Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
73 results
Search Results
Article Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1Association Mapping of Plant Structure and Yield Traits in Faba Bean (vicia Faba L.)(John Wiley and Sons Inc., 2023) Abuzayed, M.A.; Baytar, A.A.; Yanar, E.G.; Doğanlar, Sami; Frary, AnneTens of thousands of faba bean accessions are available in germplasm collections throughout the world. Morphological characterization of these materials can enrich these collections and aid in the selection of genotypes for use in breeding programs. Results: In this study, 26 morphological characters were analyzed for 61 faba bean landraces and 53 cultivars over two seasons in Izmir, Turkey. The genotypes had high diversity for several yield traits including number of pods per plant, dry seed yield, and 100-seed weight. Association mapping was conducted for the morphological characters using 651 alleles from 100 simple sequence repeat (SSR) markers and a general linear model based on the Q matrix. A false discovery rate of 0.20 was used to test the significance of marker–trait associations resulting in 75 loci detected for 20 of the morphological characters (p ≤ 0.001). Conclusion: Overall, 44% of the quantitative trait loci (QTLs) were for seed traits, with 24%, 15%, and 17% of QTL identified for vegetative, inflorescence, and pod traits, respectively. The phenotypic data and marker–trait associations generated by this work can help breeding programs in the selection and improvement of faba bean. © 2023 Society of Chemical Industry.Article Citation - WoS: 5Citation - Scopus: 5De-Sealing Reverses Habitat Decay More Than Increasing Groundcover Vegetation(MDPI, 2023) Couch, Virginia; Salata, Stefano; Saygın, Nicel; Frary, Anne; Arslan, BertanModeling ecosystem services is a growing trend in scientific research, and Nature-based Solutions (NbSs) are increasingly used by land-use planners and environmental designers to achieve improved adaptation to climate change and mitigation of the negative effects of climate change. Predictions of ecological benefits of NbSs are needed early in design to support decision making. In this study, we used ecological analysis to predict the benefits of two NbSs applied to a university masterplan and adjusted our preliminary design strategy according to the first modeling results. Our Area of Interest was the IZTECH campus, which is located in a rural area of the eastern Mediterranean region (Izmir/Turkey). A primary design goal was to improve habitat quality by revitalizing soil. Customized analysis of the Baseline Condition and two NbSs scenarios was achieved by using local values obtained from a high-resolution photogrammetric scan of the catchment to produce flow accumulation and habitat quality indexes. Results indicate that anthropogenic features are the primary cause of habitat decay and that decreasing imperviousness reduces habitat decay significantly more than adding vegetation. This study creates a method of supporting sustainability goals by quickly testing alternative NbSs. The main innovation is demonstrating that early approximation of the ecological benefits of NbSs can inform preliminary design strategy. The proposed model may be calibrated to address specific environmental challenges of a given location and test other forms of NbSs.Article Citation - WoS: 4Citation - Scopus: 4Mapping of Quantitative Trait Loci for the Nutritional Value of Fresh Market Tomato(Springer, 2023) Gürbüz Çolak, Nergiz; Tek Eken, Neslihan; Ülger, Mehmet; Frary, Anne; Doğanlar, SamiThe incidence of many diseases, such as cancer, cardiovascular diseases, and diabetes, is associated with malnutrition and an unbalanced daily diet. Vegetables are an important source of vitamins and essential compounds for human health. As a result, such metabolites have increasingly become the focus of breeding programs. Tomato is one of the most popular components of our daily diet. Therefore, the improvement of tomato's nutritional quality is an important goal. In the present study, we performed targeted metabolic profiling of an interspecific Solanum pimpinellifolium x S. lycopersicum inbred backcross line (IBL) population and identified quantitative trait loci responsible for the nutritional value of tomato. Transgressive segregation was apparent for many of the nutritional compounds such that some IBLs had extremely high levels of various amino acids and vitamins compared to their parents. A total of 117 QTLs for nutritional traits including 62 QTLs for amino acids, 18 QTLs for fatty acids, 12 QTLs for water-soluble vitamins, and 25 QTLs for fat-soluble vitamins were identified. Moreover, almost 24% of identified QTLs were confirmed in previous studies, and 40 possible gene candidates were found for 18 identified QTLs. These findings can help breeders to improve the nutritional value of tomato.Research Project Haşhaş (Papaver somniferum)'ta moleküler genetik analizler(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2013) Frary, Anne; Camcı, Hüseyin; Köse, Arzu; Koşar, Ferda ÇelikoğluHaşhaş (Papaver somniferum L.) eski çağlardan beri kapsüllerindeki alkaloitler ve tohumlarındaki besin içerikleri açısından ilgi çeken bir üründür. Esas itibariyle kapsüllerindeki fizyolojik olarak aktif alkaloitleri için üretilmektedir. Haşhaş uluslararası anlaşmalar çerçevesinde sadece 20 civarında Avrupa ve Asya ülkelerinde yetiştirilmektedir. Türkiye’de haşhaş bitkisinin üretimine ve ticaretine izin verilen ülkelerden birisidir. Haşhaş kapsüllerinde içerdiği ve esas olarak narkotik, analjezik, sadative gibi ağrı kesici ilaçların hazırlanmasında kullanılan morfin, kodein, tebain, narkotine, papaverine gibi major öneme sahip alkaloidlerin sağlandığı tek ürün olma özelliği taşımaktadır. Bu nedenle farmasotik endüstrisinde hammadede sağlayan önemli üründür. Dünya’da yaklaşık 103.000 ha. alanda yetiştirilmektedir. Türkiye’de ise 19.000 ha. da tarımı yapılmaktadır. Avustralya, Fransa, Hindistan, İspanya ve Türkiye en önemli haşhaş üreten ülkelerdir. Son zamanlarda Çin’de de bu konuda önemli çalışmalar yapılmaktadır. Sadece Çin ve Hindistan’da afyon sakızı üretilmekte ve ticareti yapılmaktadır. Hindistan afyon sakızı ithalatında tekel durumundadır. Türkiye hem sahip olduğu genetik kaynakları ve hem de yetiştirme ekolojisi bakımından haşhaş için tüm imkanlara sahip bulunmaktadır. Bu özellikleri ile Türkiye haşhaş üretiminde ve ticaretinde rekabet gücünü koruyabileceği gibi haşhaş ve ürünleri pazarından daha fazla miktarda kazançlar elde etme kapasitesindedir. Ekim alanı sınırlı olduğu için Türkiye’nin haşhaş üretimini artırabilmesi için tek yol ihtiyaçlara cevap verebilecek nitelikte yeni haşhaş çeşitlerinin geliştirilmesine bağlıdır. Klasik yöntemler kullanılarak geliştirilen çeşitler olmasına rağmen günümüz çiftçisinin ve ilaç endüstrisinin ihtiyaç duyduğu kalitede çeşitler olma konusunda yeterli bulunmamaktadır. Moleküler teknolojilerin haşhaş ıslahında kullanımı günümüze kadar yapılmamıştır. Türkiye zengin haşhaş gen kaynaklarına sahip bulunmaktadır. Bu gen kaynaklarının karakterizasyonu ve ıslah çalışmalarında daha etkili kullanımı önemlidir. Önerilen projede Ulusal Gen Bankasından temin edilecek bir grup haşhaş germplazmında genetik analizler yapılacak ve çekirdek kolleksiyonların oluşturulması için markörler belirlenecektir. Yine, proje kapsamında ilk kez SSR markörleri geliştirilecek ve bu markörler haşhaş için yüksek çözünürlükte moleküler genetik bağlantı haritasının oluşturulmasında kullanılacaktır. Oluşturulan bağlantı haritası kullanılarak ilk kez haşhaş için önemli agronomik ve alkaloit içerikler için kantitatif karakter analizleri (QTL) yapılacaktır. Ayrıca, haşhaş doğal populasyonları kullanılarak ilişkilendirme haritalaması ile agronomik ve alkaloit içeriklerin genetik esasları belirlenecektir. Moleküler teknolojilerin de kullanımı ile geliştirilecek yeni haşhaş çeşitleri ile haşhaş tarımına yön vermek ve üretim, ihracat, gelir düzeyinde makro artışları sağlamak ve en önemlisi Türkiye’nin bu üründe rekabet gücünü artırmak mümkün olacaktır.Research Project Biberde kök-uru nematoduna dayanıklılık sağlayan N geninin haritalanması ve moleküler ıslahı(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Frary, Anne; Söğüt, Mehmet Ali; Doğanlar, SamiDünyada yılda yaklaşık 31 milyon ton biber üretilmektedir. Türkiye toplam 2.1 milyon ton yıllık biber üretimi ile Çin (16 milyon ton/yıl) ve Meksika (2.4 milyon ton/yıl)’dan sonra dünyanın en çok biber üreten 3. ülkesidir (FAO 2012). Akdeniz ve Ege Bölgeleri özellikle örtü-altı ve sera biber yetiştiriciliği bakımından en önemli bölgelerimizdir. Akdeniz kıyı şeridinde Antalya'nın Demre, Finike ve Kumluca ile İçel’in Kazanlı üretim sahalarında yoğun bir şekilde sera biber yetiştiriciliği yapılmaktadır. Toplam sera sebzeciliği içinde biber yetiştiriciliğinin yapıldığı kısım yaklaşık %15'lik bir alanı kapsamaktadır. Bir çok biyotik ve abiyotik faktör biber yetiştirilen bölgelerimizde biber tarımını sınırlamakta, verim ve kaliteyi düşürmektedir. Kök-ur nematodları biyotik faktörler arasında yer alan en önemlilerinden birisidir ve ülkemizde biber yetiştirilen alanların en önemli zararlısıdır. Kök-ur nematodları bitki köklerinde irili ufaklı urlar oluşturmak süretiyle bitkinin kökleri vasıtasıyla topraktan su ve besin madde alınımını kısıtlamaktadır. Sonuç olarak, kök-uru nematod zararından dolayı bir çok bölgemizde biber yetiştiriciliği zarar görmektedir ve mevcut mücadele yöntemleri ile üretim maliyetleri artmaktadır. Nematodlarla kültürel mücadele yapmak mümkün görünsede özellikle örtü-altı yetiştiriciliği açısından pratik ve ekonomik olmaktan oldukça uzaktır. Nematod mücadelesinde tek yol biber yetiştirilecek toprakların solarizasyonu veya nematositlerin kullanılmasıdır. Her iki işlemde pahalı, yoğun emek isteyen ve çevre dostu olmayan yaklaşımlardır. Özellikle nematositlerin son derece toksik olmaları, sınırlı bir süre koruma sağlamaları ve kalıntı etkilerinden dolayı kullanımları sakıncalıdır. Geniş alanlarda yapılan çalışmalarında ise toprak solarizasyonu pratik değildir ve çok pahalıya mal olmaktadır. Dolayısıyla, nematod probleminin bulunduğu bölgelerimizde dayanıklı biber çeşitlerinin yetiştirilmesi belkide en kolay, pratik, ucuz ve çevre dostu yaklaşımdır. Ülkemizde yetiştirilen biber çeşitlerinin hiç biri doğal olarak kök-uru nematod dayanıklılığına sahip değildir. Ancak, kök-uru nematodlarına karşı dayanıklılığı birçok Capsicum annuum’da belirlenmiştir ve bu dayanıklılık genlerinin bir çoğu değişik biber çeşitlerine aktarılmıştır. Ancak, dayanıklılık gen’lerinin aktarılması yoğun bir şekilde tarla ve sera koşullarında nematod testlemeleri gerektirdiği için zor bir işlemdir. Bu nedenle bu gen’lerin etkili bir şekilde ıslahı sınırlıdır. Önerilen bu projede biberde belirlenen kök-uru nematodlarına dayanıklılık sağlayan N geni ile bağlantılı olan moleküler markörler belirlenmiştir ve N geninin bağlantılı markör ile Türk biber çeşitlerine aktarılması işlemine başlanmıştır.Research Project Solanaceae'de kıyaslamalı genom analizleri: model sistem olarak patlıcan (Solanum melongena L.)(2010) Doğanlar, Sami; Mutlu, Sevgi; Frary, Anne; Eanes, Ritchie C.; Daunay, Marie ChristineKıyaslamalı genom analizleri aynı ailenin değişik türleri arasındaki gen ve genomların yapısını ve fonksiyonlarındaki benzerlikleri ve farklılıkları incelemektedir. Esas olarak kıyaslamalı genomiks (1) her türdeki her bir genin rolünü, (2) bir türü diğer bir türden (örneğin fenotipik, büyüme şekli ve çevreye adaptasyon gibi) ayırmadaki önemli değişikliklerin ne olduğunu ve (3) bu değişikliklerin nasıl oluştuğunu (evrimsel işlemleri) araştırmaktadır. Son yirmi yıllık süre içerinde değişik bitki taxa’larında yapılan kıyaslamalı genom analizleri sonucunda, 130-240 milyon yıl süren angiospem evrimi sonrası ortaya çıkan morfolojik, gelişim ve biyokimyasal seviyelerdeki son derece dramatik değişikliklere rağmen, çok değişik bitki türlerinin gen içerikleri ve kromozom boyunca gen sıralarının korunduğu ortaya konmuştur. Dolayısıyla, heterologous DNA markörlerinin ve hatta sekanz bilgilerinin akraba türler arasında kullanımı mümkündür. Türler arasındaki genom bilgilerinin birbirine çevirebilme yeteneği minor öneme sahip çok sayıda diğer bitki türlerinde de genom analizlerini hızlandırmıştır.Research Project Susam (Sesamum indicum L.)'da genomik ve metabolomik karakterizasyon(2011) Doğanlar, Sami; Uzun, Bülent; Fırat, Şeymuz; Frary, AnneSusam (Sesamum indicum L.) eski dünya’da orijin almış insanlar tarafından kullanılan en eski yağ bitkilerinden birisidir. Son zamanlarda, besin içerikleri ve sağlıkla ilgili özellikleri açısından ilgi çeken bir ürün durumuna gelmiştir. Susam yağı tedavi amaçlı olarak tıbbi uygulamalarda ve ilaç yapmında yoğun bir şekilde kullanılmaktadır. Ürünün bu önemine rağmen, susam ıslahı, genetiği ve moleküler biyolojisi ile ilgili olarak çok az sayıda araştırma yapılmıştır. Bu durumun sebeplerinden bir tanesi, susam için geliştirilmiş genomik araçların yeterli miktarda olmamasıdır. Önerilen projede bu eksikliği gidermek için susam için genetik araçların gelitirilmesine çalışılmıştır. Bu amaç için Türkiye’de genel ekim alanı bulan bir susam çeşidi olan Sesamum indicum cv. Muganlı-57 çeşitinden eld edilen DNA kullanılarak genomik dizileme yapılmıştır ve elde edilen bu diziler 3101 adet SSR markörünün geliştirilmesinde kullanılmıştır. Ayrıca, halka açık gen veribankalarında mevcut bulunan EST dizileride markör geliştirme çalışmalarında kullanılmıştır. Bu çalışma sonucunda 318 adet EST-SSR markörü geliştirilmiştir. Geliştirilen genomik ve EST-SSR markörleri sayıları 160 civarında olan Türk ve 73 adet dünya susam genotiplerinin çeşitlilik analizlerinde kullanılmıştır. Ayrıca, beş adet AFLP primer kombinasyonuda Türk susam çeşitlerinin genetik çeşitlilik analizlerinde kullanılmıştır. İlaveten, bu materyaller toplamda 17 morfolojik ve agronomik karakter bakımından kantitatif olarak incelenmiştir ve susam tanımlama klavuzuna (IPGRI ve NBPGR 2004) göre değerlendirilmiştir. Geliştirilen bu markörler, ayrıca, Sesamum indicum için ilk moleküler genetik bağlantı haritasının oluşturulmasında da kullanılmıştır. Bu amaç için iki haritalama populasyonu geliştirilmiştir. İlk populasyon bir F6-RIL populasyonu olup Sesamum indicum var. Korea-1 (Acc. No: 92-3091) x Sesamum indicum var. Africa-3 (Acc. No: 95-223) melezlemesinden oluşturulan türleriçi (intraspecific) melezlemelerden türetilmiştir. Ayrıca, Sesamum indicum cv. Muganlı 57 x Sesamum alatum melezlemesinden türetilen bir F2 populasyonu da çalışmada kullanılmıştır. Genetik bağlantı haritası oluşturmak için proje kapsamında geliştirilen toplam 3419 Genomik-SSR and EST-SSR markörleri haritalama populasyonunun ebevenylerinde testlenmiştir. Türleriçi populasyonda polimorfizm seviyesi çok düşük düzeyde kalmıştır. Türlerarası populasyonda da polimorfizm seviyesi düşük olmasına rağmen bir moleküler genetik bağlantı haritasının oluşturulmasına imkan vermiştir.Research Project Sitokinin sentezlemesini aşırı ifadeleyen domates bitkilerinde kuraklık stresine karşı toplam yaprak ve nükleer proteom tepkisi(2016) Frary, AnneKuraklık stresi tarımsal bitkilerde ciddi verim ve kalite kayıplarına sebep olan, tarımsal üretimi kısıtlayan abiyotik stres koşullarındandır. Küresel ısınma ile kuraklık stresinin önümüzdeki yıllarda daha da kötüleşeceği öngörülmektedir. Tarımsal bitkilerin sürdürülebilir üretimi için abiyotik stres koşullarına tolerant bitkilerin geliştirilmesi gereklidir. Stres koşullarına tolerant bitkilerin geliştirilebilmesi için bitkilerin stres koşullarına cevap ve tolerans mekanizmalarının moleküler düzeyde anlaşılması şarttır. Bitkilerin kuraklık stresine cevap ve tolerans mekanizmaları gerek fizyolojik gerekse moleküler düzeyde son derece karmaşık olup bitki gelişim düzeyi, bitki genetik altyapısı ve çevresel koşullara bağlı olarak değişikmektedir. Yapılan çalışmalarda kuraklık stresi koşularında bitkilerde hormon düzeylerinde önemli değişiklikler olduğunu özellikle bitki metabolizmasında kilit rol oynayan sitokinin düzeyinin azaldığı görülmüştür. Sitokininler bitki metabolizmasında hücre bölünmesinin uyarılması, organogenez ve meristem fonksiyonunun kontrolü ve doku yaşlanmasının geciktirilmesi gibi pek çok önemli rol oynayan hormonlardır. Son çalışmalarda kontrollü sitokinin overekspresiyonunun kuraklık stresine toleransta önemli rol oynadığı tespit edilmiştir. Bu tip çalışmalara rağmen sitokininlerin kuraklık direncindeki moleküler mekanizmaları tam anlaşılamamıştır. Yapılan çalışmalarda kuraklık şart arındaki fizyolojik ve transkriptomik değişimler incelenmiştir. Kuraklık stresi koşullarında sitokininler aracılığıyla metabolizmanın anahtar regülatörü olan transkripsiyon faktörlerinin ifadelenmesinin proteomik düzeydeki değişimine dair çalışma bulunmamaktadır. Sitokininlerin domateste kuraklık stresine toleransta oynadığı role dair bir çalışmada bulunmamaktadır. Bu amaçla, sitokinin overekspresiyonu ile sağlanan kuraklık tolerans mekanizmalarını anlamak için sitokinin biyosentetik yolağındaki kilit enzim olan isopentenil transfraz (IPT) enzimi stres koşullarında uyarılan SARK promotörü kontrolünde ifadelenecek şekilde co-transformasyon yöntemi ile domates bitkilerine aktarılmıştır. Geliştirilen transgenik domates bitkileri kuraklık stresi testlemelerine alınmış ve fizyolojik ve biyokimyasal analizler ile incelenmiştir. Bu çalışmalarda IPT genini fazla ifadeleyen transgenik bitkilerin kuraklık koşullarında daha iyi performans gösterdikleri tespit edilmiştir Yaprak toplam ve nükleer zenginleştirilmiş yaprak proteomu sitokinin over-ekspresiyonu için IPT geni içeren bitkilerde ve kontrol bitkilerde kontrol ve kuraklık koşullarında incelenmiş ve bu koşullarda farklı ifadelenen proteinler shotgun proteomik yaklaşım ile tanımlanmıştır. IPT genini fazla ifadeleyen transgenik bitkiler ve kontrol bitkilerinde yapılan LC-MS/MS analizlerinde toplam 191 proteinin farklı ifadelendiği tespit edilmiştir. Tanımlanan 191 proteinden 69’u hem transgenik hem de kontrol bitkilerde kuraklık koşullarında farklı ifadelendenmiştir. Bu proteinlerden 99’unun ise yalnızca transgenik hatta kuraklık koşullarında farklı ifadelendiği tespit edilmiştir. Farklı ifadelenen proteinler için yapılan GO gen zenginleştirme analizleri sonucunda kuraklık koşullarında farklı ifadelen proteinlerin en fazla abiyotik uyarılara tepki, sülfürbileşiklerinin metabolik işlemi ve protein katlanması ile ilgili olduğu tespit edilmiştir. Yine yaprak zenginleştirilmiş nükleer proteomu çalışmaları ile kuraklık koşullarında transgenik bitkiler ve kontrol bitkilerinde LC-MS/MS analizlerinde toplamda 81 adet nükleus proteinin farklı ifadelendiği tespit edilmiştir. Tanımlanan 81 proteinden 31’inin transgenik ve kontrol bitkilerde kuraklık koşullarında farklı ifadelendiği tespit edilmiştir. Tanımlanan 81 proteinden 31’inin yalnızca transgenik hatta kuraklık koşullarında farklı ifadelendiği tespit edilmiştir. Farklı ifadelenen proteinler için yapılan GO gen zenginleştirme analizleri sonucunda kuraklıkta farklı ifadelen proteinlerin en fazla nükleobaz içeren molekül taşınması, RNA metabolik işlemleri ve transkripsiyon ile ilgili olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, kuraklık koşullarında farklı ifadelenen nükleer zenginleştirilmiş 81 proteinden 16’sının transkripsiyon faktörleri olduğu belirlenmiştir. Yapılan çalışma sonucunda, sitokini over-ekspres edilen domates bitkilerinde kuraklık stresi koşullarına dayanıklılıkta rol oynayan proteinler tanımlanmış, kuraklık stresine toleransta rol oynayan nükleer proteinler ve transkripsiyon faktörleri belirlenmiştir. Ayrıca, projenin uluslararası kapsamda yürütülmesi ile değişik uzmanlık alanlarına sahip Türk ve Çek bilim adamları arasında işbirliği sağlanmıştır.Research Project Puccinellia distans (Jacq.) Parl.’da boron hiperakümülasyonu ve tolerans mekanizmalarının proteomiks yaklaşım kullanarak anlaşılması(2017) Yalçın, Talat; Frary, Anne; Allmer, JensBor hem yüksek hem düsük konsantrasyonlarında bitkilerde büyüme bozukluklarına ve verim kaybına neden olmaktadır. Yüksek bor konsantrasyonundan kaynaklanan problemlerin giderilmesi için gerçeklestirilen; topragın yıkanması, topragın çinko ile zenginlestirilmesi gibi yöntemlerin bu sorunun giderilmesinde yetersiz kaldıgı gözlemlenmistir. Dünya bor rezervlerinin %71,3?üne sahip olan Türkiye?de bor toksisitesi, önemli bir tarımsal sorundur ve ülkenin belirli bölgelerindeki birçok tarım bitkinin verimini azaltmakta ve kullanılabilir tarım alanlarını kısıtlamaktadır. Dayanıklı tür belirlemeye yönelik yapılan arastırmalar sonucunda Türkiye?de bor madenlerinin bulundugu arazilerde büyüyebilen ve yüksek bor toksisitesine tolerans gösteren Puccinellia distans (çorak çimi) tanımlanmıstır. Tarımsal olarak ekonomik bir degeri olmamasına ragmen, yakın zamanda gerçeklestirilen fizyolojik çalısmaların ısıgında bünyesinde yüksek miktarlarda bor biriktirebildigi bulunmustur. Bu bitki türü ile transkriptomik düzeyde çalısılmıstır fakat üzerinde daha önce proteomik düzeyde herhangi bir çalısma gerçeklestirilmemistir. Bu projede, Puccinelia distans bitkisindeki bor toksisitesine karsı toleransta rol oynayan mekanizmalar proteomik (proteinlerin farklı ekspresiyon profillerinin çıkarılması) yaklasımla incelenmistir. Puccinellia distans bitkisindeki bor toksisitesine dayanıklılık mekanizmalarını ortaya çıkarmak için bor stresine maruz bırakılmıs bitkiler ile normal sartlarda yetistirilmis bitkilerin kök ve yapraklarından izole edilen proteinler incelenmistir. Ifadelenmesi farklı bulunan proteinlerin tanımlanması için etiketsiz (label-free) kütle spektrometresi ile ölçümler yapılmıstır. Puccinelia distans transkriptomu, Arabidopsis thaliana ve Oryza sativa proteinleri ve de novo dizileme sonuçlarında olusan bir veritabanı kullanılarak kütle spektrometre verileri analiz edilmistir, peptitler ve dolayısıyla proteinler tanımlanmıstır. Çalısma sonucunda boron transportundan sorumlu aquaporin proteinleri, tonoplastlar tanımlanmıs ve karbohidrat, lipid, protein yıkım, oksidatif stres, hormonal sinyal transdüksiyonu gibi metabolik yolların stres kosullarından etkilendigi tespit edilmistir.Research Project Domates (Solanum lycopersicum L.)’te birincil ve ikincil metabolitler ve anahtar enzimler için kantitatif karakter lokus analizleri(2018) Doğanlar, Sami; Frary, AnneDomates gıda değeri yüksek ve çoğu sağlıklı ilişkili olan çok sayıda besin içeriklerine sahip olması açısından hem ülkemizde hem de dünyada insanlar için günlük diyetimizin önemli bir kısmını oluşturan önemli bir tarımsal üründür. Nüfus artışı ile doğru orantılı olarak sağlık ve beslenme ile ilgili ortaya çıkan tüketici kaygıları nedeniyle domates önemli bir besin kaynağı olarak dikkate çekmektedir ve taze ve işlenmiş ürün olarak tüketiminde artış beklenmektedir. Ne yazık ki, tüketiciler son zamanlarda domatesteki tat, lezzet ve aroma eksikliğinden sürekli olarak şikayet etmektedirler. Domates meyvelerindeki tat, aroma ve lezzet eksikliği yetiştirme koşulları ve iklim şartları gibi bir çok faktörden etkilenmesine rağmen esas olarak geliştirilen domates çeşitlerinin ıslahında tat ve aroma gibi özellikler fazla dikkate alınmamıştır. Daha önceki ıslah ve genetik çalışmalarda verim, biyotik ve abiyotik stres toleransı, iç, dış meyve rengi ve suda çözünebilir kuru madde içeriği gibi daha çok ıslahçıların, tohum ticareti yapan firmaların ve domates üreticilerinin talep ettikleri konulara odaklanılmıştır. Günümüze kadar tüketicilerin talepleri tat ve aroması iyi ve besin içeriği bakımından zengin domates çeşitlerinin geliştirilmesi hep ihmal edilmiştir. Tat, aroma ve besin içeriği gibi kompleks kalıtım gösteren karakterlerin ıslahında ıslahçıların ilgisizliği yanısıra biyokimyasal ölçüm teknolojilerininde yetersiz olması önemli bir etken olmuştur. Günümüzde analitik kimya ve biyokimya alanında yaşanan teknolojik gelişmelerle bu tip karakterlerin ölçülmesi hem teknolojik olarak mümkün hale gelmiştir ve hemde nispeten daha ucuz ölçümler yapmak imkan dahilinde olmuştur. Bu projede tat, aroma ve besin içeriği karakterleri için metabolik analizler ve moleküler genetik haritalama çalışmaları birlikte uygulanmıştır. Çalışmada tat, aroma ve besin içeriği karakterleri bakımından zengin bir yabani domates türü olan Solanum pimpinellifolium LA1589 x Solanum lycopersicon cv. Tueza (sera tipi çeşit) melezlemesinden türetilmiş BC2F6 kademesinde IBL populasyonu kullanılmıştır. IBL haritalama populasyonu sera koşullarında yetiştirilmiştir. Elde edilen agronomik ve teknolojik karakterlere ait fenotipik verilerle moleküler markör çalışmalarından geliştirilen genomik veriler kantitatif karakter lokus haritalama teknikleri ile analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda hem agronomik ve hemde teknolojik karakterlerle ilgili kantitatif karakter lokusları (QTL) belirlenmiştir. Elde edilen QTL lokuslarının Solanum pimpinellifolium LA1589 allellerinin ilgili karakterlerin değerlerini artırdığı bulunmuştur. Bu sonuçlarda, Solanum pimpinellifolium?dan aktarılan QTL bölgelerinin yüksek tat, aroma ve besin içeriği karakterleri için geliştirilecek domates çeşitlerinin ıslahında kullanılabileceği gösterilmiştir. Bu proje TÜBİTAK tarafından Prof. Dr. Sami Doğanlar?a sağlanan AR-GE (114Z116) desteğiyle tamamlanmıştır.