Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
4 results
Search Results
Research Project Biyolojik-kimyasal reaksiyonların benzetimi için Monte Carlo teknikleri(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2012) Altınkaya, Mustafa Aziz; İnal, Fikret; Baran, YusufKimyasal reaksiyonların stokastik modellemesi, reaksiyondaki molekül sayılarının az olduğu durumda, her bir molekülün ne zaman reaksiyona gireceğinin tam olarak belirlenememesi nedeniyle yalnızca makroskopik ölçekte doğru olan gerekirci yönteme göre daha başarılıdır. Gillespie’nin geliştirdiği stokastik benzetim algoritması (SBA) Monte Carlo teknikleriyle sistemdeki bir sonraki reaksiyonun hangi reaksiyon olacağını ve ne zaman gerçekleşeceğini belirlemektedir. Ancak SBA’nın molekül sayıları arttıkça işlem yoğunluğu çok artmaktadır. Bu durumda, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu koruması koşulunu bozmayacak miktarda çok kez ateşleyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktarını tau peryodu ile güncelleyen tau-atlama algoritması işlem yoğunluğunu önemli ölçüde azaltmaktadır. Her bir reaksiyon kanalının tau aralığında ateşlenme adedini belirleyen Poisson değişken, reaksiyona girme eğilimi ile tau'nun çarpımı çok büyüdüğünde Gauss gibi davranmaya başlar. Bu durumda reaksiyondaki konsantrasyonları belirleyen stokastik türev denklemi Kimyasal Langevin Denklemi’ne (KLD) karşılık gelir. KLD’deki Gauss sürecin yerine Levy (alfa) - kararlı daha dürtün bir sürecin konması, KLD’nin tanımladığı Brown hareketini Levy uçuşuna dönüştürür. Kimyasal Langevin-Levy Denklemi (KLLD) olarak tanımlanan bu denklem az sayıdaki molekülün bulunduğu biyokimyasal reaksiyonları daha iyi modelleyebilir. Maltozdan glukoz elde edilen bir Michaelis-Menten sistemi ve daha çok reaksiyon içeren laktuloz hidrolizi sırasındaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonlarında KLLD’nin SBA ve KLD’ye kıyasla daha fazla gerekirci eğriden sapmaya neden olduğu ancak aynı ortalama davranışın takip edildiği görülmektedir. Bu çalışma biyokimyasal reaksiyon benzetininde KLLD’ye dayalı tau-atlamanın kullanılabileceğini göstermiştir.Research Project Prostat ve Meme Kanseri Teşhis ve Tedavisi için Hedefli Plazmonik Nanokabuk ve Nanoçubukların Geliştirilmesi(2018) Bulmuş Zareie, Esma Volga; Yavaşoğlu Karabay, Nefise Ülkü; Seyrantepe, VolkanGerçekleştirilen projenin amacı, seçici olarak meme ve prostat kanseri tümörlerini hedef alıp bu hücreleri yok eden, aynı zamanda tümörün görüntülenmesine de olanak tanıyan nanoteknoloji ürünü teranostik bir sistem geliştirmek ve bu sistemin teşhis ve tedavi etkinliğini in vitro ve in vivo deneyler ile ispatlamaktır. Bu amaca yönelik olarak, biyouyumlu ve seçici antikorlar ile modifiye edilmiş altın nanoçubuk ve nanokabukların üretilmesi, bu nanotanecikler kullanılarak farelerdeki tümörlerin görüntülenmesi ve fototermal lazer terapi ile etkin bir şekilde yok edilmesi hedeflenmiştir. Altın nanotanecikler, eşsiz biyouyumluluk, optik ve elektronik özellikleri sayesinde teranostik sistemler olarak kullanılmaktadır. Yüzeyleri uygun ligandlar ile modifiye edilmiş altın nanotanecikler kanserli hücreleri seçici olarak hedefleyebilmekte ve plazmonik özellikleri sayesinde zararlı olmayan yakın kızılötesi (near-infrared) (NIR) lazer ışıması altında fototermal etki ile kanser hücrelerini yok edebilmektedirler. Altın nanotanecikler, aynı zamanda ?yüzey arttırılmış Raman spektroskopisi? (SERS) ve ?NIR termal görüntüleme? teknikleri için mükemmel ajanlardır. Altın nanoçubuklar ve nanokabuklar, nanoküre geometrisine kıyasla, daha üstün plazmonik özellik gösterir. Gerçekleştirilen projede, poli(etilen glikol) (PEG) ile kaplı altın nanoçubuklar ve birden fazla nanoçubuk içeren lipid esaslı nanokabuklar sentezlenmiştir. Üretilen nanotaneciklerin yüzeylerine, meme ve prostat kanser hücrelerinin membranlarında yüksek miktarlarda bulunduğu son yıllarda belirlenen ve sialik asit ailesinin farklı bir türü olan KDN (2-keto-3- deoxy- D-glycero-D-galacto-nononic acid) reseptörünü hedefleyen seçici antikorlar (anti-KDN antikorları) konjuge edilmiştir. Üretilen hedefli nanotaneciklerin fototermal tedavi etkinlikleri öncelikle in vitro, daha sonra prostat ve meme kanser fare modellerinde in vivo deneyler ile belirlenmiştir. Nanotaneciklerin in vivo görüntüleme potansiyeli, SERS ve NIR termal görüntüleme teknikleri ile ortaya çıkarılmıştır. Anti-KDN antikorları ile hedeflenmiş nanotaneciklerin üretimi ve etkinliklerinin belirlenmesi, bildiğimiz kadarıyla literatürde henüz rapor edilmemiş olup gerçekleştirilen proje tamamen özgün değere sahiptir. Ayrıca, proje kapsamında literatür için yeni, birden fazla nanoçubuk taşıyan lipid nanokabuk yapılar üretilmiş ve ik defa bu yapıların fototermal etkisine yönelik bulgular elde edilmiştir. Proje çalışmaları, özellikle prostat tümörlerini ve potansiyel olarak meme tümörlerini seçici bir şekilde görüntülemeyi ve yoketmeyi sağlayacak yeni bir nanosistemin geliştirilmesi yönünde güçlü bir temel sağlamıştır.Conference Object Citation - WoS: 2Incorporation of Equisetum Arvense Extract Into Silk Fibroin-Hyaluronic Acid Sponge Matrices for Wound Dressing Applications(Elsevier, 2012) Uslu, Mehmet Emin; Erdoğan, İpek; Bayraktar, OğuzEquisetum arvense extract has frequently been investigated for its antioxidant capacity, antimicrobial and antitumor properties. However, one of the challenges in natural compound investi-gations is to maintain the stability of polyphenolic compounds during their storage and applications. For this purpose extracts can be incorporated into different forms of biomaterial. In this research silk fibroin (SF) and hyaluronic acid (HA) was used as sponge matri-ces for wound dressing application.Article Citation - WoS: 18Citation - Scopus: 17Cnt Incorporated Polyacrilonitrile/Polypyrrole Nanofibers as Keratinocytes Scaffold(Trans Tech Publications, 2019) İnce Yardımcı, Atike; Aypek, Hande; Öztürk, Özgür; Yılmaz, Selahattin; Özçivici, Engin; Meşe, Gülistan; Selamet, YusufPolypyrrole (PPy) is an attractive scaffold material for tissue engineering with its non-toxic and electrically conductive properties. There has not been enough information about PPy usage in skin tissue engineering. The aim of this study is to investigate biocompatibility of polyacrilonitrile (PAN)/PPy nanofibrous scaffold for human keratinocytes. PAN/PPy bicomponent nanofibers were prepared by electrospinning, in various PPy concentrations and with carbon nanotube (CNT) incorporation. The average diameter of electrospun nanofibers decreased with increasing PPy concentration. Further, agglomerated CNTs caused beads and disordered parts on the surface of nanofibers. Biocompatibility of these PAN/PPy and PAN/PPy/CNT scaffolds were analyzed in vitro. Both scaffolds provided adhesion and proliferation of keratinocytes. Nanofiber diameter did not significantly influence the morphology of cells. However, with increasing number of cells, cells stayed among nanofibers and this affected their shape and size. In this study, we demonstrated that PAN/PPy and PAN/PPy/CNT scaffolds enabled the growth of keratinocytes, showing their biocompatibility.