Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
15 results
Search Results
Research Project Bazı kültür ve yabani domates,biber ve patlacan türlerinde antioksidant özelliği olan karakter için mevcut genetik varyasyonun tayin edilmesi ve bu karakterleri kontrol eden genlerin moleküler haritalanması(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2007) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Yemenicioğlu, Ahmet; Rusçuklu, Dane; Ökmen, Bilal; Şığva, Hasan Özgür; Tümbilen, Yeliz; Keçeli, Mehmet Ali; Yüce, Duygu; Göl, Deniz; Kırsoy, Öyküm[No Abstract Available]Research Project Domateste (Lycopersicon esculentum) tuza dayanıklılığın fizyolojik ve genetik karakterizasyonu(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2008) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Keleş, Davut; Pınar, Hasan; Göl, Deniz[No Abstract Available]Research Project Biber (capsicum Annuum)'da Tütün Mozayik Virüsü (tmv), Patates Y Virüsü (pvy), ve Hıyar Mozayik Virüslerine (cmv) Dayanıklılığı Kontrol Eden Genlerin Belirlenmesi, Genetik Haritalanması ve Moleküler Islahı(2007) Doğanlar, Sami; Frary, Anne; Gümüş, Mustafa; Balcı, Evrim; Keçeli, Mehmet AliTürkiye biber üretiminde dünya’da üçüncü sırada yer almaktadır. Biber bitkisi ülkemizin hemen hemen her yöresinde salça, turşu, taze tüketim ve kurutma amaçları için yetiştirilmektedir. Virüs hastalıkları verim düşüklüklerinin yanısıra meyve kalitesindede bozukluklara sebep olmaktadır. Kalitesi düşük ürünün gerek iç ve gereksede dış pazarlarda değerlendirilmesi güçleşmektedir. Türkiye’de yetiştirilen yerel ve melez çeşitlerin hiç birinde problem olan viral hastalık etmenlerinin hepsine birden dayanıklılık mevcut değildir. Bununla birlikte, önemli bir çok virüse karşı dayanıklılık yabani türlerde belirlenmiştir. Günümüze kadar yabani türlerde belirlenen dayanıklılık kaynaklarının hiç biri etkili ve başarılı bir şekilde kültür türü Capsicum annuum’ a aktarılamamıştır. Moleküler genetik haritaların oluşturulması, dayanıklılığı kontrol eden genlerin sayısını, her bir genin dayanıklılık karakteri üzerine etkisi ve bu genlerin biber genomundaki yerlerinin belirlenmesini mümkün kılabilmektedir. Dayanıklılığı kontrol eden genler belirlendikten sonra, bu genlerle link halinde olan moleküler işaretleyiciler kullanmak süretiyle yabani türden belirlenen dayanıklılık genleri istenilen kültür biber çeşitlerine aktarılabilmektedir. Önerilen bu projede, yabani biber türleri C. chilense ve C. frutescens çok zarar verici ve geniş bir alanda dağılım gösteren üç önemli biber bitkisi virüslerine karşı test edilmiştir. Bu virüsler arasında tütün mozayik virüsü (TMV), patates Y virüsü (PVY) ve hıyar mozayik virüsü (CMV) bulunmaktadır. Bu yabani türe ilaveten, New York-TMV ve -CMV izolatlarına karşı dayanıklı oldukları belirlenen ileri ıslah hatları da Türkiye’de mevcut viral izolatlarla test edilmiştir. Genetik haritalama populasyonları geliştirilmiş ve bu hastalıklara dayanıklılığı sağlayan genlerle bağlantı halinde olan moleküler işaretleyiciler belirlenmiştir. Dayanıklılıkla bağlantı halinde olduğu belirlenen moleküler işaretleyiciler kullanarak dayanıklılık genleri ülkemizde yetiştirilen biber çeşitlerine aktarılmıştır.Research Project Ulusal Kavun (cucumis Melo) Kolleksiyonlardaki Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesi(2009) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Taşkın, Tuncer; Tan, Ayfer; İnal, Abdullah; Mutlu, SevgiTürkiye kavun, hıyar, kabak ve karpuz gibi ürünleri içeren Kabakgiller ailesi için ikinci dereceden genetik çeşitlilik merkezidir. Bu türler için bir mikro çeşitlilik merkezi olarak önemli olmasına ilaveten Türkiye bu ürünlerin dünyadaki en büyük üreticilerinden biri durumundadır ve dünya kavun üretiminde ikinci sırada yer almaktadır. ETAE Ulusal Gen Bankası kolleksiyonları ülke boyunca 48 değişik lokasyondan toplanmış 350 civarında kavun tohum örnekleri (accessions) içermektedir. Bu kolleksiyonlar Türkiye’nin biyoçeşitliliğinin ve değerli genetik kaynaklarının korunmasını ve muhaza edilmesini sağlamaktadır. Bununla birlikte, germplazm idaresi (tohum örneklerinin çoğaltılması, yeniden üretilmesi ve muhafaza edilmesi), özellikle kavun gibi yüksek oranda yabancı döllenme gösteren ve sarılgan bir büyüme şekline sahip olan ürünler için pahalıdır ve çok zaman ve yoğun işgücü gerektirmektedir. Son zamanlarda, çok sayıda araştırma moleküler markörlerin tek başlarına yada morfolojik karakterlerle birlikte germplazm karakterizasyonu ve idaresi için kullanılabilirlikleri üzerine yoğunlaşmıştır. Bu markörlerden elde edilen veriler kolleksiyonlar içerisindeki genetik çeşitliliğin ve tohum örnekleri arasındaki genetik ilişkilerin belirlenmesinde kullanılabilmektedir. Bu bilgiler sinonim yapıdaki (farklı isim altında özdeş genetik yapılar) çeşitlerin elimine edilmesine ve hononim yapıdaki (aynı isim altında farklı genetik yapılar) çeşitlerinde birbirinden ayırt edilmesine olanak sağlayacaktır. Bu şekilde, özgün materyaller çekirdek kolleksiyonlar için belirlenebilmektedir.Article Citation - WoS: 86Citation - Scopus: 102Total Antioxidant Activity and Total Phenolic Contents in Different Turkish Eggplant (solanum Melongena L.) Cultivars(Taylor and Francis Ltd., 2009) Ökmen, Bilal; Şığva, Hasan Özgür; Mutlu, Sevgi; Doğanlar, Sami; Yemenicioğlu, Ahmet; Frary, AnneIn this study, total water soluble antioxidant activity and phenolic content of 26 eggplant (Solanum melongena L.) cultivars were investigated. Total water soluble antioxidant activity of the cultivars varied from 2664 to 8247 molTrolox/kg, which is a 3.1-fold difference. Cultivars also showed significant variation for total phenolic contents ranging from 615 to 1376 mg/kg, a 2.2-fold difference. The two traits were significantly correlated and results of this study suggested that breeders can use the information to develop eggplant cultivars with high antioxidant activity.Article Citation - WoS: 23Citation - Scopus: 26Development of Practical Hplc Methods for the Separation and Determination of Eggplant Steroidal Glycoalkaloids and Their Aglycones(Taylor and Francis Ltd., 2008) Eanes, Ritchie C.; Tek, Neslihan; Kırsoy, Öyküm; Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Almeida, Adelia E.A practical set of HPLC methods was developed for the separation and determination of the eggplant steroidal glycoalkaloids, solanine, chaconine, solasonine, solamargine, and their aglycones, solasodine and solanidine. A gradient method was initially developed, but proved to be neither robust nor practical. Three separate isocratic methods using acetonitrile and ammonium dihydrogen phosphate were developed and shown to be more repeatable, less subject to fluctuations in mobile phase composition, and less time consuming. The effect of adjusting buffer pH, column temperature, and buffer type (triethylammonium phosphate vs. ammonium dihydrogen phosphate) were evaluated. It was also discovered that, by addition of 10% methanol to the acetonitrile portion of the mobile phase, more control over the separations was possible. The use of methanol as a mobile phase entrainer greatly improved separations in some cases and its effectiveness was also dependent upon column temperature. Assessments of the method recovery, limit of detection, and limit of quantitation were made using extracts from S. melongena and S. linnaeanum.Article Citation - WoS: 14Citation - Scopus: 23Water-Soluble Antioxidant Potential of Turkish Pepper Cultivars(American Society for Horticultural Science, 2008) Frary, Anne; Keçeli, Mehmet Ali; Ökmen, Bilal; Şığva, Hasan Özgür; Yemenicioğlu, Ahmet; Doğanlar, SamiIn this work, 29 pepper cultivars that represent the diversity of types and varieties grown in Turkey were analyzed for water-soluble antioxidant capacity and phenolic and vitamin C contents. In addition, 14 non-Turkish cultivars were tested for comparison. Significant diversity was observed in the different cultivars with the most variation (7.4-fold) seen for total antioxidant capacity, which ranged from 2.57 to 18.96 mmol Trolox/kg. Vitamin C content for the peppers ranged from 522 to 1631 mg·kg-1, a 3.1-fold difference, whereas total phenolic content for the pepper cultivars ranged from 607 to 2724 mg·kg-1, a 4.5-fold difference. When cultivars were grouped by morphology/ use, it was found that some types had significantly more variation and higher antioxidant activities than other types. Thus, for water-soluble antioxidant capacity, most variation was seen in long, blunt-ended Çarliston types, whereas long, pointed Sivri peppers had the highest mean capacity. Bell-shaped Dolmalik and Sivri peppers had the most variation for phenolic content, but fancy Süs and Sivri types had the highest means for this trait. Dolmalik types showed the most variation for vitamin C content, whereas Süs and Sivri peppers had the highest means for this character. All three parameters were significantly and positively correlated with the strongest correlation between total antioxidant capacity and phenolic content (r = 0.71). The presence of significant variation for antioxidant content in Turkish germplasm indicates that this material can be used for improvement and genetic mapping of nutritional content in pepper.Article Citation - Scopus: 2Identification of Potato Y Potyvirus (pvy°) Resistance in Wild and Cultivated Tomatoes(Türkiye Klinikleri Journal of Medical Sciences, 2009) Çelebi Toprak, Fevziye; Barutçu, Eminur; Frary, Anne; Doğanlar, SamiPotato Y potyvirus (PVY) is an important plant pathogen worldwide that infects and causes yield losses in the family Solanaceae including potato (Solarium tuberosum), pepper (Capsicum spp.), tomato (S. lycopersicum), and tobacco (Nicotiana tabacum). In this study, 20 different tomato accessions representing 6 different species were mechanically inoculated with PVY°. The plants were scored visually for symptoms and then tested for presence of the virus 2-4 weeks after inoculation by ELISA. The results were variable. Most wild species of tomato sustained PVY° replication in inoculated leaves. Some of the wild species showed an immune response, while some became systemically infected. Inoculation and analysis of F2 populations suggested that the resistance is controlled by a single recessive gene in different wild species.Article Citation - WoS: 28Citation - Scopus: 37Comparative Fine Mapping of Fruit Quality Qtls on Chromosome 4 Introgressions Derived From Two Wild Tomato Species(Kluwer Academic Publishers, 2004) Yates, Heather E.; Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Frampton, Anna; Eannetta, Nancy T.; Uhlig, John; Tanksley, Steven D.Despite their unsuitability for agricultural production, the wild relatives of crop species represent a largely untapped resource of novel QTLs potentially useful for crop plant improvement. In this regard, previous introgression studies, involving several different wild tomato species, have shown that the long arm of chromosome 4 contains QTLs for many horticulturally important traits including soluble solids content, fruit shape, lycopene content and biochemical composition. However, these earlier studies were unable to determine how many genes control these traits and whether genes affecting the same character from different wild species are allelic or not. In an effort to shed light on these issues, we have constructed a series of lines containing small, overlapping introgressions for portions of the long arm of chromosome 4 from L. peruvianum and L. hirsutum and tested these lines in replicated field trials. The results provide evidence for multiple, non-allelic loci controlling soluble solids and fruit weight. They also show that the loci controlling some traits (e.g. fruit shape, fruit weight, epidermal reticulation) co-localize to the same portions of chromosome 4, a result that may be attributed to pleiotropy and/or gene dense areas with lower than average recombination. The implications of these finding for molecular breeding and utilization of exotic germplasm are discussed.Article Citation - WoS: 34Citation - Scopus: 45Fine Mapping of Quantitative Trait Loci for Improved Fruit Characteristics From Lycopersicon Chmielewskii Chromosome 1(National Research Council of Canada, 2003) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Frampton, Anna; Fulton, Theresa M.; Uhlig, John W.; Yates, Heather E.; Tanksley, Steven D.The near-isogenic line (NIL) TA1150 contains a 56-cM introgression from Lycopersicon chmielewskii chromosome 1 and has several interesting phenotypic characteristics including fruit with orange color, high levels of soluble solids, thick pericarp, small stem scars, and good firmness. A set of overlapping recombinant lines (subNILs) was developed and field tested to fine map the quantitative trait loci (QTL) controlling these traits. The results indicated that the solids, pericarp thickness, and firmness QTL are distinct from the color locus. Several of the QTL mapped in this study, including the soluble-solids QTL, probably correspond to QTL mapped in other wild species of tomato. However, analysis of a set of TA523 subNILs containing complementary introgressions from Lycopesicon hirsutum chromosome 1 suggests that this wild species may contain a different locus for improved soluble solids. Thus, it might be possible to combine the L. chmielewskii and L. hirsutum alleles for these loci in a single line with the potential for extremely highly soluble solids. The TA1150 subNIL TA1688 contains the smallest introgression of the solids locus (approximately 19 cM), as well as the pericarp thickness and firmness QTL, with a yield that was equivalent to two of the three control lines. Isolation of recombinant subNILs from TA1688 should break the linkage between orange color and high solids and provide a small introgressed segment for marker-assisted breeding and genetic improvement of processing tomato.