Electrical - Electronic Engineering / Elektrik - Elektronik Mühendisliği
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/11
Browse
3 results
Search Results
Now showing 1 - 3 of 3
Research Project Farklı kontraslı medikal görüntülerin bilgi teorisi kaynaklı nokta benzerliği ölçütleriyle elastik olarak hizalanması(2011) Karaçalı, BilgeMedikal görüntülerin elastik olarak hizalanması, şizofreni, Alzheimer hastalığı gibi birçok nörolojik bozukluğun daha iyi anlaşılmasına olanak veren işlemsel anatomi yöntemlerinin temelini oluşturmaktadır. Hizalanmak istenen görüntülerdeki benzer parlaklık gösteren ortak yapıları arayıp örtüştürme esasına dayanan bu yöntemler, görüntüler arasında kontrast farklılıkları olduğu durumlarda ise istenen başarıyı sağlayamamaktadırlar. Bu projede, farklı kontrast özelliklerine sahip medikal görüntüleri bilgisayar ortamında elastik olarak hizalayan bir algoritma geliştirilmiştir. Bu amaç dahilinde öncelikle görüntüler arasında eşlenik noktaları ve bu noktalardaki eşlenik yönelimleri belirleyen ve daha sonra bu noktalara dayanarak yoğun deformasyon alanları oluşturan iki ana işlem modülü türetilmiştir. Bu modüller daha sonra çok katmanlı bir platform üzerinde çalışan döngülü bir yapıda birleştirilmiştir. Bu şekilde türetilen algoritma, sağladığı hizalama başarısı açısından sınanmıştır. Farklı kontrastlı görüntülerin hizalanması, işlemsel anatomi yöntemlerinin, ideal ve birbiri ile uyumlu kontrast özelliklerinin aranamayacağı geniş kapsamlı çalışmalarda uygulanmasına olanak sağlamıştır. Bu projede geliştirilmiş olan bu algoritma, ileride geniş katılımcı grupları ile yürütülecek beyin araştırmalarında, özellikle kontrast farklılıklarının olağan olarak gözlendiği multipl skleroz gibi nörodejeneratif bozuklukların konu alındığı çalışmalarda taranan görüntülerin değerlendirilmesinde işlemsel yapı taşı olarak işlev görecektir. Bu sayede hem bölgesel koşullarda bu hastalıkların gelişimi ve tanısal özellikleri çok daha detaylı bir biçimde incelenebilecek, hem de benzer çalışmalara destek verecek işlemsel bir merkez oluşturulmasına katkı sağlanmış olacaktır.Research Project Hayali ve gerçek motor fonksiyonlarda beyin bölgeleri arasındaki uyumlu davranışı veri odaklı çözümleyen yeni bir beyin-bilgisayar arayüzü yaklaşımı(2020) Karaçalı, Bilge; Özgören, MuratBeyin-bilgisayar arayüzü sistemleri beyinin işleyişiyle beraber ortaya çıkan fizyolojik yanıtlara dayanarak kullanıcılara, içinde bulundukları ortam üzerinde işlevsel kontrol sağlamaya çalışır. Beyinin işleyişini bu amaçla takip etmek için sıklıkla kullanılan teknolojilerden biri elektroensefalografidir (EEG). Ancak EEG verilerinden gerekli çıkarımları yapmak, aranan sinyalin düşük şiddeti, arka plandaki işlevlerin bu sinyali gizlemesi ve kaydedilen veride yakındaki bölgelerden kaynaklanan birçok sinyalin olması gibi sorunlardan ötürü zordur. Bu sebeplerle şimdiye kadar sadece kullanıcıya dikkatteki seçicilik ve sinirsel geri bildirim le birtakım belirli beyin sinyallerini kontrol etmeyi öğreten beyin-bilgisayar arayüzü uygulamaları sınırlı bir başarı gösterebilmiştir. Yapılmak istenen hareketi kullanıcının zihninde canlandırmasından tanımayı amaçlayan beyin bilgisayar arayüzü çalışmaları, yüksek bilgi aktarım hızı için kabul gören bir potansiyele rağmen umulan başarı düzeyinden uzaktır. Bu projede, gerçek ve hayali motor fonksiyonları tanımak için beyin bölgeleri arasındaki uyum yapısına dayalı yeni bir beyin-bilgisayar arayüzü yaklaşımı geliştirilmiştir. Farklı beyin bölgeleri arasındaki uyum yapısını çok kanallı EEG verisinden elde etmek için EEG sinyalleri üzerinde hiçbir istatistiksel veya dinamik model içermeyen yeni uyum ölçütleri kullanılmıştır. Farklı motor fonksiyonlar sırasında uyum düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar gösteren EEG kanal çiftleri tespit edilmiş ve prototip beyin-bilgisayar arayüzü uygulamaları için gerçek ve hayali motor fonksiyon tanıma sistemlerinde değerlendirilmiştir. Bu projenin bulguları ve geliştirilmiş olan gerçek ve hayali motor fonksiyon tanıma yöntemleri, gerçek ve özellikle hayali motor fonksiyonları EEG kanalları arasındaki uyum profillerine bakarak birbirinden ayırt edebilen yüksek bilgi aktarım hızına sahip yeni nesil beyin-bilgisayar arayüzü yaklaşımlarına temel teşkil edecektir. Bu da beyin-bilgisayar arayüzü uygulamaları için motor fonksiyonlar sırasında ortaya çıkan beyindeki bağlanırlık yapılarının ışığında yeni eğitim paradigmalarının geliştirilmesine öncülük edecek ve nörolojik rehabilitasyon ile tamamen içe-kilitli hastalarla iletişimden nöral protezlerin kontolü ve bilgisayar kullanım deneyiminin yükseltilmesine kadar sivil ve askeri çok çeşitli uygulama alanlarında gerçekleştirilecek dramatik atılımların yolunu açabilecektir.Article Citation - Scopus: 13The Prognostic Value of Tumor-Stroma Proportion in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma(Federation of Turkish Pathology Societies, 2013) Ünlü, Mehtat; Çetinayak, Hasan Oğuz; Önder, Devrim; Ecevit, Cenk; Akman, Fadime; İkiz, Ahmet ömer; Ada, Emel; Karaçalı, Bilge; Sarıoğlu, SülenObjective: Tumor-stroma proportion of tumor has been presented as a prognostic factor in some types of adenocarcinomas, but there is no information about squamous cell carcinomas and laryngeal carcinomas. Material and Method: Five digital images of the tumor sections were obtained from 85 laryngeal carcinomas. Proportion of epithelial tumor component and stroma were measured by a software tool, allowing the pathologists to mark 205.6 μm2 blocks on areas as carcinomatous/stromal, by clicking at the image. Totally, 3.451 mm2 tumor areas have been marked to 16.785 small square blocks for each case. Results: Median follow up was 48 months (range 3-194). The mean tumor-stroma proportion was 48.63+18.18. There was no difference for tumor-stroma proportion when tumor location, grade, stage and perinodal invasion were considered. Although the following results were statistically insignificant, the mean tumor-stroma proportion was the lowest (37.46±12.49) for subglottic carcinomas, and it was 52.41±37.47, 50.86+19.84 and 44.56±16.91 for supraglottic, transglottic and glottic cases. The tumor-stroma proportion was lowest in cases with perinodal invasion and the highest in cases without lymph node metastasis (44.72±20.23, 47.77±17.37, 50.05±17.34). Tumor-stroma proportion was higher in the basaloid subtype compared with the classical squamous cell carcinoma (53.76±14.70 and 48.63±18.38 respectively). The overall and disease-free survival analysis did not reveal significance for tumor-stroma proportion (p=0.08, p=0.38). Only pathological stage was an independent factor for overall survival (p=0.008). Conclusion: This is the first series investigating tumor-stroma proportion as a prognostic marker in laryngeal carcinomas proposing a new method, but the findings do not support tumor-stroma proportion as a prognostic marker.