Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
2 results
Search Results
Research Project Mayada bor dirençliği sağlayan genlerin bitki homologlarının fonksiyonel analizi(2011) Karakaya, Hüseyin Çağlar; Arslanoğlu, Alper; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBor canlılar için gerekli olan bir mineraldir ve biyolojik sistemlere sıvı ortamdan borik asit şeklinde alınır. Bor eksikliği veya fazlalığı hem bitkiler ve hemde hayvanlarda gelişme bozukluğuna sebeb verir. Yapılan araştırmalar borun bitkilerde hücre duvarı yapısına katıldığı, pollen tüpünün oluşmasında rol oynadığını, hayvanlarda ise hormonal regulasyon, üreme ve bazı minerallerin barsaklardan emiliminde rol oynadığını göstermiştir. Türkiye dünyadaki bor reservlerinin % 60 ına sahip bir ülke konumundadır. Ülke genelinde 3 milyon hektar tarım arazisinde bor fazlalığı görülmektedir. Orta Anadoludaki toprakların %18 bitkiler için toksik seviyede bor içermektedir. Bu gerçek ülkemizde tahıl ürünlerinin yetişmesinde verim kaybına sebep olmaktadır. Mayada (Saccharomyces cereviseae) yaptığımız ön çalışmalarda, bor transferinden ve borun hücre dışına atılmasından sorumlu bazı genler bulunmuştur. Bu projede, mayada bulduğumuz ATR1 geninin bitkilerdeki homologları araştırılmış ve bir genin (2At116) mayada bor toleransı sağladığı bulunmuştur. Bu gen, Arabidopsis thaliana bitkisinde aşırı ifadelendirildiğinde ise genin baskılanmasından dolayı bitkiyi bora dirençli hale getirmemiştir. Aynı zamanda, ATR1 genide Arabidopsis‘de aşırı ifadelendirilmiş ve 6mM bora dayanıklı bitkiler elde etmemizi sağlamıştır. ATR1 geninin daha güçlü promotırlar kullanılarak daha yüksek seviyedeki bor toleransı sağlayan bitkiler elde edilmesi mümkün olabilir.Article Citation - WoS: 19Citation - Scopus: 29One Step Forward, Two Steps Back; Xeno-Micrornas Reported in Breast Milk Are Artifacts(Public Library of Science, 2016) Bağcı, Caner; Allmer, Jens; Allmer, Jens; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBackground: MicroRNAs (miRNAs) are short RNA sequences that guide post-transcriptional regulation of gene expression via complementarity to their target mRNAs. Discovered only recently, miRNAs have drawn a lot of attention. Multiple protein complexes interact to first cleave a hairpin from nascent RNA, export it into the cytosol, trim its loop, and incorporate it into the RISC complex which is important for binding its target mRNA. This process works within one cell, but circulating miRNAs have been described suggesting a role in cell-cell communication. Motivation: Viruses and intracellular parasites like Toxoplasma gondii use miRNAs to manipulate host gene expression from within the cellular environment. However, recent research has claimed that a rice miRNA may regulate human gene expression. Despite ongoing debates about these findings and general reluctance to accept them, a recent report claimed that foodborne plant miRNAs pass through the digestive tract, travel through blood to be incorporated by alveolar cells excreting milk. The miRNAs are then said to have some immunerelated function in the newborn. Principal Findings: We acquired the data that supports their claim and performed further analyses. In addition to the reported miRNAs, we were able to detect almost complete mRNAs and found that the foreign RNA expression profiles among samples are exceedingly similar. Inspecting the source of the data helped understand how RNAs could contaminate the samples. Conclusion: Viewing these findings in context with the difficulties foreign RNAs face on their route into breast milk and the fact that many identified foodborne miRNAs are not from actual food sources, we can conclude beyond reasonable doubt that the original claims and evidence presented may be due to artifacts. We report that the study claiming their existence is more likely to have detected RNA contamination than miRNAs.