Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
5 results
Search Results
Research Project Ligand kütüphanelerinin yapımında kullanılacak yeni konukçu E. coli suşlarının geliştirilmesi(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2005) Yenidünya, Ali Fazıl; Elmacı, Zehra Seda; Arslanoğlu, AlperLigand kütüphanelerinin yapımındaki ilk adım, milyonlarca ligand varyantlarını kodlayan gen fragmanlarının, seçilmiş plazmid vektörlere total olarak klonlanmasıdır. Ligand proteinler, plazmid vektörde bulunan faj pill filament proteini ile füzyon halinde ifade edildiklerinden, konak bakteride oluşan yeni faj partiküllerinin yapısına girerler. Faj partiküllerini oluşturan proteinler de ligand DNA klonlarını içeren konak bakterinin yardımcı fajlarla (hepler-phage) süper-enfeksiyonu ile sağlanır. Ligand kütüphanelerinin zenginliği, içerdikleri farklı gen fragmanlarının sayısıyla (diversity) doğru orantılıdır. Faj displey yönteminin, henüz, kütüphane diversitesini negatif yönde etkileyebilecek bazı yönleri vardır. Bunlardan bir tanesi, süper-enfeksiyondan sonra oluşan fa partiküllerinin teorik olarak yarısının, spesifik ligand taşıdıkları halde, ligand genini taşıyan plazmidin yerine yardımcı faj genomunu paketlemiş olmalarından kaynaklanmaktadır. Bu fajlar, hem bir ligandı hemde onun genini taşıyan fajlarla seçim sırasında rekabet edemezler ve bir sonraki seçim sırasında kaybolurlar. Bu durum, herhangi bir kütüphanede en az sıklıkta temsil edilen fakat işlev bakımından büyük öneme sahip olabilecek ligandların, ardışık seçim aşamalarında kaybolmalarına neden olmaktadır. Diğer bir dezavantaj, süper-enfeksiyon sırasında veya sonrasında yardımcı faj tarafından enfekte olmuş bir bakterinin yeniden enfeksiyona uğramasıdır. Bu da; ligand taşımayan faj partiküllerinin sayıca artması nedeniyle, ligand DNA'sını taşıyan faj partiküllerinin popülasyondaki sıklığını azaltır. Faj displey yönteminde bu iki dezavantaj, faj süper-enfeksiyonundan kaynaklanmaktadır. Proje, süper-enfeksiyon sürecinin faj displey yönteminden eliminasyonunu öngörmüştür.Research Project HIV regülatör genlerini eksprese eden hücrelerin seçici olarak öldürülmesi(2007) Arslanoğlu, Alper; Yeğin, Zeynep[No Abstract Available]Research Project Mayada bor dirençliği sağlayan genlerin bitki homologlarının fonksiyonel analizi(2011) Karakaya, Hüseyin Çağlar; Arslanoğlu, AlperBor canlılar için gerekli olan bir mineraldir ve biyolojik sistemlere sıvı ortamdan borik asit şeklinde alınır. Bor eksikliği veya fazlalığı hem bitkiler ve hemde hayvanlarda gelişme bozukluğuna sebeb verir. Yapılan araştırmalar borun bitkilerde hücre duvarı yapısına katıldığı, pollen tüpünün oluşmasında rol oynadığını, hayvanlarda ise hormonal regulasyon, üreme ve bazı minerallerin barsaklardan emiliminde rol oynadığını göstermiştir. Türkiye dünyadaki bor reservlerinin % 60 ına sahip bir ülke konumundadır. Ülke genelinde 3 milyon hektar tarım arazisinde bor fazlalığı görülmektedir. Orta Anadoludaki toprakların %18 bitkiler için toksik seviyede bor içermektedir. Bu gerçek ülkemizde tahıl ürünlerinin yetişmesinde verim kaybına sebep olmaktadır. Mayada (Saccharomyces cereviseae) yaptığımız ön çalışmalarda, bor transferinden ve borun hücre dışına atılmasından sorumlu bazı genler bulunmuştur. Bu projede, mayada bulduğumuz ATR1 geninin bitkilerdeki homologları araştırılmış ve bir genin (2At116) mayada bor toleransı sağladığı bulunmuştur. Bu gen, Arabidopsis thaliana bitkisinde aşırı ifadelendirildiğinde ise genin baskılanmasından dolayı bitkiyi bora dirençli hale getirmemiştir. Aynı zamanda, ATR1 genide Arabidopsis‘de aşırı ifadelendirilmiş ve 6mM bora dayanıklı bitkiler elde etmemizi sağlamıştır. ATR1 geninin daha güçlü promotırlar kullanılarak daha yüksek seviyedeki bor toleransı sağlayan bitkiler elde edilmesi mümkün olabilir.Research Project Proton Kopartılmış Peptit Türevlerinin Gaz Fazı Reaksiyon Mekanizmalarının Kütle Spektrometre ile İncelenmesi(2014) Yalçın, Talat; Arslanoğlu, AlperProteinler canlı organizmalardaki yaşamsal faliyetleri etkileyen ve düzenleyen en önemli yapı taşlarındandır. Hastalıklarda, kalp krizinde, stres altında v.b., hücrelereki protein seviyelerinde ve çeşitliliğinde değişmeler gözlenebilmektedir. Bu tür proteinlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için protein sekanslarının doğru tanımlanması çok önemlidir. Özellikle hücre içi sinyal iletimi fosforlanmış proteinler vasıtasıyla yapılmaktadır ve fosforlanmış proteinlerdeki fosfor grubunun hangi pozisyondaki (serin, S, tirozin , Y, veya tironin, T) amino asite bağlandığını belirleme ve sekansın doğru yapılması, proteinin fonksiyonunu anlamak açısından önemli gerekliliktir. Günümüzde proteinlerin enzimlerle kesilmesi ile elde edilen peptitlerden elde edilen gaz fazı Kütle Spektrometre sinyalleri (pozitif ve/veya negatif iyonlar) yardımı ile peptitlerin sekanslarını ve dolayısıyla proteinlerin amino asit dizilimleri tanımlanmaya çalışılmaktadır ve doğru tanımlayabilmek açısından gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok detaylı çalışılması, yeni informatik bilgiler elde etme açısından önemlidir. Bu çalışmada, proton kopartılmış peptit türevlerinin gaz fazı reaksiyon mekanizmaları kütle spektrometre yardımı ile çalışılmıştır. Çalışmalar sırasında XAAAAAA-OH, AXAAAAA-OH, AAXAAAA-OH, AAAAXAA-OH, AAAAAXA-OH, AAAAAAX-OH, XAAAAAA-NH2, AXAAAAANH2, AAXAAAA-NH2, AAAAXAA-NH2, AAAAAXA-NH2, AAAAAAX-NH2 ve XYAGFLV-OH, YXAGFLV-OH, YAXGFLV-OH, YAGXFLV-OH, YAGFXLV-OH, YAGFLXV-OH ve YAGFLVXOH (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit serileri, sekanslarında tekli asidik amino asit içeren peptitlerle, sistematik çalışmalar yapılmıştır. Amino asidin pozisyona bağlı gaz fazı parçalanma mekanizması ve ayrıca komşu amino asitlerin yan zincirlerinin gaz fazı parçalanmasına etkileride incelenmiştir. Ayrıca, sekanslarında birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevleriylede sistematik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar içinde, XXYAGFLV-OH, YXXAGFLV-OH, YAXXGFLVOH, YAGXXFLV-OH, YAGFXXLV-OH, YAGFLXXV-OH, YAGFLVXX-OH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) VE XXXYAGFLV-OH, YXXXAGFLV-OH, YAXXXGFLV-OH, YAGXXXFLV-OH, YAGFXXXLV-OH, YAGFLXXXV-OH, YAGFLVXXXOH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit türevleri kullanılmıştır. Burada da birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevlerinin pozisyon etkisi ve komşu aminoasitlerin yan zincilerinin gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylandırılmıştır. Bunlara ek olarak, YAGFLVEEEE-OH ve YAGFLVEEEEE-OH peptit türevleriyle çalışılmalar yapılmıştır ve etkileri detaylandırılmıştır. Ayrıca sekanslarında serine, S, tirozine, Y, treonin, T, bulunduran peptit türevleri ilede fosforlanmış peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmaları çalışılmıştır. Bu çalışma için, AEKEpYTVD-OH, IETDKEpYT-OH, SKDESIpYV-OH, DMTpSGLPL-OH, KELLPLpSA-OH, YDMTTpSLP-OH, ve YDMpTGLPLOH fosforlanmış peptit türevleri kullanılmıştır.Research Project Afrika yeşil maymunu CV-1 hücre hatlarında, HIV-1 tat proteini varlığında üretilen SLPI proteininin insan hücre hatlarındaki üretiminin incelenmesi ve HIV-1 LTR promotoruna etkisinin araştırılması(2017) Arslanoğlu, Alper; Koç, Ahmet; Karakaya, Hüseyin ÇağlarProjemiz, HIV-1 enfeksiyonuna dirençli oldukları bilinen Afrika Yeşil Maymunu hücrelerinde daha önce varlığı tespit edilmemiş HIV-1 engelleyici protein veya proteinlerin varlığını araştırmayı amaçlamıştır. Söz konusu proteinlerin hücre içi bağışıklık mekanizmaları tarafından virüs varlığının algılanmasından sonra üretilmesi ihtimali göz önüne alındığında, HIV-1 ile enfekte olan hücrelerde ilk üretilen iki viral proteinden birisi olan Tat proteininin varlığı virüs enfeksiyonunun belirteci olabileceği düşünülmüştür. Bu bağlamda, iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi ve kütle spektrometrisi kullanılarak yapılan proteomik ön çalışmalarımız, ardından da proje kapsamında yaptığımız Western blot ve gerçek zamanlı PZR çalışmaları neticesinde, maymun hücrelerinde SLPI proteininin HIV-1 Tat varlığında arttığı, ancak insan hücrelerinde herhangi bir değişiklik olmadığı gözlenmiştir. SLPI proteininin, Reporter gen kullanımıyla yapılan trankripsiyon transaktivasyon analizleri neticesinde HIV-1 promotoru üzerine baskılayıcı etkisi olduğu anlaşılmış, enfeksiyon deneylerinde de HIV-1 üretimini belirgin olarak azalttığı gösterilmiştir.