Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
3 results
Search Results
Research Project Biyolojik-kimyasal reaksiyonların benzetimi için Monte Carlo teknikleri(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2012) Altınkaya, Mustafa Aziz; İnal, Fikret; Baran, YusufKimyasal reaksiyonların stokastik modellemesi, reaksiyondaki molekül sayılarının az olduğu durumda, her bir molekülün ne zaman reaksiyona gireceğinin tam olarak belirlenememesi nedeniyle yalnızca makroskopik ölçekte doğru olan gerekirci yönteme göre daha başarılıdır. Gillespie’nin geliştirdiği stokastik benzetim algoritması (SBA) Monte Carlo teknikleriyle sistemdeki bir sonraki reaksiyonun hangi reaksiyon olacağını ve ne zaman gerçekleşeceğini belirlemektedir. Ancak SBA’nın molekül sayıları arttıkça işlem yoğunluğu çok artmaktadır. Bu durumda, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu koruması koşulunu bozmayacak miktarda çok kez ateşleyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktarını tau peryodu ile güncelleyen tau-atlama algoritması işlem yoğunluğunu önemli ölçüde azaltmaktadır. Her bir reaksiyon kanalının tau aralığında ateşlenme adedini belirleyen Poisson değişken, reaksiyona girme eğilimi ile tau'nun çarpımı çok büyüdüğünde Gauss gibi davranmaya başlar. Bu durumda reaksiyondaki konsantrasyonları belirleyen stokastik türev denklemi Kimyasal Langevin Denklemi’ne (KLD) karşılık gelir. KLD’deki Gauss sürecin yerine Levy (alfa) - kararlı daha dürtün bir sürecin konması, KLD’nin tanımladığı Brown hareketini Levy uçuşuna dönüştürür. Kimyasal Langevin-Levy Denklemi (KLLD) olarak tanımlanan bu denklem az sayıdaki molekülün bulunduğu biyokimyasal reaksiyonları daha iyi modelleyebilir. Maltozdan glukoz elde edilen bir Michaelis-Menten sistemi ve daha çok reaksiyon içeren laktuloz hidrolizi sırasındaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonlarında KLLD’nin SBA ve KLD’ye kıyasla daha fazla gerekirci eğriden sapmaya neden olduğu ancak aynı ortalama davranışın takip edildiği görülmektedir. Bu çalışma biyokimyasal reaksiyon benzetininde KLLD’ye dayalı tau-atlamanın kullanılabileceğini göstermiştir.Research Project Hormona dirençli prostat kanseri hücrelerinde dosetaksel ve seramidin induklediği apoptozisde seramid genlerinin ve ürünlerinin eksprersyon düzeylerinin araştırılması(2011) Baran, YusufBu araştırmada, androjenden bağımsız prostat kanser hücrelerinin durdurulması yönünde önemli rol oynayan LASS geni ve glukosilseramid sentaz (GSS), sfingozin kinaz-1 (SK-1) genlerinin ekspresyon düzeyleri tespit edilerek, seramid/sfingozin-1-fosfat ve seramid/glukozilseramid'in muhtemel rolleri incelendi. Dosetaksel, C8:seramid, GSS ve SK-1 inhibitörünün sitotoksik etkileri XTT hücre proliferasyon tekniği kullanılarak araştırıldı. Mitokondri zar potensiyeli (MZP) ve kaspaz-3 enzim aktivitesindeki değişiklikler kaspaz-3 ve JC-1 MMP kiti kullanılarak ölçüldü. Seramid metabolize eden genlerin ekspresyon düzeyleri RT-PCR kullanılarak incelendi. Bulunan sonuçların birbirini doğruladığı üzere, DU-145 ve PC-3 prostat kanser hücrelerinde, C8:seramid ve GSS, SK-1 inhibitörleri ile dosetaksel kombinasyonlarının, sitotoksik ve kaspaz-3 enzim aktivitesini arttırarak ve mitokondri zar potansiyelini bozarak önemli ölçüde sinerjistik etki ortaya çıkardıkları tespit edilmiştir. Bulunan sonuçlar, izobalogram analizleri ile de doğrulanmıştır. Daha da önemlisi, RT-PCR sonuçları dosetaksel ile muamele edilen hücrelerde, GSS ve SK-1 genlerinin ekspresyonlarında azalma ve LASS genlerinin ekspresyonlarında ise artış olduğunu göstermiştir. Elde edilen bu veriler, androjenden bağımsız prostat kanser hücrelerinde dosetakselin indüklediği apoptozda, seramid metabolize eden genlerin ve gen ürünlerinin önemli rolleri olduğunu anlamamıza yardım etmiştir.Article Citation - WoS: 42Citation - Scopus: 48The Roles of Bioactive Sphingolipids in Resveratrol-Induced Apoptosis in Hl60 Acute Myeloid Leukemia Cells(Springer Verlag, 2011) Çakır, Zeynep; Saydam, Güray; Şahin, Fahri; Baran, YusufPurpose Acute promyelocytic leukemia results from a translocation between 15 and 17 chromosomes that produce PML/RARa fusion protein. PML/RARa inhibits differentiation of myeloid precursor cells at stem cell level. Resveratrol is a phytoalexin that exerts cytotoxic effects on cancer cells. Ceramides have crucial roles in cell growth, proliferation, differentiation, drug resistance, and apoptosis. In this study, we examined the possible cytotoxic effects of resveratrol on acute myeloid leukemia cells and determined the roles of ceramide-metabolizing genes in resveratrol-induced apoptosis, in addition to investigating the possibility of increasing the sensitivity of HL60 cells to resveratrol by manipulating sphingolipids. Methods Cytotoxic effects of resveratrol, C8:ceramide, PDMP, and SK-1 inhibitor were determined by XTT cell proliferation assay. Changes in caspase-3 enzyme activity and mitochondrial membrane potential (MMP) were measured using caspase-3 colorimetric assay and JC-1 MMP detection kit. Expression levels of ceramide-metabolizing genes were examined by RT-PCR. Results The results revealed that manipulations of ceramide metabolism toward generation or accumulation of apoptotic ceramides increased apoptotic effects of resveratrol in HL60 cells, synergistically. More importantly, gene expression analyses revealed that resveratrol-induced apoptosis via increasing expression levels of ceramide generating genes and decreasing expression levels of antiapoptotic sphingosine kinase-1 and glucosylceramide synthase genes. Conclusion These results showed for the first time that increasing intracellular levels of ceramides by biochemical approaches has also increased sensitivity of HL60 cells to resveratrol. We also showed that resveratrol induces apoptosis through manipulating ceramide-metabolizing genes that resulted in the accumulation of ceramides in HL60 cells.