GCRIS

Now showing 1 - 2 of 2

Identification and Functional Characterization of M6a Rna Modifications in Cisplatin-Treated Hela Cells
(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gelmez, Ayşe Bengisu; Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
N6-metiladenozin (m⁶A), RNA üzerinde en fazla bulunan ve dinamik bir modifikasyondur. Bu çalışmada m⁶A modifikasyonun HeLa hücrelerinin sisplatin (CP) uygulamasına verdiği yatının düzenlenmesindeki fonksiyonu araştırılmıştır. İlk olarak, CP uygulanmış HeLa hücrelerinde temel m⁶A düzenleyicilerinin seviyeleri ve ardından m⁶A metilasyon dağılımı tüm transkriptom çapında incelendi. Analiz sonucunda, m⁶A yazıcılarının, özellikle METTL4'ün ekspresyonun değişikliğinin olası etkisi olarak, m⁶A metilasyon profilinde anlamlı farklar belirlendi. Özellikle, CP uygulamasını takriben global metilasyon seviyesindeki düşüş aynı uygulama sonucunda gözlemlenen METTL14'ün protein seviyesindeki önemli azalma ile ilişkilendirilebilir. METTL14 susturması sonucunda hücrelerin, özellikle transfeksiyonun 72. ve 96. saatlerinde CP'ye daha hassasiyet gösterdiği tespit edildi. Bu hassasiyet hücre ölümü ile ilgili genlerin RNA sevilerinde METTL14 susturulması sonucunda gözlemlenen artıştan kaynaklanıyor olabilir. Bununla birlikte, aday genler arasından, ATF3, ATF5, DUSP6 ve PEA15 gibi genler tutarlı ifade modelleri sergilerken, TP73, BMF, DAPK1 ve DAB2IP, CP RNA-seq verilerinde tanımlanan yönlere zıt mRNA seviyeleri sergiledi. Bu bulgular, METTL14'e bağlı gerçekleşen metilasyonun, bu genlerin mRNA düzenlenmesinde, dolasıyla CP etkisini artırmasında çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Ayrıca, YTHDF2'nin pro-apoptotik adaylara koşula özgün olarak kontrol hücrelerinde daha fazla bağlanma yatkınlığı gösterdiği belirlenmiştir. Bu durum bu genlerin normal koşullarda YTHDF2 tarafından indüklenen RNA bozulması ile seviyelerinin kontrol edildiğini ancak CP uygulaması ile bağlanma etkinliğinin azalması nedeni ile aynı genlerin sabitliğinin arttığını işaret etmektedir. Bu çalışma, CP yanıtı ile dinamik m⁶A modifikasyonu arasındaki karşılıklı etkileşimi göstermektedir. Özellikle METTL14'ün sisplatin etkinliğini m⁶A metilasyonu ekseninde artırdığının altını çizerek, kanser tedavisinde m⁶A dağılımını düzenleyen yolakları hedef alan terapötik stratejilere yönelik araştırmalar için temel sağlayabilir.
Biochemical and Functional Characterization of Circular Rnas Differentially Expressed in Cisplatin-Treated Hela Cells
(01. Izmir Institute of Technology, 2023) Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Circular RNAs (CircRNAs) are a novel class of single-stranded, covalently-closed RNA molecules. Functional investigations of the circRNAs provide insight into the mechanisms underlying gene regulation and cellular responses, which could ultimately lead to the development of new therapies for a wide range of diseases. In this thesis, four cisplatin (cis-diamminedichloroplatinum II, CP)-responsive circRNAs, circGALNT2, circBNC2, circBIRC6, and circCLASP1, were validated. The reverse genetics approaches, such as knockdown and overexpression strategies, showed that circCLASP1 is required for the proliferation of HeLa cells. The knockdown of circCLASP1 disrupts proliferation in HeLa, and its overexpression restores impaired proliferation. Further analyses revealed that circCLASP1 knockdown sensitizes HeLa cells against 20 μM and 40 μM cisplatin treatments. Interestingly, an IC50 dose of cisplatin causes Annexin V-/7AAD + cell death rather than apoptosis when combined with circCLASP1 knockdown. In light of these findings, five circRNA/miRNA/mRNA regulatory networks were constructed using computational approaches. Additionally, a transcriptomics analysis after circCLASP1 knockdown has supported all of these findings in that muscle cell proliferation genes were significantly altered upon circCLASP1 knockdown in HeLa cells. In conclusion, the findings suggest that the knockdown of circCLASP1 represses proliferation and sensitizes HeLa cells against cisplatin. CircCLASP1-knockdown mediated differential gene expression indicates proliferation, ROS response, iron metabolism, lipid peroxidation, and cell death. Further studies are needed to elucidate the precise mechanism of circCLASP1-mediated cell death and proliferation in muscle cells or liver cells and ROS-related diseases.

Phd Degree / Doktora

Browse

Filters

Settings

Sort By

Results per page

Search Results