Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
17 results
Search Results
Research Project Ligand kütüphanelerinin yapımında kullanılacak yeni konukçu E. coli suşlarının geliştirilmesi(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2005) Yenidünya, Ali Fazıl; Elmacı, Zehra Seda; Arslanoğlu, AlperLigand kütüphanelerinin yapımındaki ilk adım, milyonlarca ligand varyantlarını kodlayan gen fragmanlarının, seçilmiş plazmid vektörlere total olarak klonlanmasıdır. Ligand proteinler, plazmid vektörde bulunan faj pill filament proteini ile füzyon halinde ifade edildiklerinden, konak bakteride oluşan yeni faj partiküllerinin yapısına girerler. Faj partiküllerini oluşturan proteinler de ligand DNA klonlarını içeren konak bakterinin yardımcı fajlarla (hepler-phage) süper-enfeksiyonu ile sağlanır. Ligand kütüphanelerinin zenginliği, içerdikleri farklı gen fragmanlarının sayısıyla (diversity) doğru orantılıdır. Faj displey yönteminin, henüz, kütüphane diversitesini negatif yönde etkileyebilecek bazı yönleri vardır. Bunlardan bir tanesi, süper-enfeksiyondan sonra oluşan fa partiküllerinin teorik olarak yarısının, spesifik ligand taşıdıkları halde, ligand genini taşıyan plazmidin yerine yardımcı faj genomunu paketlemiş olmalarından kaynaklanmaktadır. Bu fajlar, hem bir ligandı hemde onun genini taşıyan fajlarla seçim sırasında rekabet edemezler ve bir sonraki seçim sırasında kaybolurlar. Bu durum, herhangi bir kütüphanede en az sıklıkta temsil edilen fakat işlev bakımından büyük öneme sahip olabilecek ligandların, ardışık seçim aşamalarında kaybolmalarına neden olmaktadır. Diğer bir dezavantaj, süper-enfeksiyon sırasında veya sonrasında yardımcı faj tarafından enfekte olmuş bir bakterinin yeniden enfeksiyona uğramasıdır. Bu da; ligand taşımayan faj partiküllerinin sayıca artması nedeniyle, ligand DNA'sını taşıyan faj partiküllerinin popülasyondaki sıklığını azaltır. Faj displey yönteminde bu iki dezavantaj, faj süper-enfeksiyonundan kaynaklanmaktadır. Proje, süper-enfeksiyon sürecinin faj displey yönteminden eliminasyonunu öngörmüştür.Research Project Ms Homolog özelliğe dayalı veritabanı aramalarının kapsamının genişletilmesi(2012) Yılmaz, Şule; Allmer, JensProteomik, çalışılan proteinin işlevini, yerini, etkileşimi ve diğer özelliklerini inceleyen bir bilim dalıdır. Kütle spektrometresi (MS) bu alanda kullanılan bir analitik tekniktir. Bu teknik, birkaç saat içerisinde binlerce spektrumlar üretilmesine olanak sağlamaktadır. Bu alanda, temel olarak iki yaklaşım bulunmaktadır: veritabanı araması ve de novo dizileme. Veritabanı araması, bilinen bir protein dizisi söz konusu olduğunda spektrumlara tahmin atamaları yapılmasına fırsat vermektedir. Fakat tahminler, veritabanında dizinin doğru bir şekilde eklenmiş olmasına bağlıdır. Dizinin veritabanında yer almadığı durumlarda, de novo dizileme algoritmaları ile veritabanından herhangi bir yardım almadan incelenen protein hakkında sonuç elde edilebilmektedir. Fakat bu algoritmaların başarısı spektrumların kalitesine oldukça bağlıdır. Veritabanı aramalarında, hata-toleranslı tanımlamaya olanak veren bazı yöntemler bulunmaktadır. Peptit dizi etkiletleme (PDE) bu amaçla kullanılan bir tekniktir. PDE, arama alanını azaltmak amacı ile veritabanının filtrelemesinde de kullanılan kısa amino asit dizisidir. Fakat PDE’ler, öncül yon kütlesine bağlıdır ve bu yüzden öncül iyon kütlesindeki herhangi bir değişiklik PDE yaratılmasını engellemektedir. Ayrıca, veritabanında protein dizisi bulunmadığı durumlarda homoloji arama yapılması da yararlı olabilmektedir. Bu strateji, yakın türler üzerinde veritabanı aramasını olanak sağlamaktadır. Mevcut homoloji arama yöntemleri de novo dizileme algoritmalarına dayalı olarak çalışmaktadır. Fakat kullanılan de novo dizileme algoritmaları modellemede bazı matematiksel hataları içerebilmekte ve spektrumlara her zaman tahmin verememektedirler.Research Project Sistemik Mantar İlaçlarına Karşı Gelişen İlaç Dirençlilik Mekanizmalarının Belirlenmesi(2015) Koç, Ahmet; Ercan, İlkcan; Işık, Çiğdem[No Abstract Available]Conference Object Changes in Gene Expression Profiles in Response To Apigenin in Imatinib Sensitive and Resistant Chronic Myeloid Leukemia Cells(FERRATA STORTI FOUNDATION, 2013) Baran, Yusuf; Gökbulut, Aysun; Cincin, Zeynep; Çakmakoğlu, Bedia; Kozanoğlu, İlknur[No abstract available]Conference Object Determination of Cytotoxic and Apoptotic Effects of Caffeic Acid Phenethyl Ester and Gossypol in Combination With Fludarabine at a Molecular Level in Acute Lymphoblastic Leukemia Cells(Ferrata Storti Foundation, 2013) Baran, Yusuf; İskender, G.; Pişkin, Özden; Özcan, Mehmet Ali[No abstract available]Conference Object Diagnostic and Therapeutic Potentials of Expression Levels of Bioactive Sphingolipid Genes in Newly Diagnosed and Drug-Resistant Chronic Myeloid Leukemia Patients(Ferrata Storti Foundation, 2013) Baran, Yusuf; Yandım, Melis; Kozanoğlu, İlknur; Özdoğu, Hakan; Pişkin, Özden; Özcan, Mehmet Ali[No abstract available]Conference Object Immunologically Detection of Bcr/Abl Fusion Protein With Flow Cytometry in K562 Chronic Myeloid Leukemia Cells and Comparison With Rt-Pcr Results(Ferrata Storti Foundation, 2013) Kozanoğlu, İlknur; Aygün, B.; Boğa, I.; Cansun, C.; Üstündağ, N.; Baran, Yusuf; Özdoğu, Hakan[No abstract available]Conference Object Jak/Stat Signalling Pathway Genes in the Regulation of Tyrosine Kinase Inhibitors Induced and Clinical Process in Chronic Myeloid Leukemia Patients(Elsevier, 2014) Kiraz, Yağmur; Kartal Yandım, Melis; Kozanoğlu, İlknur; Özdoğu, Hakan; Pişkin, I.; Özcan, Mehmet Ali; Saydam, Göksel; Şahin, Fahri; Avcu, Ferit; Ural, Ali Uğur; Ünal, Ali; Baran, Yusuf[No abstract available]Conference Object Cell Adhesion on Nanometer Scale Protein Patterns With Micrometer Scale Spacings(American Society for Cell Biology, 2012) Vurmaz, Deniz; Oyman, Gizem; Okvur, Devrim Pesen[No abstract available]Conference Object Antiproliferative and Apoptotic Effects of Resveratrol on Chronic Lymphocytic Leukemia Cells(Ferrata Storti Foundation, 2012) Baran, Yusuf; Gökbulut, Aysun; Özcan, Mehmet Ali; Pişkin, Özden; Ünlü, Miray[No abstract available]