TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149

Browse

Filters

2008 - 200912010 - 20203

Settings

Department: search.filters.department.İzmir Institute of Technology. ChemistrySubject: search.filters.subject.Kütle spektrometresi

Search Results

Now showing 1 - 4 of 4
  • Research Project
    Tek kullanımlık MALDI targetlerin geliştirilmesi:karakterizasyonu ve uygulamaları
    (2008) Yalçın, Talat
    [No Abstract Available]
  • Research Project
    Proton Kopartılmış Peptit Türevlerinin Gaz Fazı Reaksiyon Mekanizmalarının Kütle Spektrometre ile İncelenmesi
    (2014) Yalçın, Talat; Arslanoğlu, Alper
    Proteinler canlı organizmalardaki yaşamsal faliyetleri etkileyen ve düzenleyen en önemli yapı taşlarındandır. Hastalıklarda, kalp krizinde, stres altında v.b., hücrelereki protein seviyelerinde ve çeşitliliğinde değişmeler gözlenebilmektedir. Bu tür proteinlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için protein sekanslarının doğru tanımlanması çok önemlidir. Özellikle hücre içi sinyal iletimi fosforlanmış proteinler vasıtasıyla yapılmaktadır ve fosforlanmış proteinlerdeki fosfor grubunun hangi pozisyondaki (serin, S, tirozin , Y, veya tironin, T) amino asite bağlandığını belirleme ve sekansın doğru yapılması, proteinin fonksiyonunu anlamak açısından önemli gerekliliktir. Günümüzde proteinlerin enzimlerle kesilmesi ile elde edilen peptitlerden elde edilen gaz fazı Kütle Spektrometre sinyalleri (pozitif ve/veya negatif iyonlar) yardımı ile peptitlerin sekanslarını ve dolayısıyla proteinlerin amino asit dizilimleri tanımlanmaya çalışılmaktadır ve doğru tanımlayabilmek açısından gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok detaylı çalışılması, yeni informatik bilgiler elde etme açısından önemlidir. Bu çalışmada, proton kopartılmış peptit türevlerinin gaz fazı reaksiyon mekanizmaları kütle spektrometre yardımı ile çalışılmıştır. Çalışmalar sırasında XAAAAAA-OH, AXAAAAA-OH, AAXAAAA-OH, AAAAXAA-OH, AAAAAXA-OH, AAAAAAX-OH, XAAAAAA-NH2, AXAAAAANH2, AAXAAAA-NH2, AAAAXAA-NH2, AAAAAXA-NH2, AAAAAAX-NH2 ve XYAGFLV-OH, YXAGFLV-OH, YAXGFLV-OH, YAGXFLV-OH, YAGFXLV-OH, YAGFLXV-OH ve YAGFLVXOH (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit serileri, sekanslarında tekli asidik amino asit içeren peptitlerle, sistematik çalışmalar yapılmıştır. Amino asidin pozisyona bağlı gaz fazı parçalanma mekanizması ve ayrıca komşu amino asitlerin yan zincirlerinin gaz fazı parçalanmasına etkileride incelenmiştir. Ayrıca, sekanslarında birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevleriylede sistematik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar içinde, XXYAGFLV-OH, YXXAGFLV-OH, YAXXGFLVOH, YAGXXFLV-OH, YAGFXXLV-OH, YAGFLXXV-OH, YAGFLVXX-OH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) VE XXXYAGFLV-OH, YXXXAGFLV-OH, YAXXXGFLV-OH, YAGXXXFLV-OH, YAGFXXXLV-OH, YAGFLXXXV-OH, YAGFLVXXXOH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit türevleri kullanılmıştır. Burada da birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevlerinin pozisyon etkisi ve komşu aminoasitlerin yan zincilerinin gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylandırılmıştır. Bunlara ek olarak, YAGFLVEEEE-OH ve YAGFLVEEEEE-OH peptit türevleriyle çalışılmalar yapılmıştır ve etkileri detaylandırılmıştır. Ayrıca sekanslarında serine, S, tirozine, Y, treonin, T, bulunduran peptit türevleri ilede fosforlanmış peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmaları çalışılmıştır. Bu çalışma için, AEKEpYTVD-OH, IETDKEpYT-OH, SKDESIpYV-OH, DMTpSGLPL-OH, KELLPLpSA-OH, YDMTTpSLP-OH, ve YDMpTGLPLOH fosforlanmış peptit türevleri kullanılmıştır.
  • Research Project
    Bazik amino asit içeren çift-protonlanmış peptit iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması
    (2018) Yalçın, Talat
    Proteinler, hücre içindeki faaliyetlerin düzenlenmesinde önemli görevlere sahiptir. Protein içindeki amino asitlerin konumları, birbiriyle olan etkileşimleri, bazik veya asidik amino asitlerin peptit zincirine etkileri proteinlerin hücre içindeki rollerini belirlmekte ve hakkında önemli bilgiler vermektedir. Kütle Spektrometresi (MS) yöntemi, proteinlerdeki amino asit dizilimlerinin bulunmasında oldukça popüler yöntemdir. Proteinler enzimatik bölünmeye uğradığında (Tripsin), kesilmiş peptitlerin C terminalinde, her zaman lizin (K) veya arginin (R) gibi bir bazik amino asit bulunur. Amino asit dizilimlerinde, bazik amino asit ihtiva eden petit seriler ile, kolaylıkla çoklu protonlanmış peptit iyonları oluşturulabilinmektedir. Bu çalışmada, model olarak hepta peptit serileri kullanılmış ve dizilimlerinde bazik amino asitlerden, lisin (K), arjinin (R) ve histidin (H), ihtiva eden bu peptitler ile, bu aminoasitlerin pozisyon etkilerini araştırmak için peptit dizisi içinde yerleri değiştirilmiş ve bazik amino asitlerin (C terminaline ve N terminaline yakın) konumunun gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylı olarak çalışılmıştır. Sonuç olarak; bütün model peptidlerde, bazik amino asitlerin pozisyonları (N-ucundan sayılarak) 4, 5, 6, ve 7?ci pozisyonlarda olduğu zaman Klas 1 parçalanma mekanizmasına bağlı olarak gözlenen b2 ve y5 komplementeri iyonları gözlenebilmektedir. b2 ve y5 iyonlarının göreceli iyon şidetlerinin, bazik amino asitin C-ucuna yaklaştıkça arttığı gözlenmiştir. Pozisyon veya amino asidin yapısı b2 ve y5 iyonlarının oluşma mekanizmlarına bir etki gösterdiği görülmektedir. Alanin ihtiva eden birinci model peptit örneklerindeki çalışma sonuçlarına göre, b2 ve y5 iyonlarının, bazik amino asitler (N-ucundan sayıldığında) 3. cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlanmışken, aynı tür iyonlar, YAGFLV amino asit dizlimleri ihtiva eden diğer model peptit örneklerinde 4.cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlamışlardır. Sadece Serin ve Treonin amino asitleri diğerlerinden farklı davranış göstermiştir. Histidin C-ucunda bulunduğunda diğer sonuçların aksine, y5 ve b2 iyonu % 5-10 şiddete sinyal seviyesi göstermiştir.
  • Article
    Bitki Proteomik Çalışmalarında Kullanılan Yaklaşımlar ve Uygulama Yöntemleri
    (2020) Günel, Aslıhan; Hasançebi, Semra; Yalçın, Talat; Emir, Mahmut; Demirci, Yahya Emin; Dinç, Melike; Güray, Melda Zeynep
    Proteomik yaklaşımları 2000 li yılların başlarına kadar mikroorganizmalar ve hayvansal kaynaklı örneklerde ağırlıklı olarak kullanıldı. Bu dönemde bitki proteomik çalışmaları yok denecek kadar azdır. Bitkisel dokulardaki sert hücre çeperleri, karmaşık ve çok çeşitli sekonder metabolitlerin varlığı, fazla miktardaki pigmentler, proteazlar, polifenoller, polisakkaritler, nişasta ve lipitler total protein örneklerinin hazırlanması ve proteinlerin ayrımı sırasında pek çok soruna neden olmuştur. Ancak her bir sorunun üstesinden gelmek üzere sürdürülen çabalar sayesinde bitki dünyasında da proteomik yaklaşım kullanımı yaygınlaşmıştır. Bu derlemede, örnek hazırlığından protein tanımlamaya kadar tüm basamaklar yöntemsel gelişmeleri de kapsayacak şekilde ayrıntılı olarak ele alınmış ve konuyla ilgili araştırıcıların maksimum yararlanabileceği bir kaynak oluşturulmaya çalışılmıştır.