Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
14 results
Search Results
Article Citation - WoS: 28Citation - Scopus: 30Senescence-Induced Immune Remodeling Facilitates Metastatic Adrenal Cancer in a Sex-Dimorphic Manner(Springer, 2023) Warde, Kate M.; Smith, Lorenzo J.; Liu, Lihua; Stubben, Chris J.; Lohman, Brian K.; Willett, Parker W.; Ammer, Julia L.; Castaneda Hernandez, Guadalupe; Imodoye, Sikiru O.; Zhang, Chenge; Jones, Kara D.; Converso Baran, Kimber; Ekiz, H. AtakanThe mechanisms underlying the influence of aging on cancer are incompletely understood. Warde et al. establish a new model of age- and sex-dependent adrenal cancer. Their work uncovers a tumor-protective role for myeloid immune cells that is enhanced by androgens. Aging markedly increases cancer risk, yet our mechanistic understanding of how aging influences cancer initiation is limited. Here we demonstrate that the loss of ZNRF3, an inhibitor of Wnt signaling that is frequently mutated in adrenocortical carcinoma, leads to the induction of cellular senescence that remodels the tissue microenvironment and ultimately permits metastatic adrenal cancer in old animals. The effects are sexually dimorphic, with males exhibiting earlier senescence activation and a greater innate immune response, driven in part by androgens, resulting in high myeloid cell accumulation and lower incidence of malignancy. Conversely, females present a dampened immune response and increased susceptibility to metastatic cancer. Senescence-recruited myeloid cells become depleted as tumors progress, which is recapitulated in patients in whom a low myeloid signature is associated with worse outcomes. Our study uncovers a role for myeloid cells in restraining adrenal cancer with substantial prognostic value and provides a model for interrogating pleiotropic effects of cellular senescence in cancer.Research Project Ligand kütüphanelerinin yapımında kullanılacak yeni konukçu E. coli suşlarının geliştirilmesi(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2005) Yenidünya, Ali Fazıl; Elmacı, Zehra Seda; Arslanoğlu, AlperLigand kütüphanelerinin yapımındaki ilk adım, milyonlarca ligand varyantlarını kodlayan gen fragmanlarının, seçilmiş plazmid vektörlere total olarak klonlanmasıdır. Ligand proteinler, plazmid vektörde bulunan faj pill filament proteini ile füzyon halinde ifade edildiklerinden, konak bakteride oluşan yeni faj partiküllerinin yapısına girerler. Faj partiküllerini oluşturan proteinler de ligand DNA klonlarını içeren konak bakterinin yardımcı fajlarla (hepler-phage) süper-enfeksiyonu ile sağlanır. Ligand kütüphanelerinin zenginliği, içerdikleri farklı gen fragmanlarının sayısıyla (diversity) doğru orantılıdır. Faj displey yönteminin, henüz, kütüphane diversitesini negatif yönde etkileyebilecek bazı yönleri vardır. Bunlardan bir tanesi, süper-enfeksiyondan sonra oluşan fa partiküllerinin teorik olarak yarısının, spesifik ligand taşıdıkları halde, ligand genini taşıyan plazmidin yerine yardımcı faj genomunu paketlemiş olmalarından kaynaklanmaktadır. Bu fajlar, hem bir ligandı hemde onun genini taşıyan fajlarla seçim sırasında rekabet edemezler ve bir sonraki seçim sırasında kaybolurlar. Bu durum, herhangi bir kütüphanede en az sıklıkta temsil edilen fakat işlev bakımından büyük öneme sahip olabilecek ligandların, ardışık seçim aşamalarında kaybolmalarına neden olmaktadır. Diğer bir dezavantaj, süper-enfeksiyon sırasında veya sonrasında yardımcı faj tarafından enfekte olmuş bir bakterinin yeniden enfeksiyona uğramasıdır. Bu da; ligand taşımayan faj partiküllerinin sayıca artması nedeniyle, ligand DNA'sını taşıyan faj partiküllerinin popülasyondaki sıklığını azaltır. Faj displey yönteminde bu iki dezavantaj, faj süper-enfeksiyonundan kaynaklanmaktadır. Proje, süper-enfeksiyon sürecinin faj displey yönteminden eliminasyonunu öngörmüştür.Article Citation - WoS: 22Citation - Scopus: 23A Single-Amino Acid Substitution in the Adaptor Lat Accelerates Tcr Proofreading Kinetics and Alters T-Cell Selection, Maintenance and Function(Nature Portfolio, 2023) Lo, Wan-Lin; Ekiz, Hüseyin Atakan; Kuhlmann, Miriam; Rizzuto, Gabrielle; Ekiz, H. Atakan; Kolawole, Elizabeth M.; Revelo, Monica P.; Andargachew, RakiebMature T cells must discriminate between brief interactions with self-peptides and prolonged binding to agonists. The kinetic proofreading model posits that certain T-cell antigen receptor signaling nodes serve as molecular timers to facilitate such discrimination. However, the physiological significance of this regulatory mechanism and the pathological consequences of disrupting it are unknown. Here we report that accelerating the normally slow phosphorylation of the linker for activation of T cells (LAT) residue Y136 by introducing an adjacent Gly135Asp alteration (LAT(G135D)) disrupts ligand discrimination in vivo. The enhanced self-reactivity of LAT(G135D) T cells triggers excessive thymic negative selection and promotes T-cell anergy. During Listeria infection, LAT(G135D) T cells expand more than wild-type counterparts in response to very weak stimuli but display an imbalance between effector and memory responses. Moreover, despite their enhanced engagement of central and peripheral tolerance mechanisms, mice bearing LAT(G135D) show features associated with autoimmunity and immunopathology. Our data reveal the importance of kinetic proofreading in balancing tolerance and immunity. Lo and colleagues provide evidence for the TCR kinetic proofreading model by LAT Gly135Asp alteration to reveal functional consequences of altered kinetics in TCR activation in thymic selection and mature T-cell responses.Research Project Ms Homolog özelliğe dayalı veritabanı aramalarının kapsamının genişletilmesi(2012) Yılmaz, Şule; Allmer, JensProteomik, çalışılan proteinin işlevini, yerini, etkileşimi ve diğer özelliklerini inceleyen bir bilim dalıdır. Kütle spektrometresi (MS) bu alanda kullanılan bir analitik tekniktir. Bu teknik, birkaç saat içerisinde binlerce spektrumlar üretilmesine olanak sağlamaktadır. Bu alanda, temel olarak iki yaklaşım bulunmaktadır: veritabanı araması ve de novo dizileme. Veritabanı araması, bilinen bir protein dizisi söz konusu olduğunda spektrumlara tahmin atamaları yapılmasına fırsat vermektedir. Fakat tahminler, veritabanında dizinin doğru bir şekilde eklenmiş olmasına bağlıdır. Dizinin veritabanında yer almadığı durumlarda, de novo dizileme algoritmaları ile veritabanından herhangi bir yardım almadan incelenen protein hakkında sonuç elde edilebilmektedir. Fakat bu algoritmaların başarısı spektrumların kalitesine oldukça bağlıdır. Veritabanı aramalarında, hata-toleranslı tanımlamaya olanak veren bazı yöntemler bulunmaktadır. Peptit dizi etkiletleme (PDE) bu amaçla kullanılan bir tekniktir. PDE, arama alanını azaltmak amacı ile veritabanının filtrelemesinde de kullanılan kısa amino asit dizisidir. Fakat PDE’ler, öncül yon kütlesine bağlıdır ve bu yüzden öncül iyon kütlesindeki herhangi bir değişiklik PDE yaratılmasını engellemektedir. Ayrıca, veritabanında protein dizisi bulunmadığı durumlarda homoloji arama yapılması da yararlı olabilmektedir. Bu strateji, yakın türler üzerinde veritabanı aramasını olanak sağlamaktadır. Mevcut homoloji arama yöntemleri de novo dizileme algoritmalarına dayalı olarak çalışmaktadır. Fakat kullanılan de novo dizileme algoritmaları modellemede bazı matematiksel hataları içerebilmekte ve spektrumlara her zaman tahmin verememektedirler.Research Project Sistemik Mantar İlaçlarına Karşı Gelişen İlaç Dirençlilik Mekanizmalarının Belirlenmesi(2015) Koç, Ahmet; Ercan, İlkcan; Işık, Çiğdem[No Abstract Available]Conference Object Determination of Therapeutic Effects of Multifunctional Micelle-Based Nanocarriers on Breast Cancer Cells(Elsevier, 2021) Ulu, Gizem Tuğçe; Bayram, Nazende Nur; Abdulhadi, N.; Gurdap, S.; Isoglu, A.; Isoglu, S. D.; Baran, YusufBackground: Breast cancer is the most common and frequent cause of death in women in all types of cancer. Current treatment protocols do not provide a complete cure and targeting therapy can provide an important avenue for successful treatment of breast cancer. In this study, we aim to determine the therapeutic effects of the drug-conjugated carrier system with the conjugation of peptide sequence and antibody on HER2-positive breast cancer cells.Conference Object Changes in Gene Expression Profiles in Response To Apigenin in Imatinib Sensitive and Resistant Chronic Myeloid Leukemia Cells(FERRATA STORTI FOUNDATION, 2013) Baran, Yusuf; Gökbulut, Aysun; Cincin, Zeynep; Çakmakoğlu, Bedia; Kozanoğlu, İlknur[No abstract available]Conference Object Determination of Cytotoxic and Apoptotic Effects of Caffeic Acid Phenethyl Ester and Gossypol in Combination With Fludarabine at a Molecular Level in Acute Lymphoblastic Leukemia Cells(Ferrata Storti Foundation, 2013) Baran, Yusuf; İskender, G.; Pişkin, Özden; Özcan, Mehmet Ali[No abstract available]Conference Object Diagnostic and Therapeutic Potentials of Expression Levels of Bioactive Sphingolipid Genes in Newly Diagnosed and Drug-Resistant Chronic Myeloid Leukemia Patients(Ferrata Storti Foundation, 2013) Baran, Yusuf; Yandım, Melis; Kozanoğlu, İlknur; Özdoğu, Hakan; Pişkin, Özden; Özcan, Mehmet Ali[No abstract available]Conference Object Immunologically Detection of Bcr/Abl Fusion Protein With Flow Cytometry in K562 Chronic Myeloid Leukemia Cells and Comparison With Rt-Pcr Results(Ferrata Storti Foundation, 2013) Kozanoğlu, İlknur; Aygün, B.; Boğa, I.; Cansun, C.; Üstündağ, N.; Baran, Yusuf; Özdoğu, Hakan[No abstract available]