Phd Degree / Doktora
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/2869
Browse
1 results
Search Results
Doctoral Thesis Identification and Functional Characterization of M6a Rna Modifications in Cisplatin-Treated Hela Cells(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gelmez, Ayşe Bengisu; Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyN6-metiladenozin (m⁶A), RNA üzerinde en fazla bulunan ve dinamik bir modifikasyondur. Bu çalışmada m⁶A modifikasyonun HeLa hücrelerinin sisplatin (CP) uygulamasına verdiği yatının düzenlenmesindeki fonksiyonu araştırılmıştır. İlk olarak, CP uygulanmış HeLa hücrelerinde temel m⁶A düzenleyicilerinin seviyeleri ve ardından m⁶A metilasyon dağılımı tüm transkriptom çapında incelendi. Analiz sonucunda, m⁶A yazıcılarının, özellikle METTL4'ün ekspresyonun değişikliğinin olası etkisi olarak, m⁶A metilasyon profilinde anlamlı farklar belirlendi. Özellikle, CP uygulamasını takriben global metilasyon seviyesindeki düşüş aynı uygulama sonucunda gözlemlenen METTL14'ün protein seviyesindeki önemli azalma ile ilişkilendirilebilir. METTL14 susturması sonucunda hücrelerin, özellikle transfeksiyonun 72. ve 96. saatlerinde CP'ye daha hassasiyet gösterdiği tespit edildi. Bu hassasiyet hücre ölümü ile ilgili genlerin RNA sevilerinde METTL14 susturulması sonucunda gözlemlenen artıştan kaynaklanıyor olabilir. Bununla birlikte, aday genler arasından, ATF3, ATF5, DUSP6 ve PEA15 gibi genler tutarlı ifade modelleri sergilerken, TP73, BMF, DAPK1 ve DAB2IP, CP RNA-seq verilerinde tanımlanan yönlere zıt mRNA seviyeleri sergiledi. Bu bulgular, METTL14'e bağlı gerçekleşen metilasyonun, bu genlerin mRNA düzenlenmesinde, dolasıyla CP etkisini artırmasında çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Ayrıca, YTHDF2'nin pro-apoptotik adaylara koşula özgün olarak kontrol hücrelerinde daha fazla bağlanma yatkınlığı gösterdiği belirlenmiştir. Bu durum bu genlerin normal koşullarda YTHDF2 tarafından indüklenen RNA bozulması ile seviyelerinin kontrol edildiğini ancak CP uygulaması ile bağlanma etkinliğinin azalması nedeni ile aynı genlerin sabitliğinin arttığını işaret etmektedir. Bu çalışma, CP yanıtı ile dinamik m⁶A modifikasyonu arasındaki karşılıklı etkileşimi göstermektedir. Özellikle METTL14'ün sisplatin etkinliğini m⁶A metilasyonu ekseninde artırdığının altını çizerek, kanser tedavisinde m⁶A dağılımını düzenleyen yolakları hedef alan terapötik stratejilere yönelik araştırmalar için temel sağlayabilir.