Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
Search Results
Research Project Bor toksisitesinin moleküler mekanizmalarının araştırılması(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Koç, Ahmet; Karakaya, Hüseyin Çağlar; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyBor doğada çoğunlukla borik asit formunda bulunmakta olup esansiyel bir bitki besinidir. Sadece bitkiler değil pek çok organizma metabolik faaliyetleri için bora ihtiyaç duymaktadır. Bor, az miktarlarda gerekli iken fazlalığı toksisite oluşturmaktadır ve bu toksisitenin mekanizması bilinmemektedir. Bor toksisitesinin moleküler mekanizmalarının araştırılması kapsamında kullanılan model sistem, bir maya olan Saccharomyces cerevisiae’dir. Maya tek hücreli ökaryotik bir canlıdır. Aynı zamanda pek çok hücresel sistem, maya ve diğer ökaryotlar arasında evolusyonel olarak belirgin bir şekilde korunmuştur. Dolayısıyla toksisite ve tolerans mekanizmalarının maya model organizması kullanılarak açığa çıkartılması, benzer mekanizmaların insanlarda ve bitkilerde tanımlanmasına da yol gösterici olması bakımından öneme sahiptir. Bor dirençliliği ve bor duyarlılığı sağladığı tespit edilen genlerle yapılan çalışmalar ile dirençlilik ve duyarlılık mekanizmaları aydınlatılmaya çalışılmıştır. Borun Gcn4 transkripsiyon faktörünü nasıl aktif hale getirdiğini anlamak için GCN4 promotor bölgesine bağlanabilen transkripsiyon faktör mutantları Gcn4 ve ATR1 ifadelenmeleri yönünden incelenmiştir ve sonuçlar hücre içi birtakım yolaklara işaret etmektedir. Hücre içi sinyal yolaklarından incelenen TOR, PKA ve SNF1 yolaklarının bor stresine yanıt mekanizmasında rol oynamaları muhtemeldir. Mevcut veriler ile borun yüksüz tRNA sinyali oluşturma mekanizması henüz anlaşılamamıştır. Ancak yüksüz tRNA’ların taşınımında rol oynayan GCN1 geninin, Gcn2 kinaz aktivitesi için gerekli olduğu bulunmuştur. Aynı zamanda bor toksisitesinin memeli hücrelerinde de maya hücrelerindekine benzer bir tepki yarattığı eIF2α fosfatlanması ile gösterilmiştir. Replikatif ve kronolojik yaşlanma deneylerine göre bor 1mM dan yüksek konsantrayonlarda yaşam süresini kısaltmakla birlikte mikromolar seviyede yaşam süresini uzatma yönünde etkileri bulunmuştur. Bor stresinde hücrede otofajinin indüklendiği de Atg8-GFP füzyon proteininin konfokal mikroskopta takip edilmesiyle ortaya çıkarılmıştır.Research Project Deniz pancarı bitkisinde mangan toleransında rol oynayan genlerin tanımlanması(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Karakaya, Hüseyin Çağlar; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyMangan (Mn+2) bitkide temel bir nutrienttir. Mn+2 seviyesinin artışı bitki hücrelerinde toksiktir. Metal tolerans proteini (MTP), kolaylaştırılmış katyon difüzyon protein ailesinin (CDF) bir üyesidir ve farklı bitki türlerinde metal homeostazisinde ve aşırı metal iyonlarının dışarı atılmasında önemli rolü vardır. Bu çalışmada Beta maritima’ dan iki MTP geni tespit ve karakterize edildi. Bu iki genin aşırı ifadelenmesi maya hücrelerinde Mn+2 toleransı sağlamıştır. Sekans analizleri BmMTP10 ve BmMTP11 in Mn-CDF aile üyesinden olduğunu göstermiştir. Bu proteinlerin fonksiyon analizleri, mayada ifadelendiğinde Mn+2 seviyesinin düşmesinde rol oynadığını göstermiştir. Proteinler Golgi aygıtında lokalize olmuştur. Mangan uygulamasından sonra BmMTP10 ifadelenmesi üç kat artmış olmasına rağmen BmMTP11 seviyesi değişmemiştir. Sonuçlarımız gösteriyor ki, B. maritima’ nın BmMTP10 ve BmMTP11 proteinleri Mn+2 detoksifikasyonu açısından önemli bir fonksiyona sahiptir.