Ab-Ole-CD NK uygulanan hücrelerde UV ışımaya varlığında hücre sayısında azalma ve hücre bütünlüğünde bozulma görülmüştür. Mikroakışkan çip üzerinde 3 boyutlu (3B ) hücre kültüründen elde edilen sonuçlar 2B?den farklı olarak UV ışımanın hücrelerde nanokapsüllerin sitotoksistesini arttırdığı göstermiştir. Hem 2B hem de 3B mikroçip sistemlerinde gerçekleştirilen sitotoksisite sonuçlarımız, anti EGF-Ole-CD NKların daha yüksek sitotoksik aktiviteye sahip olduğunu gösterse de bu hücre türleri için CA19-9 ve EGFR?ın yeterince eksprese edilmediği ve bu nedenle de beklenen düzeyde başarılı hedef moleküller olmadığı sonucunu ortaya koymuştur.Article Citation - WoS: 6Citation - Scopus: 6Benzodiazepine Derivatives From Marine-Derived Streptomyces Cacaoi 14cm034(ACG Publications, 2021) Çetinel Aksoy, Semiha; Küçüksolak, Melis; Uzel, Ataç; Bedir, Erdal7-methoxy-8-hydroxy cycloanthranilylproline (2), a new natural product with pyrrolobenzodiazepine (PBD) framework, was isolated from marine-derived actinobacterium Streptomyces cacaoi 14CM034, together with cycloanthranilylproline (1). Structural elucidation of the compounds was based on FTIR, 1D-(H-1 and C-13 NMR), 2D-NMR (COSY, HMBC and NOESY) and HR-MS analyses. Compounds 1 and 2 exhibited notable antimicrobial activity. The presence of PBD derivatives in S. cacaoi was first demonstrated with this study.Article Citation - WoS: 8Citation - Scopus: 12Adjuvant Potency of Astragaloside Vii Embedded Cholesterol Nanoparticles for H3n2 Influenza Vaccine(TÜBİTAK, 2020) Genç, Rukan; Yakuboğulları, Nilgün; Nalbantsoy, Ayşe; Coven, Fethiye; Bedir, ErdalAdjuvants are substances that increase the immune response to a given antigen. In the development of novel vaccine adjuvants/systems, saponins are one of the most attractive molecules due to their altered immunomodulatory activities. In this study, we tried to develop PEG (polyethylene glycol)/cholesterol-based lipid nanoparticles (LNPs) to deliver the Astragaloside VII (AST-VII) and potentiate adjuvant properties of AST-VII for the influenza vaccine. In the formation of PEG/cholesterol/AST-VII-based LNPs (PEG300: Chol-AST-VII LNPs), 3 different primary solvents (acetone, ethanol, and chloroform) were evaluated, employing their effects on hydrodynamic particle size, distribution, surface chemistry, and colloidal stability. Prepared nanoparticles were simply admixtured with inactivated influenza antigen (H3N2) and applied to PMA (phorbol 12-myristate 13-acetate)-ionomycin treated human whole blood to evaluate their cytokine release profile. PEG300: Chol-AST-VII LNPs (80.2 +/- 7.7 nm) were obtained using chloroform as a desolvation agent. Co-treatment of PMA-ionomycin with AST-VII and PEG300: Chol-AST-VII LNPs significantly increased the levels of IL-2 and IFN-gamma, compared to PMA-ionomycin alone. In the presence of H3N2, AST-VII was able to augment IL-17A, while PEG300: Chol-AST-VII LNPs stimulated the production of IFN-gamma. Hemolysis was only observed in PEG300: Chol-AST-VII LNPs (250 mu g/mL) treatment. AST-VII and AST-VII-integrated LNPs could be used as efficacious adjuvants for an inactivated H3N2 vaccine in vitro, and cytokine response through Th1/Th17 route was reported.Article Optimization of Precursor and Elicitor Utilization in Batch Cultures of Astragalus Trojanus Stev.(2018) Nartop, Pınar; Gürel, Aynur; Akgün, İsmail Hakkı; Bedir, ErdalElicitor and precursor applications are commonly used to induce secondary metabolism in plant cell cultures. In this study, methyl jasmonate, jasmonic acid, salicylic acid and pectin were used as elicitors and ?-sitosterol was used as a precursor in batch cultures of Astragalus trojanus in order to trigger astragaloside IV and cycloastragenol productions. Growth parameters (fresh and dry weights and dry weight percentages) of batch cultures were also evaluated in order to understand the effects of elicitors and precursor on primary metabolism. All elicitors and precursor used in this study triggered metabolite production at different stages of culture period. The highest astragaloside IV accumulation (0.9435 µg/mg) was detected in medium supplemented with 50 µM methyl jasmonate at the 14th day of culture period, whereas the highest cycloastragenol concentration (0.3626 µg/mg) was found in medium supplemented with 50 µM jasmonic acid at the 28th day of culture period. Large scale cultivation was also performed and 0.3759 µg/mg astragaloside IV was detected in medium supplemented with 50 µM methyl jasmonate at the 14th day.Article Astragalus Trojanus Stev. Batch Cultures: Cycloartane-Type Metabolite Accumulation in Response To Ph, Sucrose and Casein Hydrolysate(Hacettepe Üniversitesi, 2019) Nartop, Pınar; Gürel, Aynur; Akgün, İsmail Hakkı; Bedir, ErdalI n this study, two grams of callus regenerated from stem and leaf explants of Astragalus trojanus Stev. were cultured in Woody Plant Medium (WPM) supplemented with 1 mg/L 2,4-D for four weeks and used as inoculum in order to investigate the effects of working volume and media composition. The highest biomass was obtained in 250 mL flask with astragaloside IV (1.66 µg/mg) and cycloastragenol (0.19 µg/mg) accumulation. Different concentrations of sucrose and casein hydrolysate (1 and 2 g/L) were also tested and the effect of pH was also investigated. Biomass accumulation cannot be enhanced, however, astragaloside IV and cycloastragenol content was ascended. The highest astragaloside IV (95.23 µg/mg) and cycloastragenol (5.93 mg/mg) accumulations were obtained at pH 6.8 and 2 g/L casein hydrolysate, respectively