TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149

Browse

Filters

2022 - 20233

Settings

Access type: Metadata onlyAuthor: search.filters.author.Akgül, Bünyamin

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Research Project
    Apoptozun Düzenlenmesinde Rol Oynayan M6a Rna Modifikasyonlarının Araştırılması
    (2022) Akgül, Bünyamin; Akçaöz-alasar, Azime; Sağlam, Buket
    Apoptoz gerek normal gelişim esnasında gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemli bir hücresel işlevdir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yol açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar RNA modifikasyonlarının da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Bireysel bazı RNA modifikasyonlarının apoptoza katkısı raporlanmış olmasına karşın, apoptotik koşullarda gerçekleşen genom kapsamlı m6A RNA modifikasyonları raporlanmamıştır. Sağlıklı serviks epitel ve kanser hücrelerinde apoptotik koşullarda meydana gelen m6A RNA modifikasyonlarını irdelemek için yürütülen 217Z234 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmış, elde edilen verilerin bir kısmı ME180 ve HCerEpiC hücrelerinde de test edilmiştir. Farklı m6A RNA modifikasyonuna tabi adaylar doğrulandıktan sonra ilgili mRNA?ların kaderi incelenmiştir. Yapılan incelemeler METTL3-p53-NOXA aksının apoptozu düzenlemekte rol oynayabileceğini göstermiştir.
  • Publication
    Sisplatin İle İndüklenen Gtf2a1-as Uzun Kodlamayan Rna?sının Apoptoza Etkisinin Hela Hücrelerinde İncelenmesi
    (2023) Akgül, Bünyamin; Dondurur, Ahmet Batuhan; Yurtsever, Yiğit
    Apoptoz, hücresel içeriklerin parçalandığı ve apoptotik cisimlerde biriktiği, programlanmış hücre ölümünün farklı bir modudur. Genomun büyük çoğunluğu kodlayıcı olmayan RNA'lardan oluşur. Kodlamayan RNA'lar, uzunluklarına bağlı olarak, örneğin, 200 nükleotitten uzun olan, uzun kodlamayan RNA?lar (ukmRNA) gibi, gruplara ayrılabilir. Bu RNA?ların kanser ve insan hayatını kritik derecede etkileyen diğer hastalıkların gelişimi ve tedavisinde önemli rolleri olduğu kanıtlanmıştır. UkmRNA'ların apoptoz üzerindeki etki mekanizmaları arasında, transkripsiyon faktörlerinin aktivitesini modüle etmek, miRNA'ları düzenlemek ve kromatin değiştirici gibi histon mekanizmalarıyla ilgili proteinlerle etkileşime girerler. Bu açıdan, sisplatin ile muamele edilmiş HeLa hücrelerinden elde edilen transkriptomik verilerde, karakterize edilmemiş ve yeni bir uzun kodlamayan RNA olan GTF2A1-AS, yüksek oranda eksprese edilen ukmRNA'lardan biri olarak bulunmuştur. GTF2A1-AS'nin hücre içerisindeki potansiyel rolü, GTF2A1-AS susturulması yoluyla sağlanan transkriptomik veriler aracılığıyla araştırılmıştır. Spesifik gen kümelerinin, ?Homolog Rekombinasyon Yoluyla Kusurlu Homolojiye Yönelik Onarım? yolağında ağırlıklı olarak yoğunlaştığı bulunmuştur. Bu süreçte DNA hasar yanıt proteinleri olarak bilinen BRCA1/2, RAD50, RAD51, PALB2 proteinleri yardımıyla çift zincir kırıkları onarılır. Böylece, bu transkriptomik verilerini doğrulamak için DNA hasar yanıtı ile ilgili genler seçilmiştir. Bu bilgiler ışığında GTF2A1-AS susturulması, HeLa hücrelerinde erken apoptozda artış ile sonuçlanmıştır. Ayrıca sisplatin ile birleştiğinde özellikle geç apoptozu etkileyerek HeLa hücrelerinin sisplatine karşı hassasiyetine yol açmıştır. Sonuç olarak, bir sisplatin indüklenebilir ukmRNA olarak GTF2A1-AS, HeLa hücrelerinde apoptozu ve kemosensitiviteyi düzenlemektedir.
  • Article
    Cytoplasmically Localized Trna-Derived Fragments Inhibit Translation\rin Drosophila S2 Cells
    (2022) Hamıd, Syed Muhammad; Akgül, Bünyamin
    Transfer ribonucleic acids (tRNAs) serve not only as amino acid carriers during translation but also as a template for the biogenesis of short fragments that can regulate gene expression. Despite recent progress in the function of tRNA-derived fragments (tRFs), their intracellular localization, protein partners, and role in regulating translation are not well understood. We used synthetic tRFs to investigate their localization and function in Drosophila S2 cells. Under our experimental setting, all synthetic tRFs tested were localized at distinct sites within the cytoplasm in a similar manner in Drosophila S2 cells. Cytoplasmically-localized tRFs were positioned in close proximity to GW182 and XRN1 proteins. Functionally, tRFs, which slightly suppressed proliferation in S2 cells, inhibited translation without any major shift in the polysome profile. These results suggest that 5’-tRFs are cytoplasmically-localized and regulate gene expression through inhibition of translation in Drosophila.