TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
40 results
Filters
Settings
Search Results
Article Evrimsel epidemiyoloji: Epidemiyoloji ve evrimsel biyolojinin sentezi(Türk Tabipleri Birliği, 2016) Sezgin, EfeEpidemiology investigates the distribution and causes of health and disease among individuals and populations. Evolutionary medicine, in other words Darwinian medicine, is a new discipline that aims to bring novel approaches to health problems that traditional medicine cannot understand and cannot find cures for, in order to improve the overall health of human populations. Epidemiology, the primary discipline of public health, is one of the medical branches that benefited the most from evolutionary approaches in medicine. Traditional epidemiology focuses on proximate causes and seeks answers to 'what' and 'how' questions on the dynamics between factors, environment, and humans. Evolutionary epidemiology focuses on the ultimate causes of diseases and seeks answers to 'how' and 'why' questions on the origin and function. In order to find answers, it compares the evolutinary process of Homo sapiens (modern humans) with that of its relatives, it examines the fast changes in human ecology, demographic and social dynamics, it looks at the epidemiology of modern diseases from an evolutionary process perspective. Using contemporary molecular and statistical genetic methods, it examines the contemporary human genetic variation and its evolution. It searches why diseases causing genetic variation are still not eliminated from human populations. Adaption of evolutionary ideas into epidemiologic research will enhance population health and provide novel solutions for diseases.Article Citation - WoS: 3Citation - Scopus: 3Endogenous Heat Shock Protein Groel of A. Actinomycetemcomitans Preferentially Targets Primary Human Cd8+t Cells(TÜBİTAK, 2015) Kant, Melis; Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, AytenApoptosis can be used to manipulate host cells by bacterial products such as bacterial heat shock proteins (Hsp). One of the virulence factors of periodontal pathogen Aggregatibacter actinomycetemcomitans is heat shock protein GroEL (AaGroEL), which has been shown to interact with host cells. AaGroEL (Hsp64) also has the potential to modulate immune system cells. In this study we used endogenous AaGroEL protein as an antigen to study bacterial Hsp-induced apoptosis in different immune system cells. Human peripheral blood mononuclear cells and cell lines were cultured with different doses (50-1000 ng/mL) of endogenous AaGroEL at various time points. Apoptosis of the cells was measured by Annexin V and 7AAD labeling. Apoptotic cells were analyzed by flow cytometry. Our data suggested that AaGroEL-responding primary CD8+ T cells were more susceptible to apoptosis than CD4+ T cells. Furthermore, the magnitude of apoptosis in the Jurkat T cell line was higher than that in primary CD8+ T cells. There was no statistically significant level of apoptosis in the chronic myeloid leukemia (K562) cell line, which belongs to myeloid lineages. Thus, A. actinomycetemcomitans GroEL protein has more potent apoptotic effect on cells that are derived from a lymphoid progenitor.Article Mikrobiyal Ksilanazlar ve Gıda Endüstrisinde Kullanım Alanları(Sidas Medya Ajans Tanıtım Danışmanlık Ltd. Şti., 2015) Yeğin, Sırma; Büyükkileci, Ali OğuzKsilanazlar, doğada bitki hücre duvarının yapısında bulunan ksilanın hidrolizini sağlayan enzimlerdir. Çok yaygın kullanım alanı bulunan bu enzimler gıda ve yem sektörü açısından da büyük önem taşımaktadırlar. Endüstriyel ksilanaz üretimi mikrobiyal biyoproseslerle gerçekleştirilmektedir. Söz konusu enzimlerin biyosentez düzeyi, biyokimyasal ve teknolojik özellikleri, üretimde kullanılan mikroorganizma ve biyoproses koşullarına göre farklılık göstermektedir. Son zamanlarda ksilanazların üretim düzeylerinin arttırılması, saflaştırılması ve karakterizasyonu üzerinde çok sayıda çalışma yapılmıştır. Ancak günümüzde sürdürülebilir, çevreci ve ekonomik proseslerin geliştirilmesi adına alışılmışın dışında ve çok yönlü kullanılabilen yeni enzim sistemlerine ihtiyaç vardır. Bu derlemede, ksilanın yapısı, ksilanaz grubu enzimlerin sınıflandırılması, mikrobiyal ksilanaz üretimi, saflaştırılması, karakterizasyonu ve gıda sektöründe uygulamaları üzerinde durulmuştur.Article Characterization of the Human Sialidase Neu4 Gene Promoter(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Seyrantepe, Volkan; Delman, MuratThere are 4 different sialidases that have been described in humans: lysosomal (Neu1), cytoplasmic (Neu2), plasma membrane (Neu3), and lysosomal/mitochondrial (Neu4). Previously, we have shown that Neu4 has a broad substrate specificity and is active against glyco-conjugates, including GM2 ganglioside, at the acidic pH of 3.2. An overexpression of Neu4 in transfected neuroglia cells from a Tay-Sachs patient shows a clearance of accumulated GM2, indicating the biological importance of Neu4. In this paper, we aimed to characterize a minimal promoter region of the human Neu4 gene in order to understand the molecular mechanism regulating its expression. We cloned 7 different DNA fragments from the human Neu4 promoter region into luciferase expression vectors for a reporter assay and also performed an electrophoretic mobility shift assay to demonstrate the binding of transcription factors. We demonstrated that -187 bp upstream of the Neu4 gene is a minimal promoter region for controlling transcription from the human Neu4 gene. The electrophoretic mobility shift assay showed that the minimal promoter region recruits a c-myc transcription factor, which might be responsible for regulation of Neu4 gene transcription. The data we obtained might be useful to discover small molecules, which control selective high expression of the human Neu4 gene, resulting in the normal morphological phenotype in the lysosomes of Tay-Sachs patients.Article Aspergillus Sojae Tarafından Üretilen Poligalakturonazın Kısmi Saflaştırılması için Kromatografik Bir Yaklaşım(Sidas Medya Ajans Tanıtım Danışmanlık Ltd. Şti., 2017) Şen, İlknur; Mata-Gomez, Marco A.; Palomares, Marco Rito; Tarı, Canan; Dinç, MelikeBu çalışmanın amacı, A. sojae mutantından poligalakturonaz üretilmesi ve ham ekstraktın kromatografik yöntemlerle kısmi saflaştırılmasıdır. Peptitlerin konfirmasyonu için ilk basamak olarak, jel içinde sindirilmiş sodyum-dodesil-sülfatpoliakrilamid-jel-elektroforezi (SDS-PAGE) jellerinde matriks-yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaştırmalı-uçuş zamanlıkütle spektrometresi (Maldi-TOF MS) analizi yapılmıştır. Poligalakturonaz üretimi için, katı-faz ve derin fermentasyonlarda üç farklı karbon kaynağı kullanılmıştır. Ham ekstrakt ilk olarak iyon değişim kromatografisi (IEXC) ile saflaştırılmıştır ve ardından bunu boyut eleme kromatografisi izlemiştir. Derin [acı portakal kabuğu, şeker pancarı melası ve (NH4)2SO4] ve katı-faz (buğday kepeği, şeker pancarı ve HCl) fermentasyonlarından elde edilen ham ekstraktlar yüksek seviyede poligalakturonaz enzim aktivitesi (sırasıyla 95.22 and 50.27 U/mL) göstermiştir. IEXC toplanmış fraksiyonunun (180, 200 ve 220 mM tuz fraksiyonları) boyut elemesi, en yüksek verimi (%36) ve saflaştırma katını (2.00) göstermiştir. SDS-PAGE'den elde edilen olası poligalakturonaz bantları jel içinde sindirilmiş ve peptit konfirmasyonu için Maldi-TOF-MS ile analiz edilmiştir.Article Farklı Bölgelere Ait Ticari Kırmızı Şarapların Elektronik Burun ile Aroma Profillerine Göre Sınıflandırılması(Sidas Medya Ajans Tanıtım Danışmanlık Ltd. Şti., 2014) Korel, Figen; Yaman, Ünal Rıza; Yücel, UfukÇalışmada ülkemizde yetişen yerli ve yabancı üzüm çeşitlerinden elde edilmiş ticari kırmızı şarapların aroma profilleri elektronik burun ile belirlenmiş ve kemometrik yöntemlerle sınıflandırılmıştır. Araştırmada 21 adet ticari şarap kullanılmış olup aroma profilleri zNoseTM cihazı ile belirlenmiştir. Temel bileşen analizi (PCA) ve kümeleme analizi (CA) kullanılarak şarapların aroma profillerine göre sınıflandırılması yapılmıştır. PCA ve CA analiz sonuçlarına göre yakın bölgelerden sağlanan aynı üzüm çeşidinden üretilen şaraplar aromalarına göre yakın gruplandırılmışlardır.Article Physicochemical and Sensorial Properties of Sepet Cheeses Packaged Under Different Modified Atmospheric Conditions(Ege Üniversitesi, 2017) Akpınar, Aslı; Yerlikaya, Oktay; Kınık, Özer; Uysal, Harun Raşit; Korel, FigenÇalışmanın amacı farklı modifiye atmosfer koşullarında paketlenen geleneksel Sepet peynirlerinin fiziksel, kimyasal ve duyusal özelliklerini incelemektir. +4 °C' de depolanan Sepet peynirlerinin tüm özellikleri depolamanın 1., 45., 90. ve 180. günlerinde incelenmiştir. Peynirlerin paketlenmesinde 3 farklı modifiye atmosfer koşulu denenmiştir. Üretilen peynirler % 100 N2 (N), % 80 N2 + % 20 CO2 (NC), % 100 CO2 (C) içeren atmosfer koşullarda polistiren ambalajlarda paketlenmiştir. İstatistiksel analiz sonucunda modifiye atmosfer koşullarında (MAP) paketlenen Sepet peyniri örneklerinin kurumadde, kurumadde de yağ % ve kurumadde de tuz % içeriklerinde meydana gelen değişimlerin önemli olduğu tespit edilmiştir. Kitle, tekstür, görünüş, lezzet ve aromayı içeren duyusal özellikler istatistiksel olarak incelendiğinde, sadece CO2 içeren atmosferik koşullarda paketlenen peynirlerde depolama süresince farklılık olduğu gözlenmiştir. Genel olarak bakıldığında % 100 N2 (N), % 80 N2 + % 20 CO2 (NC) gazlarını içeren farklı modifiye koşullarda paketlenmiş olan Sepet peynirlerinin fizikokimyasal ve duyusal özelliklerini daha iyi muhafaza ettiği görülmüştürArticle Kırsal-ekolojik Müştereklerimiz: Mera Alanları(2018) Hazar, Dalya; Velibeyoğlu, KorayAraştırma, biyoçeşitlilik ve ekolojik sürdürülebilirlik açısından önemli olan kırsal-ekolojik müştereklerimiz olarak tariflediğimiz mera alanları üzerindeki çatışmalara ve mera alanları üzerindeki çitleme hareketlerinin dönüştürücü etkilerine odaklanmaktadır. Mera alanları, yüksek karbon bağlama kapasitesi, zengin biyoçeşitlilik, erozyonu önleme, kırsal kalkınma ve kırsal gelenek açılarından önemli varlıklardır. Araştırma tasarımı yöntemi keşifçi vaka çalışmasıdır. Uzmanlarla yapılan kartopu mülakatlar, muhtarlarla yapılan derinlemesine mülakatlar, gözlemler ve medya analizinden edinilen veriler, içerik analiziyle değerlendirilmiş ve bir mera boyut seti oluşturulmuştur. Araştırma sonucunda, mera alanları üzerindeki çatışmalarına sebep olduğu belirlenen faktörler, baskılar, durum ve etkiler, eDPSIR nedensel ağ modeline uyarlanmıştır. Ekolojik duyarlı planlama, otlatma yönetimi ve faktör-baskı temelli yanıtlar ile iyileştirilmiş kırsal politikalar, kırsal müştereklerin korunması açısından önemlidir.Article Probiyotik ve Prebiyotiklerin Bağırsak-beyin Aksına Etkisi(Sidas Medya Ajans Tanıtım Danışmanlık Ltd. Şti., 2019) Özer, Merve; Özyurt, Gonca; Tellioğlu Harsa, ŞebnemTüm dünyada değişen beslenme dinamikleri ile insanlar, sağlıklı yaşamı destekleyecek fonksiyonel besinler tüketmeye yönelmektedir. Günümüz yaşam koşullarında yaşanan stres düzeyi ve duygu değişimleri gibi psikolojik belirtilerin bağırsak mikrobiyotasını olumsuz yönde etkilemektedir. Bireylerde görülen nöropsikiyatrik bozukluklar, gama-amino bütirik asit vb. nörotransmitterlerin salınımındaki değişimlerde rol oynarken, fonksiyonel gıda bileşenleri terapötik ürün olarak bu nöropsikiyatrik bozuklar üzerinde etkili olabilmektedir. Derlemenin amacı, prebiyotik ve probiyotiklerin ve bunları içeren fonksiyonel gıdaların mikrobiyota sağlığı, dolayısıyla bağırsak-beyin aksı üzerindeki olumlu katkılarının incelenmesidir. Probiyotik ve prebiyotik tanımı, sentezledikleri nörotransmiterler, nöropsikolojik sağlık üzerindeki etkileri, bağırsaklardaki metabolik bozuklukların nöropsikiyatrik rahatsızlıkların meydana gelmesindeki rolü, bağırsak-beyin ekseninin bu mekanizmadaki önemi bilimsel araştırmalar ve güncel literatür ışığında sunulmaktadır, bu disiplinlerarası alanda gıda biyobilimlerinin katkısının ve öneminin altı çizilmektedir.Article Fourier Dönüşümlü Kızılötesi (ft-ır) Spektroskopisi ile Malassezia Türlerinin Değerlendirilmesi(Ankara Microbiology Society, 2011) Ergin, Çağrı; Vuran, M. Emre; Gök, Yaşar; Özdemir, Durmuş; Karaarslan, Aydın; Kaleli, İlknur; Çon, Ahmet HilmiMalassezia türleri, normal deri florasının üyesi kabul edilen, cilt enfeksiyonlarına da yol açabilen lipofilik ekzobasidiyomiçet mantarlardır. Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında uygulanan fenotipik karakterlere dayalı tür tanımlaması her zaman için taksonomik araştırmalarla uyumlu olmayabilmektedir. Lipofilik ve lipide bağımlı Malassezia türleri lipid ile zenginleştirilmiş besiyerlerine gereksinim gösterir. Bu nedenle, lipid bölgesine odaklanmış Fourier dönüşümlü kızılötesi (Fourier transform infrared; FT-IR) spektroskopisi, Malassezia türlerinin tanımlanmasında yardımcı olabilir. Bu çalışmada, insan patojeni olan 10 farklı türe ait standart Malassezia suşu (M.dermatis CBS 9145, M.furfur CBS 7019, M.japonica CBS 9432, M.globosa CBS 7966, M.nana CBS 9561, M.obtusa CBS 7876, M.pachydermatis CBS 1879, M.slooffiae CBS 7956, M.sympodialis CBS 7222 ve M.yamatoensis CBS 9725), modifiye Dixon agar besiyerinde standart kültürü takiben FT-IR spektroskopisi ile incelenmiştir. Çalışmamızda, tüm spektrum analizi ile iki ana grup (M1 grubu; M.globosa, M.obtusa, M.sympodialis, M.dermatis, M.pachydermatis ve M2 grubu; M.furfur, M.japonica, M.nana, M.slooffiae, M.yamatoensis) ayırımı yapılmıştır. M1 grubunda; M.obtusa’nın 1686-1606 $cm^ {-1}$, M2 grubunda M.japonicum’un 2993-2812 $cm^ {-1}$ dalga sayısı penceresinde yapılan ikinci basamak işlemlerinde, düşük düzeyde ayırım gücü ile tanımlandığı görülmüştür. Bununla birlikte, M.sympodialis, M.globosa ve M.pachydermatis ile M.furfur ve M.yamatoensis’in birbirlerinden ayırım gösterdiği bölgeler saptanamamıştır. Sonuç olarak, farklı spektral bölgelerin analiz verilerine göre; FT-IR spektroskopik analizinin, standart kültürü yapılan Malassezia türlerinin ayırımında yeterli olmadığı kanısına varılmıştır.