Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
6 results
Search Results
Research Project tRNA'lardan kökenlenen küçük RNA fragmanlarının etkileştiği komplekslerin tanımlanması ve gelişim üzerine etkilerinin araştırılması(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, AytenBir dizi genom projesinin tamamlanması ve sekanslama teknolojisinin gelişmesine paralel olarak ökaryotik bir hücrede bulunan transkriptomu algılayışımız oldukça değişmiştir. 15-26 nükleotit uzunluğunda küçük RNA’ları sekanslamaya imkan veren bu teknoloji sayesinde daha önce “çöp DNA” olarak ileri sürülen genomik bölgelerden endojen siRNA’ların üretildiği tespit edilmiştir. Detaylı analizler, ökaryotik hücrelerde yapısal olarak bilinen mRNA, rRNA, snoRNA ve tRNA’lardan da küçük RNA’ların üretildiğini göstermiştir. Drozofila embriyonik gelişiminin model olarak kullanıldığı bu projede drozofila embriyo ve S2 hücre hattı sitozolik ekstraktları translasyonal statülerine göre fraksiyonlara ayrılarak tRNA’lardan kökenlenen fragmanların etkileştikleri komplekslerin tanımlanması amaçlanmıştır. Aşırı ifade ve in situ hibridizasyon yöntemleri kullanılarak ilgili tRNA fragmanlarının hücre içi konumları belirlenmiştir. Ayrıca, embriyolara mikroenjeksiyon ve mutant sineklerde fragman analizleri yapılarak tRNA fragmanlarının gelişim üzerine etkileri incelenmiştir.Research Project Naif CD4+T hücrelerinden Th17 fenotipinde efektör T hücrelerinin oluşturulması ve Th17 farklılaşmasında rol oynayan mikroRNA'ların belirlenmesi(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Nalbant Aldanmaz, AytenTh17 T hücreleri IL-17 sitokini ekspres eden CD4+T hücrelerinin bir alt sınıfıdır. İnsan Th17 farklılaşması için gereken kültür koşulları, regülatör moleküller ve bu hücrelerin sürdürülebilirliği üzerindeki çalışmalar devam etmektedir. T hücre farklılaşmasında sitokinler, transkripsiyon faktörleri dışında mikroRNA gibi düzenleyici moleküllerin de etkili olabileceği önerilmektedir. Bu yüzden de, Th17 farklılaşmasında mikroRNA’ların rollerinin ortaya konması gerekmektedir. mikroRNA’lar (miRNAs) 17-23-nt uzunluğundaki RNA molekülleridir ve protein kodlayan genleri regüle ederler. Bu sebeple projenin amacı, insan periferal naif CD4+T hücrelerinden Th17 fenotipindeki T hücre alt grubunu oluşturmak ve Th17 fenotip farklılaşmasında rol oynayan mikroRNA’ları derin sekanslama metodu ile profillerini çıkarmaktırResearch Project Genomik profilleme yöntemiyle T lenfositlerinde apoptozu düzenleyen mikroRNA' ların tanımlanması(2010) Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, Ayten; Yiğit, HaticeBiyolojik homeostazın temin edilmesinde temel bir işlevi olan ve evrimsel olarak oldukça muhafaza edilmiş olan hücre ölümü, ihtiyaç fazlası hücreler ile sağlığı tehdit eden antijenlerin vücuttan uzaklaştırılması için oldukça önemlidir. Apoptoz sinyal iletim yolağında rol oynayan ilk molekülün tanımladığı 1992 yılından bu yana bir dizi protein tanımlanmıştır. Ancak apoptoz sadece proteinler tarafından değil, mikroRNA (miRNA) adı verilen ve boyutları 17-25 nükleotit arasında değişen çok küçük kodlamayan RNA’lar tarafından da düzenlenmektedir. Apoptozu düzenleyen miRNA’ların tanımlanması, hücre ölümünün moleküler mekanizmasının anlaşılması ve insan sağlığının korunması için oldukça önemlidir. T lenfositlerinde apoptozu düzenleyen miRNA’ları tanımlamak amacıyla Jurkat hücreleri genel apoptoz indükleyici kamptotesin ilacıyla muamele edilmiştir. Kamptotesim muamelesi sonrası, apoptoza duyarlı ve dirençli hücreler birbirinden ayrıştırılmıştır. Mikroarray, derin sekanslama ve qPCR teknikleri kullanılarak her iki grubun miRNA profilleri kamptotesinle muamele edilmeyen negatif örneklerin miRNA profiliyle karşılaştırılmıştır. Karşılaştırmalı profil analizi sonrası her üç grup hücrede ifade edilen miRNA miktarına göre beş grup miRNA belirlenmiştir. miR-18a, 26a ve 92a-1* ölen hücrelerde baskılanmakta miR-7, 106b*, 221, ve 1268 ise ölmeyen hücrelerde aşırı ifade edilmektedir. Dolayısıyla bu grup miRNA anti-apoptotik olarak görev yapmaktadırlar. miR-128 ve 720, ölmeyen hücrelerde aşırı ifade edilirken ölen hücrelerde baskılanmakta dolayısıyla anti-apoptotik miRNA grubunda bulunmaktadırlar. miR-24 ve 766 sadece dirençli hücrelerde baskılandığından apoptotik miRNA olabilirler. miR-30c, 186, 142-5p ve 320 hem duyarlı hem de dirençli hücrelerde baskılandığından muhtemelen apoptozla ilgileri olmayıp ilaç metabolizması veya stres gibi diğer hücresel yanıtlarda rol oynuyor olabilirler.Research Project Erken başlangıçlı Tay-Sachs hastalığı fare modelinde hücresel patolojinin araştırılması(2019) Seyrantepe, Volkan; Nalbant Aldanmaz, Ayten; Gözüaçık, DevrimSialidaz enzimleri glikolipid ve glikoproteinlerin yapısında bulunan sialik asitleri uzatlaştırarak çeşitli hücresel olayları kontrol eden glikohidrolitik enzimlerdir. Memeli hücrelerinde 4 farklı sialidaz enzimi bulunmaktadır. Bunlar lizozomal (Neu1), sitosolik (Neu2), hücre zar sialidazı (Neu3) ve lizozomal sialidaz (Neu4) olarak isimlendirilirler. Neu4 ilk kez klonlanarak biyokimyasal özellikleri tanımlanmış ve in vitro şartlarda bu enzimin asitik pH?da GM2 gibi glikolipid grubundaki gangliosidlere karşı aktivitesi olduğunu gösterilmiştir (Seyrantepe ve ark., 2004). Bir başka çalışmada ise GM2 gangliosidosis olarakta bilinen Tay-Sachs hastalarına ait nöroglia hücrelerine Neu4 kodlayan plasmidin aktarılması sonucu lizozomlarda biriken GM2 gangliosid?inin Neu4 tarafından yıkıldığı ve hücrelerde görülen patolojinin ortadan kalktığı gösterilmiştir (Seyrantepe ve ark., 2008). In vitro şartlarda sialidaz enzimlerinin GM2 gangliosid?ini yıktığı bilinmekle birlikte, fenotip bulgusu bulunmayan TaySachs hastalığı fare modelinde (Hexa-/-) gangliosid yıkım yolağında in vivo olarak sialidazların nasıl bir rol oynadığı bilinmemektedir. Bu amaçla Neu4 eksikliği olan fareler (Neu4-/-) yaratılmış (Seyrantepe ve ark, 2008) ve ß-hekzosaminidaz A eksikliği olan TaySachs fare modeli (Hexa-/-) ile çiftleştirilerek Hexa-/-Neu4-/- fare modeli elde edilmiştir. Bu farelerin bir bölümünde epilepsi gibi Tay-Sachs hastalık bulguları ve beyin dokusunda anormal GM2 gangliosid birikimi tesbit edilmiştir (Seyrantepe ve ark, 2010). Farelerin tümünde epilepsi görülmemesi Neu4?un modife edici bir gen ürünü olduğunu ve Neu3 gibi diğer sialidazların gangliosid yıkım yolağında rolü olabileceğini düşündürmüştür. Bu hipotezi test etmek amacı ile yaratılan Hexa-/-Neu3-/- farelerde ise beklenmedik şekilde erken başlangıclı Tay-Sachs hastalığı fenotip bulguları vardır. Bu farelerde 3-4 aylıkken ataksi ve tremor gibi nörolojik bulgular gözlenmektedir ve Tay-Sachs hastalığın şimdiye kadar yaratılmış ilk ve tek modeli olma özelliğini taşımaktadır. 4.5 aylıkken aniden ölen bu yeni fare modelinde beyin ve organlarda anormal GM2 gangliosid ve diğer gangliosidlerin biriktiği tesbit edilmiştir ve bu birikimin hücresel patholoji üzerine etkisi araştırma projesinin konusunu oluşturmaktadır. Projemizde farelerde elde edilen farklı beyin bölgelerinde (serebral korteks, beyincik, hipokampüs ve hipotalamus) ve fibroblast hücrelerinde apoptoz, otofaji, reaktif oksijen türleri yanı sıra ikincil lipid metabolizması araştırılmıştır. Elde edilecek sonuçlar ölümcül bir çocukluk çağı hastalığı olan ve ülkemizdede sıklıkla rastlanan Tay-Sachs hastalığının hücresel patolojisinin daha iyi anlaşılmasını sağlayacak ve yağ metabolizmasının düzenlenmesinde rol oynadığı düşünülen Neu3 sialidazı hedeflendiği yeni ilaç ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine öncelik edecektir.Article Citation - WoS: 3Citation - Scopus: 3Endogenous Heat Shock Protein Groel of A. Actinomycetemcomitans Preferentially Targets Primary Human Cd8+t Cells(TÜBİTAK, 2015) Kant, Melis; Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, AytenApoptosis can be used to manipulate host cells by bacterial products such as bacterial heat shock proteins (Hsp). One of the virulence factors of periodontal pathogen Aggregatibacter actinomycetemcomitans is heat shock protein GroEL (AaGroEL), which has been shown to interact with host cells. AaGroEL (Hsp64) also has the potential to modulate immune system cells. In this study we used endogenous AaGroEL protein as an antigen to study bacterial Hsp-induced apoptosis in different immune system cells. Human peripheral blood mononuclear cells and cell lines were cultured with different doses (50-1000 ng/mL) of endogenous AaGroEL at various time points. Apoptosis of the cells was measured by Annexin V and 7AAD labeling. Apoptotic cells were analyzed by flow cytometry. Our data suggested that AaGroEL-responding primary CD8+ T cells were more susceptible to apoptosis than CD4+ T cells. Furthermore, the magnitude of apoptosis in the Jurkat T cell line was higher than that in primary CD8+ T cells. There was no statistically significant level of apoptosis in the chronic myeloid leukemia (K562) cell line, which belongs to myeloid lineages. Thus, A. actinomycetemcomitans GroEL protein has more potent apoptotic effect on cells that are derived from a lymphoid progenitor.Article Citation - WoS: 17Citation - Scopus: 16Aggregatibacter Actinomycetemcomitans Groel Protein Promotes Conversion of Human Cd4+ T Cells Into Ifn Gamma Il10 Producing Tbet+ Th1 Cells(Public Library of Science, 2012) Saygılı, Tahsin; Akıncılar, Semih Can; Akgül, Bünyamin; Nalbant Aldanmaz, AytenOne of the heat shock family protein (Hsp) expressing bacteria is the gram negative, periodontal pathogen Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa). A. actinomycetemcomitans' Hsp is a 64-kDa GroEL-protein, which has been shown to influence the host cells. In this study we used recombinant A. actinomycetemcomitans GroEL (rAaGroEL) protein as a model antigen to study GroEL-mediated T cell immune response. Human peripheral mononuclear cells (PBMCs), when stimulated with recombinant rAaGroEL, expressed early activation marker CD69 and IL-2R (CD25). CD25 and CD69 expressions were higher in CD4+ T cells compared to CD8+ T cells. rAaGroEL-responding CD4+ T cells expressed IL-10, IFNγ and TNFα cytokines. Interestingly, there were also IL-10 and IFNγ double cytokine producing CD4+ T cells. Additionally, IFNγ expressing CD4+ T cells were also T-bet positive. Altogether the results suggest that rAaGroEL protein affects CD4+ T cells to differentiate into IFNγ IL10-secreting T-bet+ Th1 cells.