Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9

Browse

Filters

2020 - 20236

Settings

Start date: 2020Language: search.filters.language.tr

Search Results

Now showing 1 - 6 of 6
  • Review
    A review on the removal of viruses by adsorption
    (Gazi University, 2023) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sila; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun
    The potential dangers of Covid-19 (SARS-CoV-2 Infection), which spread to almost all countries from Wuhan, China's Hubei province in 2020, have been the focus of attention of scientists worldwide Serious impact processes of Covid-19, ranging from pneumonia to severe acute respiratory infections and from kidney failure to death, continue to threaten millions of people. Isolation of pandemic species is of great importance for the development of appropriate treatment protocols in emerging viral infections. For this, it is necessary to develop existing methods as well as new methods. Viruses do not exist in living form in nature and they need other creatures to transfer their genetic material. In this respect, water resources and air appear as the most important means of transmission. Adsorption processes for the transmission means can be applied to prevent the spread of viruses and to inactivate them. In this review, the interactions of viruses with various adsorbents containing carbonaceous, oxidized, porous anf metal organic framework materials were examined. Electrostatic interactions were found to be more effective in target types of adsorbing processes of adsorbents used in water and air purification. Since the virus surface carries various organic functional groups, it is seen that it will interact with different adsorbents electrostatic and in this way they can be removed and both isolated and rendered ineffective. We think that our study will contribute to effective solutions to prevent the spread of other pathogens, including coronaviruses, by adsorption processes to be applied to air and water sources and to disinfect the specified transmission means.
  • Research Project
    Pamukta Lif Verimi ve Kalite Karakterleri için Kantitatif Karakter Lokus Analizleri
    (2020) Doğanlar, Sami
    Pamuk ıslahı çalısmalarında rutin olarak pedigrisi belli ebevenylerin melezlenmesi, açılım populasyonlarının olusturulması ve fenotipe dayalı seleksiyon islemleri ile yürütülen çalısmalar pamuk gen havuzunu fark edilir bir sekilde daraltmıs ve bunun neticesinde, günümüzdeki pamuk çesitleri arasındaki genetik çesitliligin çok düsük düzeylerde kalmasına neden olmustur. Pamuk ıslah çalısmalarında yıllardır aynı ıslah metodunun kullanılması, aynı ebevenylerin sürekli olarak ıslah çalısmalarında donor anaç olarak kullanımı ve pamuk ıslahçılarının adapte olmamıs germplazmları kullanmak istememeleri yıllar süren klasik ıslahın sonucu olarak pamuk genomunda çesitligin azalmasına neden olmustur. Bu durumda, yapılan melezlemelerde rekombinantların ortaya çıkarılma sansını azaltmıstır. Dolayısıyla, pamuk ıslah çalısmalarında fenotipik ve genotipik olarak karakterize edilmis germplazmların olusturulması; hem lif verimi ve kalitesi bakımından önemli karakterlerin genetik kontrollerinin anlasılması ve marköre dayalı seleksiyon çalısmalarının baslatılması ve hemde olusturulacak kombinasyon ıslahı çalısmalarında kullanılacak anaçların seçilmesi açısında önemlidir. Önerilen projede lif karakterleri bakımından iki yıl süreyle incelenmis degisik kademelerdeki RIL populasyonlarında moleküler markör analizleri yapılmıstır. Böylece, fenotipik ve genotipik olarak yüksek düzeyde çesitlilige sahip olan pamuk genotipleri belirlenmis ve ayrıca iliskilendirme analizleri ile agronomik karakterler bakımından iliskili genom bölgeleri (markörler) tespit edilmistir.
  • Article
    Adsorpsiyon ile Virüslerin Giderilmesine İlişkin Bir İnceleme
    (Gazi Üniversitesi, 2021) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sıla; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun
    2020 yılında Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinden neredeyse tüm ülkelere yayılan Covid-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu)’un potansiyel tehlikeleri, dünya çapında bilim insanlarının ilgi odağı olmuştur. Covid-19’un pnömoniden ağır akut solunum yolu enfeksiyonlarına ve böbrek yetmezliğinden ölüme kadar uzanan ciddi etki süreçleri milyonlarca insan için tehdidini sürdürmektedir. Ortaya çıkan yeni viral enfeksiyonlarda uygun tedavi protokollerinin geliştirilmesi için pandemik türlerin izolasyonu büyük önem arz etmektedir. Bunun için yeni yöntemlerin yanında mevcut yöntemlerin de geliştirilmesi gereklidir. Virüsler doğada canlı formda bulunmazlar ve genetik materyalini aktarabilmek için başka canlılara ihtiyaç duyarlar. Ayrıca izole edilmiş yüzeylerde hızla inaktif hale getirilebilirler. Bu yönüyle su kaynakları ve hava en önemli iletim vasıtaları olarak karşımıza çıkmaktadır. Virüslerin yayılmasının önüne geçmede ve onları etkisiz hale getirmede iletim vasıtalarına yönelik adsorpsiyon işlemleri uygulanabilmektedir. Bu derlemede, virüslerin karbonlu, oksitli, gözenekli materyaller ve metal organik kafes yapıları içeren çeşitli adsorbanlarla etkileşimleri incelendi. Su ve hava arıtmasında kullanılan adsorbanların hedef türleri adsorplama işlemlerinde elektrostatik etkileşimlerin daha etkili olduğu belirlendi. Virüs yüzeyinin çeşitli organik fonksiyonel grupları taşıması nedeniyle farklı adsorbanlar ile elektrostatik etkileşime geçeceği ve bu şekilde de onların uzaklaştırılarak hem izole edilmesi hem de etkisiz hale getirilmesi mümkün görülmektedir. Çalışmamızın Koronavirüsler dahil diğer patojenlerin hava ve su kaynaklarına uygulanacak adsorpsiyon işlemleri ile yayılmalarının engellenmesine ve belirtilen iletim vasıtalarının dezenfekte edilmesine yönelik etkili çözümlere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
  • Conference Object
    Citation - Scopus: 2
    Yara İyileşmesi Mikroskopi Görüntü Serilerinin Otomatik Analizi - Bir Ön-çalışma
    (IEEE, 2020) Mayalı, Berkay; Şaylığ, Orkun; Yalçın Özuysal, Özden; Pesen Okvur, Devrim; Töreyin, Behçet Uğur; Ünay, Devrim
    Collective cell analysis from microscopy image series is important for wound healing research. Computer-based automation of such analyses may help in rapid acquisition of reliable and reproducible results. In this study phase -contrast optical microscopy image series of an in-vitro wound healing essay is manually delineated by two experts and its analysis is realized, traditional image processing and deep learning based approaches for automated segmentation of wound area are developed and their perlOrmance comparisons are carried out.
  • Conference Object
    Citation - Scopus: 1
    A Preliminary Study on Cell Motility Analysis From Phase-Contrast Microscopy Image Series
    (IEEE, 2020) Kayan, Emre; Kavuşan, Tarık; Önal, Sevgi; Pesen Okvur, Devrim; Yalçın Özuysal, Özden; Töreyin, Behçet Uğur; Ünay, Devrim
    Analyses of morphology, polarity, and motility of cells is important for cell biology research such as metastatic and invasive capacity of cells, wound healing, and embryonic development. Automation of such analyses using image series of phase-contrast optical microscopy, which allows label-free imaging of live cells in their living environment, is a need. With this purpose, in this study image series of a cell motility experiment is manually annotated, and an automation algorithm realizing motion and shape analyses of cells using the annotated data is developed. In addition, due to the low number of annotated data at hand, a U-Net based solution is devised for automated segmentation of the cells and its performance is evaluated.
  • Article
    Citation - WoS: 1
    Pasif Tümör Hedefli İnorganik İlaç Nanotaşıyıcıların Akciğer Sağlıklı ve Kanser Hücreleri Üzerindeki Uzun Dönemli Etkisi
    (Gazi Üniversitesi, 2020) Dağlıoğlu, Cenk; Kacı, Fatma Necmiye
    İlaç nanotaşıyıcıları, kontrollü ve sürekli ilaç salım özellikleri ile kanser tedavisinde büyük bir potansiyele sahiptir. Bu nanotaşıyıcılar pasif veya aktif hedefli olarak ilaç taşınımı sağlayabilmektedir, ancak aktif hedefli muadillerine göre, pasif hedefli nanotaşıyıcılar tümörlü dokularda daha yavaş ve düşük düzeyde ilaç birikimi sağladığından kanserli hücrelerin yanında sağlıklı hücrelerde uzun süre bu nanotaşıyıcılara maruz kalmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada, pasif hedefli ilaç nanotaşıyıcıların insan akciğer epitel BEAS-2B hücreleri ve insan akciğer kanser A549 hücreleri üzerindeki uzun dönem etkileri araştırıldı. Bunun için, görüntüleme ve tedavi edici özellikleri bir arada barından Fe3O4@SiO2(FITC)-DOX formülasyonuna sahip ilaç nanotaşıyıcıları kullanıldı ve hücresel birikim, sitotoksisite ve apoptoz üzerindeki etkileri araştırıldı. Hücresel alım ve sitotoksisite deneyleri, pasif hedefli nanotaşıyıcıların kanser hücresi canlılığının etkin bir şekilde azalttığını gösterirken, 24 saatlik inkübasyon sürecinde sağlıklı hücreler üzerinde kayda değer bir etki görülmedi. Ancak 96 saatlik uzun inkübasyon sürecinde, sağlıklı BEAS-2B hücreleri makul seviyelerde nanotaşıyıcı alımı gerçekleştirirken, A549 kanser hücrelerine kıyasla düşük düzeylerde ilaç-aracılı sitotoksisite sergiledi. Ayrıca, nanotaşıyıcılar A549 hücrelerindeki apoptoz seviyelerini önemli ölçüde artırırken, BEAS-2B hücrelerinde 96 saat sonunda dahi apoptotik etki göstermedi. Bu sonuçlar, pasif hedefli inorganik ilaç nanotaşıyıcıların, sağlıklı hücreleri ihmal edilebilir düzeyde etkileyerek, antikanser ilaçların kemoterapötik etkilerini artırmada umut verici olduğunu göstermektedir.