TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
2 results
Search Results
Research Project Genomik profilleme yöntemiyle T lenfositlerinde apoptozu düzenleyen mikroRNA' ların tanımlanması(2010) Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, Ayten; Yiğit, Hatice; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBiyolojik homeostazın temin edilmesinde temel bir işlevi olan ve evrimsel olarak oldukça muhafaza edilmiş olan hücre ölümü, ihtiyaç fazlası hücreler ile sağlığı tehdit eden antijenlerin vücuttan uzaklaştırılması için oldukça önemlidir. Apoptoz sinyal iletim yolağında rol oynayan ilk molekülün tanımladığı 1992 yılından bu yana bir dizi protein tanımlanmıştır. Ancak apoptoz sadece proteinler tarafından değil, mikroRNA (miRNA) adı verilen ve boyutları 17-25 nükleotit arasında değişen çok küçük kodlamayan RNA’lar tarafından da düzenlenmektedir. Apoptozu düzenleyen miRNA’ların tanımlanması, hücre ölümünün moleküler mekanizmasının anlaşılması ve insan sağlığının korunması için oldukça önemlidir. T lenfositlerinde apoptozu düzenleyen miRNA’ları tanımlamak amacıyla Jurkat hücreleri genel apoptoz indükleyici kamptotesin ilacıyla muamele edilmiştir. Kamptotesim muamelesi sonrası, apoptoza duyarlı ve dirençli hücreler birbirinden ayrıştırılmıştır. Mikroarray, derin sekanslama ve qPCR teknikleri kullanılarak her iki grubun miRNA profilleri kamptotesinle muamele edilmeyen negatif örneklerin miRNA profiliyle karşılaştırılmıştır. Karşılaştırmalı profil analizi sonrası her üç grup hücrede ifade edilen miRNA miktarına göre beş grup miRNA belirlenmiştir. miR-18a, 26a ve 92a-1* ölen hücrelerde baskılanmakta miR-7, 106b*, 221, ve 1268 ise ölmeyen hücrelerde aşırı ifade edilmektedir. Dolayısıyla bu grup miRNA anti-apoptotik olarak görev yapmaktadırlar. miR-128 ve 720, ölmeyen hücrelerde aşırı ifade edilirken ölen hücrelerde baskılanmakta dolayısıyla anti-apoptotik miRNA grubunda bulunmaktadırlar. miR-24 ve 766 sadece dirençli hücrelerde baskılandığından apoptotik miRNA olabilirler. miR-30c, 186, 142-5p ve 320 hem duyarlı hem de dirençli hücrelerde baskılandığından muhtemelen apoptozla ilgileri olmayıp ilaç metabolizması veya stres gibi diğer hücresel yanıtlarda rol oynuyor olabilirler.Research Project Mikro-RNA metabolik ağ kontrol analizi için veri ambarı(2017) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Acar, İlhan Erkin; Allmer, Jens; 01. Izmir Institute of Technology; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of ScienceMikroRNA'lar (miRNA) uzunluğu yaklaşık 22 nükleotid olan, tek diziden oluşan ve kodlama özelliği olmayan küçük RNA'lardır ve gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası seviyede hedefleri olan mRNA'ların translasyonel baskılanması ve istikrarsızlaştırılması yoluyla kontrol ederler. Çeşitli türlerde yüzlerce miRNA tespit edilmesine rağmen, miRNA?ların büyük bir miktarı hala bilinmemektedir. Bu nedenle, yeni miRNA genlerinin keşfi, miRNA aracılığıyla düzenlenen transkripsiyon sonrası düzenleme mekanizmalarının anlaşılması için önemli bir adımdır. Konvansiyonel ileri genetik tarama, klonlanmış ürünleri domine eden, yüksek miktarda sentezlenen ve/veya her yerde görülen miRNA?lara karşı yanlı bir yöntemdir. Fakat bu tarz biyolojik yöntemler nadir miRNA?ların saptanmasında etkisiz kalmaktadır. İncelenen doku ve organizmanın içinde bulunduğu gelişimsel dönemlerin farklılıkları gibi sınırlamalar, olası miRNA?ları in silico olarak bulmak için karmaşık bilgisayar programlarının geliştirilmesine yol açmıştır. Ancak bir genomdaki muhtemel miRNA?ları tahmin etme amacıyla oluşturulan bu programlar, tahminlerini deneysel olarak doğrulamak için yeterli güveni garanti edebilecek kadar hassas ya da kesin olmaktan çok uzaklardır. Bu nedenle, bu proje kapsamında miRNA analizinde daha güvenilir sonuçlar elde etmek için yeni ve daha etkili bir araç geliştirdik. Proje kapsamında geliştirdiğimiz yöntem sayesinde artık miRNA?lar organizmaların genom dizilerinden yüksek güven aralıklarında bulunabilmektedir. MiRNA?ların potansiyel hedeflerini tespit edebilmek için kullanılması planlanan algoritmaların yeterli doğruluk seviyesinde olmadığı denemeler sonucu görüldükten sonra, hedef tahminlemesi için psRNATarget gibi özelleştirilebilir tahmin araçlarının kullanımı tercih edilmiştir. Bu araçlar birlikte kullanarak farklı organizmalarda önemli miRNA etkileşimleri bulunmuştur. VANESA?nın verilerini aldığı DAWIS-M.D.?ye, tüm bilinen miRNA?lar ve bunların hedeflerini içeren bir veritabanı entegre edilmiştir. Böylece, düzenleyici yolakların görselleştirilmesi (örn: KEGG, Reactome) ve miRNA etkileşimleriyle zenginleştirilmesi mümkün hale gelmiştir. Ek olarak, tahmini yapılan miRNA?lar ve hedefleri, yerel olarak VANESA?ya eklenebilmektedir. Bu özellik, kızamık yolaklarının daha iyi anlaşılmasına ve ALS için yeni potansiyel ilaç hedeflerinin tanımlanmasına olanak sağlamıştır.