Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
2 results
Search Results
Research Project Ligand kütüphanelerinin yapımında kullanılacak yeni konukçu E. coli suşlarının geliştirilmesi(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2005) Yenidünya, Ali Fazıl; Elmacı, Zehra Seda; Arslanoğlu, AlperLigand kütüphanelerinin yapımındaki ilk adım, milyonlarca ligand varyantlarını kodlayan gen fragmanlarının, seçilmiş plazmid vektörlere total olarak klonlanmasıdır. Ligand proteinler, plazmid vektörde bulunan faj pill filament proteini ile füzyon halinde ifade edildiklerinden, konak bakteride oluşan yeni faj partiküllerinin yapısına girerler. Faj partiküllerini oluşturan proteinler de ligand DNA klonlarını içeren konak bakterinin yardımcı fajlarla (hepler-phage) süper-enfeksiyonu ile sağlanır. Ligand kütüphanelerinin zenginliği, içerdikleri farklı gen fragmanlarının sayısıyla (diversity) doğru orantılıdır. Faj displey yönteminin, henüz, kütüphane diversitesini negatif yönde etkileyebilecek bazı yönleri vardır. Bunlardan bir tanesi, süper-enfeksiyondan sonra oluşan fa partiküllerinin teorik olarak yarısının, spesifik ligand taşıdıkları halde, ligand genini taşıyan plazmidin yerine yardımcı faj genomunu paketlemiş olmalarından kaynaklanmaktadır. Bu fajlar, hem bir ligandı hemde onun genini taşıyan fajlarla seçim sırasında rekabet edemezler ve bir sonraki seçim sırasında kaybolurlar. Bu durum, herhangi bir kütüphanede en az sıklıkta temsil edilen fakat işlev bakımından büyük öneme sahip olabilecek ligandların, ardışık seçim aşamalarında kaybolmalarına neden olmaktadır. Diğer bir dezavantaj, süper-enfeksiyon sırasında veya sonrasında yardımcı faj tarafından enfekte olmuş bir bakterinin yeniden enfeksiyona uğramasıdır. Bu da; ligand taşımayan faj partiküllerinin sayıca artması nedeniyle, ligand DNA'sını taşıyan faj partiküllerinin popülasyondaki sıklığını azaltır. Faj displey yönteminde bu iki dezavantaj, faj süper-enfeksiyonundan kaynaklanmaktadır. Proje, süper-enfeksiyon sürecinin faj displey yönteminden eliminasyonunu öngörmüştür.Article Citation - WoS: 7Citation - Scopus: 8Identification of Extracellular Enzyme Producing Alkalophilic Bacilli From Izmir Province by 16s-Its Rdna Rflp(John Wiley and Sons Inc., 2004) Akbalık, Güney; Güneş, Hatice; Yavuz, Elif; Yaşa, İhsan; Harsa, Hayriye Şebnem; Elmacı, Zehra Seda; Yenidünya, Ali FazılAims: To screen industrially important extracellular enzymes from the newly isolated alkalophilic bacilli and to characterize them by phenotypic and 16S-internal transcribed spacer (ITS) rDNA restriction pattern analysis. Methods and Results: Three different environmental samples, soil, leather and horse faeces, were collected within the province of Izmir. Isolates grown on Horikoshi-I medium for 24 h at 37°C were screened for extracellular enzyme activity by using eight different substrates: birchwood xylan, carboxymethylcellulose, casein, citrus pectin, polygalacturonic acid, soluble starch, and Tween 20 and 80. In total, 115 extracellular enzyme-producing bacilli were obtained. Casein was hydrolysed by 78%, soluble starch by 67%, citrus pectin by 63%, polygalacturonic acid by 62%, Tween 20 by 34%, birchwood xylan by 16%, Tween 80 by 12%, and carboxymethylcellulose by 3% of the isolates. The isolates were differentiated into 19 distinct homology groups by the 16S-ITS rDNA restriction pattern analysis. Conclusions: Eight different extracellular enzyme activities were determined in 115 endospore forming bacilli. The largest 16S-ITS rDNA homology group (HT1) included 36% of the isolates, 98% of which degraded casein, polygalacturonic acid, pectin and starch. Significance and Impact of the Study: This study is the first report on the characterization of the industrial enzyme-producing alkalophilic bacilli by 16S-ITS rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP). Restriction profiles of 64% of the isolates were found to be different from those of five reference strains used.