TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149
Browse
83 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 83
Article Türkiye’de İmalat Sanayi Coğrafi Yoğunlaşması ve Değişimi(2024) Elburz, ZeynepSanayi coğrafyası, bölgesel ekonomilerin işleyiş ve içeriklerini anlamada ve özellikle son dönemde sürdürülebilir kalkınma politikaları oluşturmada önemli bir role sahiptir. 2000 sonrası gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde sanayinin yer seçiminde görülen değişimler konuya olan ilgiyi artırmaktadır. Özellikle Avrupa Birliği ülkelerinde 2008 krizi sonrasında sanayisizleşmenin etkilerinin azaldığı ve bazı bölgelerde yeniden sanayileşmenin görüldüğü belirlenmiştir. Bu çalışmada Türkiye’deki imalat sanayinin dağılımı ve bu dağılım son yıllardaki değişimini ele almaktadır. Bu çalışmada 2014-2022 yılları arasında SGK ve TÜİK’den elde edilen imalat sanayi istihdamı ve imalat sanayinin GSYİH içindeki payı verileri kullanılmıştır. İlk aşamada Location Quotient (LQ) analizi kullanılarak imalat sanayinin genel durumu ve dağılımı tespit edilmiş böylece kazanan/kaybeden, güçlenen/zayıflayan bölgeler belirlenmiştir. Ardından Shift-Share analizi uygulanarak bölgelerdeki rekabet gücü ve dağılımı (Bölgesel Değişim) incelenmiştir. Son aşamada ise mekansal otokorelasyonun varlığı düşünülerek mekansal istatistik yöntemleri tercih edilmiştir. Moran’s I ve LISA kümelenme haritaları ile sanayi kümeleri ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar ile Türkiye sanayi coğrafyasında yapısal bir dönüşüm gerçekleşip gerçekleşmediği ve bunun bölgesel etkilerinin neler olduğunun ortaya çıkması hedeflenmektedir.Publication Ankilozan Spondilit'in Moleküler ve İmmün Patogenezinin İncelenmesi(2024) Atagündüz, Mehmet Pamir; Yalçın, Talat; Erzik, Can; Akçapınar, Günseli Bayram; Dilek, Yunus Emre; Özkaya, Şeyma Çolakoğlu; Gülmez, MerveKronik inflamatuvar ve otoimmün bir eklem hastalığı olan Ankilozan Spondilit (AS), özellikle genç erkeklerde görülen ve omurgayı etkileyen, sakroileit ve bambu omurga gibi belirgin lezyonlara yol açabilen bir durumdur. Hastalığın patofizyolojisi tam olarak anlaşılamamış olmasına rağmen, genetik faktörlerin, özellikle HLA-B27 genetik varyantının, büyük bir rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmada, hastalarda HLA-B27 genotipinin, ERAP1 ve ERAP2 haplotiplerinin ve bu ikisinin ortak oluşturduğu HLA-B ile sunulan immünopeptidom profilinin, AS'nin gelişimindeki rollerinin daha iyi anlaşılması amaçlanmıştır. Çalışmada ERAP1 ve ERAP2 haplotiplerinin ankilozan spondilit (AS) hastalarındaki dağılımı türk popülasyonunda 200 hastalık seride gösterilmiş ve sağlıklı bireylerdeki dağılım ile kıyaslanmıştır. Hasta ve kontrol dağılımları farklılık göstermezken, literatürde AS için risk olarak tanımlanmamış olan haplotip-8 (Hap8) çalışmada hasta popülasyonunda en sık rastlanan haplotip olarak bulunmuştur. As hastalığıyla ilk ilişkilendirilmiş genotip olan HLA-B27 aleli için hasta ve kontrol gruplarında tiplendirme yapılmıştır. Hastalardaki sıklığı %85-90 rapor edilen HLA-B27 pozitifliği, çalışılan grupta %62 olarak bulunmuştur. Bununla birlikte HLA-B27 için negatif olan ancak As için risk aleli olan diğer alellerin oranı %18 olarak tespit edilmiştir. İlk belirlenen hasta grubunun içinden ERAP haplotipleri, HLA-B27 genotipleri ve klinik seyir özelliklerine göre seçilen ikinci hasta grubunda, MHC-I ile hücre yüzeyinde sunulan peptid havuzu saptanmış ve veritabanlarında taranmıştır. Bakteri, virüs ve fungus peptidleriyle dizi benzerliklerine ve immünojenite veritabanı skorlarına dayanılarak immünojenik/artritojenik olarak moleküler kenetlenme (docking) çalışmaları için aday peptidler tanımlanmıştır. Bu veriler ışığında peptidlerin kenetlenme çalışmalarının ayrıntılandırılması sonrası ERAP haplotipleri-HLA-B alt-tipleri- immünojenik aday peptid ilişkisinin kurulması ve in vitro immünojenite çalışması aday peptidlerinin belirlenmesi hedeflenecektir.Publication Connexin26 Mutasyonlarının Neden Olduğu Kid Sendromunda Gözlenen Epidermal Fenotiplerin Oluşmasında Nf-kb Yolağının Rolünün Araştırılması(2024) Özçivici, Gülistan Meşe; Yavuz, Büşra; Yıldırım, Meryem Azra; İnal, Ece; Ünal, Yağmur Ceren; Elgin, Resul Gökberk; Öz, SercanConnexinlerin oluşturduğu gap junctionlar ve yarım kanallar insan vücudunda deri gibi bir çok doku ve organın normal olarak faaliyetlerini devam ettirmesinde önemli görevler üstlenirler. Connexin26 (Cx26) mutasyonları hem sendromik olmayan sağırlığa hem de keratitis-ichthyosis-deafness (KID) sendromu gibi deri hastalıklarıyla bağlantılı sendromik sağırlığa neden olmaktadır. Sendromik sağırlığa neden olan mutasyonlar Cx26?nın yeni fonksiyonlar kazanmasına neden olmakta, ancak bunun epidermal hücrelerin fizyolojisini nasıl etkilediği tam olarak bilinmemektedir. Bu projede, KID sendromuna neden olan Cx26-G45E ve Cx26-D50Y mutasyonları ile Cx26-WT içeren HaCaT keratinosit hücrelerinde mutasyonların NF-?B sinyal yolağı moleküllerinin ifadelerine ve NF-?B yolak aktivitesindeki değişimlere etkileri araştırılmıştır. Ayrıca, hücre içi ve hücre dışı kalsiyum konsantrasyonlarının azaltılmasının bu mekanizmalara etkileri sırasıyla BAPTA-AM ve BAPTA kalsiyum çekici molekülleri uygulaması sonucunda incelenmiştir. Son olarak, hücrelerde NF-?B yolağının inhibisyonunun hücrelerin canlılık/çoğalmaları, hücre döngüsü, hücre ölümü ve hücrelerin farklılaşmalarına etkileri tespit edilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda, Cx26-D50Y içeren hücrelerde RelB ve c-Rel mRNA ifadesi azalmış, buna karşılık NF-?B yolak aktivitesi artmıştır. Buna karşılık, Cx26-G45E mutasyonunda yolak moleküllerinin ifadelerinde farklılık gözlenmezken yolak aktivitesi azalmıştır. Ayrıca, p65?in Cx26-G45E hücrelerinde Cx26-WT ve Cx26-D50Y?ye kıyasla hem sitoplazmada hem de çekirdekte bulunduğu ve c-Rel proteinin her iki mutasyonda çekirdekte lokalize olduğu tespit edilmiştir. Hücre içi kalsiyumun azalmasının Cx26 overekspresyonu olan hücrelerde RelB?nin çekirdeğe geçişini artırdığı gözlenmiştir. Ayrıyeten, hücre dışı kalsiyumun Cx26-D50Y hücrelerinde p65 ve c-Rel mRNA ifadesini azalttığı tespit edilmiştir. NF-?B inhibisyonu MTT çalışmalarında hücre canlılığını/çoğalmasını azaltmış, ancak, hücre proliferasyonu, döngüsü ve apoptozunu etkilememiştir. Buna karşılık, Cx26-G45E içeren hücrelerde farklılaşma belirteci cytokeratin 10 ve involucrinin arttığı ve cytokeratin 10?daki artışın NF-?B sinyal yolağının inhibisyonu ile azaldığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, Cx26 KID sendromu mutasyonlarının NF-?B sinyal yolağına farklı şekillerde etkilerinin olduğu ve bunun hastalarda mutasyona özgü gözlenen epidermal fenotiplerin gelişmesinde rol oynayabileceği değerlendirilmiştir.Publication Sisplatin İle İndüklenen Gtf2a1-as Uzun Kodlamayan Rna?sının Apoptoza Etkisinin Hela Hücrelerinde İncelenmesi(2023) Akgül, Bünyamin; Dondurur, Ahmet Batuhan; Yurtsever, YiğitApoptoz, hücresel içeriklerin parçalandığı ve apoptotik cisimlerde biriktiği, programlanmış hücre ölümünün farklı bir modudur. Genomun büyük çoğunluğu kodlayıcı olmayan RNA'lardan oluşur. Kodlamayan RNA'lar, uzunluklarına bağlı olarak, örneğin, 200 nükleotitten uzun olan, uzun kodlamayan RNA?lar (ukmRNA) gibi, gruplara ayrılabilir. Bu RNA?ların kanser ve insan hayatını kritik derecede etkileyen diğer hastalıkların gelişimi ve tedavisinde önemli rolleri olduğu kanıtlanmıştır. UkmRNA'ların apoptoz üzerindeki etki mekanizmaları arasında, transkripsiyon faktörlerinin aktivitesini modüle etmek, miRNA'ları düzenlemek ve kromatin değiştirici gibi histon mekanizmalarıyla ilgili proteinlerle etkileşime girerler. Bu açıdan, sisplatin ile muamele edilmiş HeLa hücrelerinden elde edilen transkriptomik verilerde, karakterize edilmemiş ve yeni bir uzun kodlamayan RNA olan GTF2A1-AS, yüksek oranda eksprese edilen ukmRNA'lardan biri olarak bulunmuştur. GTF2A1-AS'nin hücre içerisindeki potansiyel rolü, GTF2A1-AS susturulması yoluyla sağlanan transkriptomik veriler aracılığıyla araştırılmıştır. Spesifik gen kümelerinin, ?Homolog Rekombinasyon Yoluyla Kusurlu Homolojiye Yönelik Onarım? yolağında ağırlıklı olarak yoğunlaştığı bulunmuştur. Bu süreçte DNA hasar yanıt proteinleri olarak bilinen BRCA1/2, RAD50, RAD51, PALB2 proteinleri yardımıyla çift zincir kırıkları onarılır. Böylece, bu transkriptomik verilerini doğrulamak için DNA hasar yanıtı ile ilgili genler seçilmiştir. Bu bilgiler ışığında GTF2A1-AS susturulması, HeLa hücrelerinde erken apoptozda artış ile sonuçlanmıştır. Ayrıca sisplatin ile birleştiğinde özellikle geç apoptozu etkileyerek HeLa hücrelerinin sisplatine karşı hassasiyetine yol açmıştır. Sonuç olarak, bir sisplatin indüklenebilir ukmRNA olarak GTF2A1-AS, HeLa hücrelerinde apoptozu ve kemosensitiviteyi düzenlemektedir.Publication Mikroyosun Üretiminde Biyolojik Olarak Kirlenmeyen Akıllı Fotobiyoreaktör Üretimi(2023) Cengiz, Uğur; Haznedaroğlu, Berat Zeki; Küçüker, Mehmet Ali; İpsalalı, Özde; Belen, Sema Nur; Durmaz, Fatma Gülçin; Güneş, KaniyeDünyamızda son zamanlarda karşılaşılan doğa olayları, iklim değişiklikleri ve bunlara ek olarak son pandemi süreci insanoğluna sürdürülebilir gıdanın önemi ve gerekliliğini net bir şekilde hatırlatmıştır. Bu yüzden alternatif sürdürülebilir gıda kaynaklarına olan arayış son zamanlarda bilim insanlarının ilgi odağı haline gelmiştir. Yosunlar gün ışığı altında fotosentez yaparak açık ve kapalı sistemlerde üretilebilir. Gıda ve ilaç gibi saf ürünlerin üretilmesinde tür çeşitliğinin kontrolü açısından kapalı sistemlere ihtiyaç vardır. Ancak, kapalı sistemlerde mikroyosunların büyümesi sırasında reaktör yüzeyine yapışıp biyofilm oluşturma gibi bir dezavantajı vardır. Biyofilm oluşumu da güneş ışınının reaktör içerisine girmesini engeller. Ayrıca, biyofilm varlığı hasat sonrası reaktörün bazı kimyasallar ile temizlenmesi gerekliliğini ortaya çıkarmaktadır. Reaktörün temizliği hem zaman hem de maddi kayıpla birlikte temizlik esnasında kullanılan kimyasalların ve fazla su tüketimi yüzünden çevre kirliliğine neden olmaktadır. Bu problem, mikroyosun üretiminde kullanılan reaktör yüzeyinin modifiye edilerek, üretim sırasında yosunların bu yüzeye yapışması engellenerek çözülebilir. Bu projede yapısında OH grupları olan yüksek yüzey enerjili monomerler ve polimerlerden oluşan yeni Ormosil kaplamalar üretilmiştir. Bu kaplamalar daldırma tekniği ile mikroskop camı yüzeyi kaplayıp açık havada hidrofilik, su altında süperoleofobik yüzeyler üretilmiştir. Mekanik ve kimyasal testlerden geçen yüzeyler, biyopolimer içeriği fazla, tatlı su mikroyosunları olan Chlorella vulgaris, Chlorella sorokiniana, Ettlia oleoabundans ve deniz suyu türü olan Nannochloropsis sp ile adezyon testine tabi tutulmuştur. Bu test yüzeyin hasat süresince mikroyosun içerisinde bekletilip her geçen gün yüzeyde oluşan biyofilm miktarının ölçülmesi ile yapılacaktır. Yapılan deneysel ve model sonuçları karşılaştırılarak mikroyosun yapışmasını engelleyen en iyi yüzey sentezi sonucunda proje nihai hedefi olan ?mikroyosunlara karşı biyolojik olarak kirlenmeyen ve hasat sonrası temizlenme ihtiyacı duyulmayan akıllı reaktör tasarımı? için fotobiyotakörler özel bir düzenekte daldırma tekniğinin tersi bir şekilde kaplanmıştır. Daha sonra kaplanmış ve kaplanmamış PBR içerisinde seri mikroyosun üretimi yapılmıştır. Yapılan çalışmalar sonunda en fazla protein içeriği olan Chlorella vulgaris? in seri üretiminde modifiye fotobiyoreaktörün kaplanmamışa göre % 50 daha az kirlendiği bulunmuştur. Proje Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesinde yürütülmüştür. Proje danışmanı Boğaziçi Üniversitesi, Çevre Bilimleri Enstitüsü öğretim üyesi ve aynı zamanda İstanbul Mikroyosun Biyoteknolojileri Araştırma ve Geliştirme Birimi Müdürü Dr. Öğr. Üyesi Berat Z. Haznedaroğlu?dur. Kendisi kullanılması planlanan mikroyosun türleri için saf türün sağlanmasında ve tecrübe aktarımında proje ekibine destek olmuştur. Proje araştırmacısı Dr. Öğr. Üyesi Mehmet Ali Küçüker, uzmanlık alanı mikroyosun üretimi ve teknolojileri üzerinedir. Kendisi cam kaplamaların ve sonrasında fotobiyoreaktörlerin mikroyosun türlerine karşı yapışma testlerini yapmıştır. Proje yürütücüsü polimer sentezi ve uygulamaları ile polimerik yüzeylerin ıslanabilirlik davranışları üzerine uzmandır. Kendisi tüm kaplama çözeltilerinin üretilmesinde ve kaplamların yapılmasında, ıslanabilirlik testleri ile mekanik ve kimyasal datanım testlerin yapılmasından sorumludur. Önerilen bu projede bir lisans (star bursiyer) bir yüksek lisans (Ocak ayında mezun olacak) ve iki de doktora öğrencisi (biri biyolojik kirlenme üzerinde diğeri polimer sentezi ve karakterizasyonu üzerinde) çalışmışlardır.Publication Meme Kanseri Hücre Hatlarından Salgılanan Faktörlerin Pre-metastatik Nişteki Rollerinin Mikroakışkan Çiplerle In Vitro Araştırılması(2022) Özuysal, Özden Yalçın; Okvur, Devrim Pesen; Yöndem, Eyüp; Kısım, Aslı; Tosunoğlu, Perge BilgesuKansere bağlı ölümlerin en önemli sebebi metastazdır. Primer tümörden çok sayıda hücre ayrılsa da bunların çok azı metastaz oluşturabilmektedir. Primer tümörler uzak doku mikro çevresini etkileyerek moleküler ve hücresel düzeyde farklılaştırmaktadır. Metastaz riskini etkileyen bu özel mikro çevrelere pre-metastatik niş adı verilir. Primer tümör, salgıladığı faktörler ve mikro veziküller aracılığıyla pre-metastatik niş oluşumunu kontrol eder. Farklı tümörlerin farklı pre-metastatik nişleri nasıl etkilediği ve bunun metastatik hücreler üzerindeki etkisi tam olarak bilinmemektir. Bu projede, mikroakışkan çiplerde pre-metastatik nişlerin modellenmesi ve kanser hücrelerinin davranışı üzerine etkilerinin incelenmesi hedeflenmiştir. Primer tümörden salgılanan faktör ve vezikülleri modellemek için dört farklı meme hücre hattından (MDA MB 231, SKBR3, MCF7 ve MCF10A) koşullu besiyerleri toplanmıştır. Ardından, normal kemik (hFOB), karaciğer (THLE-2) ve akciğer (WI38) hücre hatları matrigel içerisinde koşullu besiyerleri ile muamele edilerek pre-metastatik niş ortamları modellenmiş ve metastatik MDA MB 231 ve SKBR3 hücreleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. İnvazyon, hem kullanılan koşullu besiyer kaynaklarına hem de hedef doku hücrelerine bağlı olarak değişmiştir. Kemik modellerinin tümü iki kanser hücresinin de invazyonunu inhibe etmekte iken, akciğer ve karaciğer modellerinde SKBR3 koşullu besiyeri invazyonu inhibe edici, buna karşın MCF7 ve MCF10A koşullu besiyerleri tetikleyici olmuştur. Ekstravazasyonda ise MDA MB 231 koşullu besiyeri ile oluşturulan modele daha çok hücre geçişi olmuştur. PI3K, AKT ve FAK aktivasyonlarında invazyon ve ekstravazasyon sonuçları ile ilişkili bir fark gözlenmemiştir. Son olarak, RNA dizileme analizlerinin tamamlanmasıyla, invazyonu inhibe ve aktive edici genlerin hedef doku bazında ortaya konması beklenmektedir. Proje sonunda, pre-metastatik niş çalışmaları için mikroakışkan çipler kullanılarak in vitro bir model oluşturulmuş, farklı modellerin meme kanseri hücrelerinin invazyonu ve ekstravazasyonu üzerindeki etkileri incelenmiş ve fenotiple ilişkili genlerin ortaya çıkarılması amacıyla mRNA dizileme analizleri için cDNA kütüphaneleri oluşturulmuştur. Projeden elde edilen verilerin yayına dönüştürülmesi, ve moleküler mekanizmaların anlaşılmasına ve farklı kanser türlerinde pre-metastatik nişlerin incelenmesine yönelik yeni projeler geliştirilmesi hedeflenmektedir.Publication Obezite Kontrolü İçin Müsin/mukus Tabakasını Destekleyici Potansiyel Probiyotikler Üzerine Araştırmalar: Akkermansia Muciniphila'nın Gelişimini Teşvik Edici Bir Gastrointestinal Ortam(2022) Harsa, Hayriye Şebnem; Albayrak, Çisem Bulut; Kamber, AslıhanOBEZITE KONTROLÜ İÇİN MÜSiN/MUKUS TABAKASINI DESTEKLEYICI POTANSİYEL PROBİYOTİKLER ÜZERINE ARAŞTIRMALAR: AKKERMANSIA MUCINIPHILA?NIN GELİŞİMİNİ TEŞVİK EDİCİ BİR GASTROİNTESTİNAL ORTAM Bu projenin amacı, probiyotik özelliklere sahip laktik asit bakterilerinin (LAB) anti-obezite adayı olarak Akkermansia muciniphila'yı destekleme potansiyelini araştırmaktır. Geleneksel yollarla elde edilen laktik asit bakterileri; gastrointestinal koşullarda stabilite, müsin/mukus kullanmama özellikleri, müsin varlığında büyüme, müsin/mukus tabakasına yapışma, biyofilm oluşumu, laktat üretim yetenekleri, antimikrobiyal özellikleri, HT-29 hücresine bağlanma ve müsin/mukus kalınlığını artırma yetenekleri açısından değerlendirilmiştir. Gastrointestinal koşullara tolerans gösteren 17 laktik asit bakterisinin 6?sı zeytin izolatı olup 40 LAB suşu arasından seçilmiş ve müsin miktarını artırma potansiyelleri vb. daha ileri yetenekleri için analiz edilmiştir. Bu bakterilerin çoğu (17 bakterinin 13'ü) simüle mide sıvısında 106-108 KOB/mL aralığında canlı kalmış ve simüle bağırsak sıvısında ise 105-107 KOB/mL aralığında canlılıklarını sürdürmüştür. Bununla birlikte, 6 referans ve 7 L. bulgaricus izolatı müsini kullanmamış ve müsin varlığında ya hiç büyümemiş ya da ihmal edilebilir büyüme göstermiştir. Buna ek olarak, 17 bakteriden 13?ü müsin tabakasına %41.03-65.37 arasında değişen oranlarda bağlanmıştır. Ayrıca, değişen düzeylerdeki biyofilm oluşum etkinlikleri de bu bakterilerin varlığını ve bağırsak hücrelerine yapışmasını destekleyebilir. 7 LAB tarafından değişen miktarlarda (6.51-18.17 g/L) laktat üretilmiştir ve bu yetenek, mukus yolunu desteklemek için bir diğer önemli kriterdir. Tüm bu suşlar HT-29 hücre hattına bağlanmış ve kontrol ile karşılaştırıldığında müsin kalınlığında önemli artış göstermiştir. Bu çerçevede, geleneksel fermente ürünlerimizden saflaştırılan zeytin, peynir, yoğurt izolatları ve referans laktik asit bakterileri o.ü çeşitli kaynaklardan izole edilmiş 6 LAB, istenilen özellikleri sağlayarak obezite karşıtı prototip adayı olarak seçilmiştir.Publication Altıgen Bor Nitrür Temelli Tek-foton Kaynaklarının Grafen ve Fotonik Mikro Kavitelerle Etkileşimi(2021) Ateş, Serkan; Ağlarcı, FurkanProjenin konusu hBN içerisinde bulunan kusur merkezlerinin ışıma dinamiğinin kontrolü üzerinedir. Optik olarak uyarılmış kusur merkezlerinin temel enerji seviyesine sönümlenmesi ışımalı veya ışımasız olabilmektedir. Işımalı sönümlenmenin toplam sönümlenmeye oranı ise kusur merkezlerinin kuantum verimini vermektedir. Birim zamanda üretilen foton sayısını kontrol edebilmek bu sönümlenme oranlarının kontrolü ile mümkündür. Bu amaçla, ilk olarak önce hBN kusur merkezleri ile grafen arasında resonant enerji transferi üzerine çalışmalar yapıldı. Temel optik özellikleri çalışılan çok sayıda kusur merkezi içeren örnek üzerine taşınan tek-katman kalınlığında grafen sonrası aynı kusur merkezlerinin ışıma özellikleri aynı koşullar altında tekrar incelenerek tek-kuantum ışıyıcı mertebesinde rezonant enerji transferi ilk defa gösterildi. Ayrıca, grafen katman sayısın rezonant enerji transferine etkisi de sitematik çalışmalar ile gösterildi. Son olarak hBN örnekler üzerine taşınan grafenin bir iyonik çözelti yardımıyla katkılanması sağlanarak Fermi enerjisi kontrol edildi ve enerji transferinin Fermi enerji seviyesine bağlı davranışı incelendi. Aynı kuantum ışıyıcı ile ilk defa yapılan çalışmalar neticesinde grafen öncesi ve sonrası olmak üzere tek-foton mertebesinde tersinir bir enerji transferi mekanizmasını gösteren bir aygıt geliştirilmiş oldu. Buna ek olarak, yine kusur merkezlerinin hem ışımalı hem de ışımasız geçiş oranını kontrol etmek amacıyla kullanılabilecek plazmonik aygıtların tasarımı yapıldı. Bu amaçla zamanda sonlu farklar yöntemi (FDTD) ile literatürden bilinen gerçekçi parametreler kullanılarak geliştirilen gümüş yarım küre geometrisine sahip nano antenlerin hBN kusur merkezlerinin ışıma oranlarını artırabilme potansiyeli ortaya kondu.Article KOCAELİ İZMİT İLÇESİ’NDE PARTİKÜL MADDE (PM2.5) KONSANTRASYON SEVİYELERİ, MEKÂNSAL VE MEVSİMSEL DEĞERLENDİRİLMESİ(2021) Öztürk, Süheyla; Gerçek, Deniz; Güven, İsmail Talih; Gaga, Eftade O.; Üzmez, Özlem Özden; Civan, Mihribanİzmit İlçesi’nde yaz (Temmuz 2018 - Eylül 2018) ve kış mevsimlerinde (Kasım 2018 - Ocak 2019) yüksek hacimli örnekleyici kullanılarak partikül madde (PM2.5) derişimleri ölçülmüştür. Mekânsal dağılımdaki farklılığı belirlemek için 14 noktada numune toplanmıştır. PM2.5 numuneleri, 24 saat boyunca 1,13 m3/dk bir akış hızında kuvars filtre kağıdı kullanılarak toplanmıştır. 14 örnekleme noktası için yaz ve kış mevsimleri ortalama PM2.5 konsantrasyonu sırasıyla 22,11 ± 4,30 µg/m3 ve 45,44 ± 18,71 µg/m3 olarak ölçülmüştür. PM2.5 en yüksek ve en düşük konsantrasyonlarına kış aylarında rastlanmıştır. Kış aylarında Sepetçiler, Yeşilova, 28 Haziran, Kabaoğlu örnekleme alanlarında ölçülen konsantrasyonların yaz aylarında ölçülen konsantrasyonlardan düşük olduğu belirlenmiştir. Mekânsal dağılıma göre 28 Haziran Mahallesi’nde en düşük kirlilik gözlemlenirken, Cedit Mahallesi’nde ve Sanayi Mahallesi’nde en yüksek kirlilik gözlemlenmiştir. Bu bölgelerin, kentsel ve trafik kaynaklı diğer bölgelere göre farklı kirlilik kaynaklarından etkilendiği belirlenmiştir. K/Y oranı 28 Haziran Mahallesi, Yeşilova Mahallesi ve Sepetçiler Mahallesi’nde toprak kaynağı nedeniyle 1‘in altında, Kabaoğlu Mahallesi’nde 1 ve diğer örnekleme alanlarında ısıtma amaçlı fosil yakıt kullanımına bağlı 1’in üzerinde olduğu belirlenmiştir.Publication Kurkumin ve Beta-karotenin İnce Bağırsak Karma Misellerinde Çözünme Mekanizmaları ve Bu Olaya Etki Eden Faktörlerin Moleküler Dinamik Simülasyonlar ile İncelenmesi(2021) Bayramoğlu, Beste; Tunçer, Esra; Özuysal, MustafaBeslenme düzenimiz insan sağlığına faydalı olduğu bilinen karotenoidler, kurkuminoidler, çoklu doymamış yağ asitleri ve yağda çözünen vitaminler gibi pek çok biyoaktif bileşeni içeren gıdalardan oluşmaktadır. Bu gıda bileşenlerinden birçoğunun koroner kalp hastalıkları, diyabet, hipertansiyon ve kanser gibi hastalıkların görülme sıklığını düşürme gibi normal besinsel fonksiyonlarının üzerinde sağlığa faydalı etkiler gösterdiği bilinmektedir. Kurkumin ve ß-karoten, kalp rahatsızlıklarının, çeşitli kanser türlerinin ve göz bozukluklarının önlenmesine yardımcı olan önemli lipofilik biyoaktif maddeler arasındadır. Son zamanlarda bu tür lipofilik bileşenlerin ticari fonksiyonel gıda ve içecek ürünlerinde kullanılmasına yönelik ilgi giderek artmaktadır. Ancak, lipofilik yapıları bu moleküllerin bahsi geçen şekilde kullanımlarını sınırlandırmaktadır. Günümüzde pek çok bilimsel çalışma bu tür bileşenlerin biyoyararlılığını arttırmaya yönelik çeşitli kolloidal taşınım sistemlerinin tasarımı üzerine yönelmiştir. Lipofilik biyoaktiflerin emilimlerinin, on iki parmak bağırsağında (duodenum), içerisinde çözündükleri karma miseller yoluyla gerçekleştiği bilinmektedir. Dolayısıyla, kurkumin ve ß-karotenin biyoerişebilirliklerinin, biyoyararlılıklarını belirleyen kilit aşamalardan bir olduğu söylenebilir. Bu projenin amacı, bu kilit aşamaya dair moleküler düzeydeki mekanizmaların açığa çıkarılması, karma misellerde çözünmeyi etkileyen faktörlerin ve oluşan sistemlerin detaylı yapısal özelliklerinin çok-ölçekli moleküler dinamik (MD) simülasyonlar aracılığıyla incelenmesidir. Çalışmada ele alınan etmenler safra lipitleri konsantrasyonu (açlık ve tokluk koşulları), yağ asitlerinin varlığı ve çeşidi, çözünme sırasında ß-karoten ve kurkuminin birbirleriyle olası etkileşimleri olmuştur. Simülasyonlar açık erişim bir yazılım olan GROMACS simülasyon paketi ile gerçekleştirilmiştir. İnce bağırsak sıvı ortamı için oluşturulan model sistemde safra tuzu olarak kolat; fosfolipit olarak POPC (1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine) kullanılmıştır. Yağ asitlerinin kuyruk uzunluğu ve doygunluk derecesinin sürece etkilerinin araştırılması amacıyla, çalışmada laurik asit, stearik asit ve linoleik asit kullanılmıştır. Projede elde edilen sonuçlar, açlık ve tokluk koşullarındaki karma miseller arasındaki yapısal farklılıkları, ß-karoten ve kurkuminin bu misellerde çözünmesinde yağ asidi faktörünün etkilerini ve bu lipofilik bileşenler arasındaki etkileşimin misel boyutuna bağlı olarak gerçekleşebileceğini ortaya koymuştur. Çalışmada edinilen bulguların kurkumin ve ß-karoten içeren etkili kolloidal taşınım sistemlerinin tasarımı çalışmalarına katkısı olacaktır.