Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
3 results
Search Results
Research Project IRF6'nın notch yolağının hücre bölünmesini engelleyici yada uyarıcı etkilerindeki belirleyici rolünün araştırılması(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Yalçın Özuysal, Özden; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyNotch, meme kanseri ve gelişiminde rol oynayan bir sinyal yolağıdır. Notch aktivasyonu, normal meme epitel hücrelerinde hücre bölünmesi ve transformasyonunu, meme gelişimi sırasında ise Np63’ü baskılayarak luminal hücre karakterini tetikler. Notch yolağının bu işlevleri için aracı olarak kullandığı moleküller tam olarak bilinmemektedir. Keratinositlerde, Notch tarfından kontrol edilen IRF6, Notch’un tümör baskılayıcı ve farklılaşmayı tetikleyici özellikleri için kullandığı aracı moleküllerden biridir. IRF (Interferon Regulatory Factors) ailesine mensup IRF6, Np63 ile beraber orofasiyal ve epidermal gelişimde rol oynamaktadır. Meme epitel hücrelerine aktarıldığında hücre sayılarının azalmasına sebep olan IRF6’nın memede hücre bölünmesinin negatif bir regülatörü olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada, meme epitel hücrelerinde, Notch yolağının IRF6 ifadesi üzerindeki etkileri ve IRF6’nın Notch işlevleri için aracı olup olmadığı incelenmiştir. Normal meme epitel hücresi MCF10A’da Notch aktivasyonu IRF6 ifadesini artırırken, meme kanseri hücre hattı MDA MB 231’de Notch inhibisyonu IRF6 ifadesini azaltmıştır. Notch aktivasyonu yapılan MCF10A hücrelerinde, IRF6 susturulduğunda Notch’a bağlı hücre bölünmesi ve transformasyonu azalmıştır. IRF6’nın susturulması Notch’a bağlı Np63 baskılanmasını etkilememiş ancak Notch’tan bağımsız olarak Np63 ifadesini azaltmıştır. Bunlara ek olarak, bazal karakterli MCF10A hücrelerinde IRF6’nın susturulması ve de luminal karakterli MCF7 hücrelerinde IRF6’nın ifade ettirilmesi, bazal ve luminal belirteçlerin ifadesinde değişikliğe yol açmıştır. Bu çalışma sonucunda, meme epitel hücrelerinde IRF6’nın Notch tarafından kontrol edildiği ve Notch’un hücre bölünmesini ve transformasyonu tetikleyici işlevlerinde aracı olarak çalıştığı gösterilmiştir. Ayrıca, Notch yolağı ile parallel olarak, IRF6’nın meme epitel hücrelerinin karakterinin belirlenmesinde önemli olabileceği gösterilmiştir. Notch-IRF6 arasındaki bu ilişkinin in vivo meme gelişimi ve tümör oluşumunda da önemli olup olmadığı bir sonraki aşamada cevaplanması gereken bir soru olarak karşımıza çıkmaktadır.Research Project Nanometre ölçeğinde yapışma: ğöğüs kanseri hücreleri ve normal epitel hücreler(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Pesen Okvur, Devrim; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyHücrelerarası maddeye hücre yapışması hem sağlık hem de hastalık durumları için önemli bir süreçtir. Topografik olarak düz ve başka kimyasal, topografik ya da sertlik ile ilgili işlevsellik getirmeyen ve daha önemlisi canlıdaki hücrelerarası madde düzenlenmesini taklitleyen yüzey protein desenleri arzu edilmektedir. Daha önceki çalışmalar göstermiştir ki vinkülin ve hücre iskeletinin düzenlemesi yüzey nanodesenlerinin büyüklüğü ve şekli ile değişmektedir. Fakat, protein nanodesenlerinin mikrometre ölçeğindeki aralıklarına bağlı olarak normal ve kanserli hücrelerin morfolojileri ve odaksal yapışmalarının karşılaştırmalı sayısal analizi eksiktir. Burada, elektron demeti litografisi kullanılarak silikondan farklı olarak şeffaf ve böylece birçok mikroskop tekniğine uygun olan indiyum kalay oksit (İTO) üzerinde K-kazein arka planında (tek aktif) ve laminin arka planında (çift aktif) mikrometre ölçeğinde aralıklarla fibronektin (FN) nanonoktaları desenlenmiştir. Yazım zamanları mikrometre ölçeğinde adım büyüklükleri ile çizgi yazım modu kullanılarak önemli ölçüde kısaltılmıştır. FN nanonoktalarının mikrometre ölçeğinde 2, 4, 8 mikron ve değişken aralıkları hem meme kanseri hücreleri hem de normal meme epitel hücrelerinde hücre yapışmasını hücre alanı, hücre simetrisi, aktin düzenlenmesi, odaksal yapışma sayısı, alanı ve daireselliği ile hem durgun hem de akış koşullarında değiştirmiştir. Toplamda hücre davranışının görünen eşik değeri olarak 4 mikron aralıkta değiştiği gösterilmiştir. Sonuçlar gösterdi ki hücre yapışması bağlamında meme kanseri hücreleri ile normal meme epitel hücreleri arasında, özellikle çift aktif bileşenli yüzeylerde belirgin farklar bulunmaktadır: Meme kanseri hücreleri normal meme epitel hücrelerinden daha dinamik ve esnek bir yapışma profili sergilemişlerdir. Bu çalışmanın yeniliği ve özgünlüğü aşağıdaki noktalar ile elde edilmiştir: - İTO yüzeyler üzerinde ilk elektron demeti litografisi ve sadece protein bazlı desenlemenin gerçekleştirilmesi. - Meme kanseri hücreleri ve normal meme epitel hücrelerinin nanometre ölçeğindeki protein desenleri üzerinde yapışmalarının ilk karşılaştırmalı ve sayısal analizi. - Laminin arkaplanı üzerinde FN nanonoktaları şeklinde çift aktif yüzey desenleri üzerinde ilk hücre yapışması çalışması. - Gradyan aralıklı nanometre ölçeğinde protein desenleri üzerinde ilk hücre yapışması çalışması. - Nanometre ölçeğinde protein desenleri üzerinde durgun ve akış koşullarında hücre yapışmasının ilk karşılaştırmalı çalışması.Research Project Connexin 32’nin Farklı Metastatik Özellikleri Olan Meme Kanseri Hücrelerinde Oynadığı Rollerin Araştırılması(2018) Özçivici, Gülistan Meşe; Özuysal, Özden Yalçın; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyMeme kanseri kadınlarda kansere bağlı ölümlerde ilk sıradadır ve bunlarin büyük bir kısmı metastazdan kaynaklanmaktadır. Bu nedenle metastazın moleküler mekanizmalarının araştırılması önemlidir. Meme kanserinde connexin (Cx)'ler de rol oynamaktadır. Bunlar, komşu hücreler arasında oluklu bağlantılarla küçük moleküllerin geçişini sağlayarak ve/veya yarım kanallarla hücre dışına moleküller salgılayarak dokuların homeostazisini sağlarlar. İnsan meme dokusunda Cx26 ve Cx43 genleri hücrelerin çoğalma ve farklılaşma mekanizmalarında ve memede tümör oluşumunda rol oynamaktadır. Meme primer tümörlerinde, connexinlerin miktarları azalarak veya proteinlerin lokalizasyonları değişerek hücreler arasındaki iletişimin ortadan kalkması nedeniyle bunların tümör baskılayıcı olduklarını göstermektedir. Buna karşılık, invaziv meme kanserinde Cx26 ve Cx43'nin ifadesinin olduğu ve hücre sitoplazmasında biriktikleri gözlenmiştir. Bu, connexinlerin kanserin farklı evrelerinde görevlerinin değişebildiğine işaret etmektedir. İnsan meme kanseri dokularında, normal meme dokusunda ifade edilmeyen Cx32'nin lenf tutunumlu meme kanseri hastalarında sentezlendiği ve hücre zarı yerine sitoplazmada biriktiği gösterilmiştir. Fakat, Cx32'nin meme kanserde hangi rolleri oynadığı bilinmemektedir. Projede meme kanserlerinin ileri safhalarında sentezlenen ve hücre sitoplazmasında bulunan Cx32'nin farklı metastatik özellikler gösteren meme kanseri hücrelerinin yaşam ve çoğalmalarına yaptığı etkiler ile Cx32'nin hücrelerin migrasyon/invazyonuna etkileri araştırılmıştır. Çalışmada Cx32'nin normal meme hücresi MCF10A'de ve farklı metastatik özellikteki meme kanseri hücreleri MCF7, MDA-MB-231 ve Hs578T'de sadece MCF10A'lerde gap junction plakaları oluşturdukları ve diğerlerinde sitoplazmada oldukları gözlenmiştir. Cx32'nin MCF10A ve Hs578T'nin canlılıklarını azaltmış ama MCF7 ve MDA-MB-231'nin canlılıklarını etkilememiştir. Cx32 MCF10A ve MCF7'nin hücre döngüsünü değiştirmemiş, MDA-MB-231'de G1'deki hücre oranını azaltmış ve G2'deki hücre oranını artırmıştır. Hs578T hücrelerinde G1'deki hücre oranını azaltmış ve S'teki hücre oranını artırmıştır. Cx32 MCF10A'nın migrasyonunu artırma eğilimi göstermiş fakat MCF7 ve Hs578T'nin migrasyonunu azaltmıştır. Son olarak Cx32 MDA-MB-231'in migrasyonunu etkilememesine rağmen epitel belirteçlerden E-cadherinin protein ve mRNA seviyesini azaltmış ve mezenkimal belirteçlerden vimentin, slug ve Zeb2'nin mRNA miktarını artırmıştır. Sonuç olarak Cx32'nin hücrenin tipine, durumuna ve karakteristiğine bağlı olarak hücrelerin fizyolojisini ve özelliklerini farklı şekillerde etkilediği gözlenmiştir.