Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9
Browse
6 results
Search Results
Review A review on the removal of viruses by adsorption(Gazi University, 2023) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sila; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, HarunThe potential dangers of Covid-19 (SARS-CoV-2 Infection), which spread to almost all countries from Wuhan, China's Hubei province in 2020, have been the focus of attention of scientists worldwide Serious impact processes of Covid-19, ranging from pneumonia to severe acute respiratory infections and from kidney failure to death, continue to threaten millions of people. Isolation of pandemic species is of great importance for the development of appropriate treatment protocols in emerging viral infections. For this, it is necessary to develop existing methods as well as new methods. Viruses do not exist in living form in nature and they need other creatures to transfer their genetic material. In this respect, water resources and air appear as the most important means of transmission. Adsorption processes for the transmission means can be applied to prevent the spread of viruses and to inactivate them. In this review, the interactions of viruses with various adsorbents containing carbonaceous, oxidized, porous anf metal organic framework materials were examined. Electrostatic interactions were found to be more effective in target types of adsorbing processes of adsorbents used in water and air purification. Since the virus surface carries various organic functional groups, it is seen that it will interact with different adsorbents electrostatic and in this way they can be removed and both isolated and rendered ineffective. We think that our study will contribute to effective solutions to prevent the spread of other pathogens, including coronaviruses, by adsorption processes to be applied to air and water sources and to disinfect the specified transmission means.Article Adsorpsiyon ile Virüslerin Giderilmesine İlişkin Bir İnceleme(Gazi Üniversitesi, 2021) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sıla; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun2020 yılında Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinden neredeyse tüm ülkelere yayılan Covid-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu)’un potansiyel tehlikeleri, dünya çapında bilim insanlarının ilgi odağı olmuştur. Covid-19’un pnömoniden ağır akut solunum yolu enfeksiyonlarına ve böbrek yetmezliğinden ölüme kadar uzanan ciddi etki süreçleri milyonlarca insan için tehdidini sürdürmektedir. Ortaya çıkan yeni viral enfeksiyonlarda uygun tedavi protokollerinin geliştirilmesi için pandemik türlerin izolasyonu büyük önem arz etmektedir. Bunun için yeni yöntemlerin yanında mevcut yöntemlerin de geliştirilmesi gereklidir. Virüsler doğada canlı formda bulunmazlar ve genetik materyalini aktarabilmek için başka canlılara ihtiyaç duyarlar. Ayrıca izole edilmiş yüzeylerde hızla inaktif hale getirilebilirler. Bu yönüyle su kaynakları ve hava en önemli iletim vasıtaları olarak karşımıza çıkmaktadır. Virüslerin yayılmasının önüne geçmede ve onları etkisiz hale getirmede iletim vasıtalarına yönelik adsorpsiyon işlemleri uygulanabilmektedir. Bu derlemede, virüslerin karbonlu, oksitli, gözenekli materyaller ve metal organik kafes yapıları içeren çeşitli adsorbanlarla etkileşimleri incelendi. Su ve hava arıtmasında kullanılan adsorbanların hedef türleri adsorplama işlemlerinde elektrostatik etkileşimlerin daha etkili olduğu belirlendi. Virüs yüzeyinin çeşitli organik fonksiyonel grupları taşıması nedeniyle farklı adsorbanlar ile elektrostatik etkileşime geçeceği ve bu şekilde de onların uzaklaştırılarak hem izole edilmesi hem de etkisiz hale getirilmesi mümkün görülmektedir. Çalışmamızın Koronavirüsler dahil diğer patojenlerin hava ve su kaynaklarına uygulanacak adsorpsiyon işlemleri ile yayılmalarının engellenmesine ve belirtilen iletim vasıtalarının dezenfekte edilmesine yönelik etkili çözümlere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.Conference Object Citation - Scopus: 2Yara İyileşmesi Mikroskopi Görüntü Serilerinin Otomatik Analizi - Bir Ön-çalışma(IEEE, 2020) Mayalı, Berkay; Şaylığ, Orkun; Yalçın Özuysal, Özden; Pesen Okvur, Devrim; Töreyin, Behçet Uğur; Ünay, DevrimCollective cell analysis from microscopy image series is important for wound healing research. Computer-based automation of such analyses may help in rapid acquisition of reliable and reproducible results. In this study phase -contrast optical microscopy image series of an in-vitro wound healing essay is manually delineated by two experts and its analysis is realized, traditional image processing and deep learning based approaches for automated segmentation of wound area are developed and their perlOrmance comparisons are carried out.Conference Object Citation - Scopus: 1A Preliminary Study on Cell Motility Analysis From Phase-Contrast Microscopy Image Series(IEEE, 2020) Kayan, Emre; Kavuşan, Tarık; Önal, Sevgi; Pesen Okvur, Devrim; Yalçın Özuysal, Özden; Töreyin, Behçet Uğur; Ünay, DevrimAnalyses of morphology, polarity, and motility of cells is important for cell biology research such as metastatic and invasive capacity of cells, wound healing, and embryonic development. Automation of such analyses using image series of phase-contrast optical microscopy, which allows label-free imaging of live cells in their living environment, is a need. With this purpose, in this study image series of a cell motility experiment is manually annotated, and an automation algorithm realizing motion and shape analyses of cells using the annotated data is developed. In addition, due to the low number of annotated data at hand, a U-Net based solution is devised for automated segmentation of the cells and its performance is evaluated.Article Citation - WoS: 1Pasif Tümör Hedefli İnorganik İlaç Nanotaşıyıcıların Akciğer Sağlıklı ve Kanser Hücreleri Üzerindeki Uzun Dönemli Etkisi(Gazi Üniversitesi, 2020) Dağlıoğlu, Cenk; Kacı, Fatma Necmiyeİlaç nanotaşıyıcıları, kontrollü ve sürekli ilaç salım özellikleri ile kanser tedavisinde büyük bir potansiyele sahiptir. Bu nanotaşıyıcılar pasif veya aktif hedefli olarak ilaç taşınımı sağlayabilmektedir, ancak aktif hedefli muadillerine göre, pasif hedefli nanotaşıyıcılar tümörlü dokularda daha yavaş ve düşük düzeyde ilaç birikimi sağladığından kanserli hücrelerin yanında sağlıklı hücrelerde uzun süre bu nanotaşıyıcılara maruz kalmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada, pasif hedefli ilaç nanotaşıyıcıların insan akciğer epitel BEAS-2B hücreleri ve insan akciğer kanser A549 hücreleri üzerindeki uzun dönem etkileri araştırıldı. Bunun için, görüntüleme ve tedavi edici özellikleri bir arada barından Fe3O4@SiO2(FITC)-DOX formülasyonuna sahip ilaç nanotaşıyıcıları kullanıldı ve hücresel birikim, sitotoksisite ve apoptoz üzerindeki etkileri araştırıldı. Hücresel alım ve sitotoksisite deneyleri, pasif hedefli nanotaşıyıcıların kanser hücresi canlılığının etkin bir şekilde azalttığını gösterirken, 24 saatlik inkübasyon sürecinde sağlıklı hücreler üzerinde kayda değer bir etki görülmedi. Ancak 96 saatlik uzun inkübasyon sürecinde, sağlıklı BEAS-2B hücreleri makul seviyelerde nanotaşıyıcı alımı gerçekleştirirken, A549 kanser hücrelerine kıyasla düşük düzeylerde ilaç-aracılı sitotoksisite sergiledi. Ayrıca, nanotaşıyıcılar A549 hücrelerindeki apoptoz seviyelerini önemli ölçüde artırırken, BEAS-2B hücrelerinde 96 saat sonunda dahi apoptotik etki göstermedi. Bu sonuçlar, pasif hedefli inorganik ilaç nanotaşıyıcıların, sağlıklı hücreleri ihmal edilebilir düzeyde etkileyerek, antikanser ilaçların kemoterapötik etkilerini artırmada umut verici olduğunu göstermektedir.Article Citation - WoS: 42Citation - Scopus: 48The Roles of Bioactive Sphingolipids in Resveratrol-Induced Apoptosis in Hl60 Acute Myeloid Leukemia Cells(Springer Verlag, 2011) Çakır, Zeynep; Saydam, Güray; Şahin, Fahri; Baran, YusufPurpose Acute promyelocytic leukemia results from a translocation between 15 and 17 chromosomes that produce PML/RARa fusion protein. PML/RARa inhibits differentiation of myeloid precursor cells at stem cell level. Resveratrol is a phytoalexin that exerts cytotoxic effects on cancer cells. Ceramides have crucial roles in cell growth, proliferation, differentiation, drug resistance, and apoptosis. In this study, we examined the possible cytotoxic effects of resveratrol on acute myeloid leukemia cells and determined the roles of ceramide-metabolizing genes in resveratrol-induced apoptosis, in addition to investigating the possibility of increasing the sensitivity of HL60 cells to resveratrol by manipulating sphingolipids. Methods Cytotoxic effects of resveratrol, C8:ceramide, PDMP, and SK-1 inhibitor were determined by XTT cell proliferation assay. Changes in caspase-3 enzyme activity and mitochondrial membrane potential (MMP) were measured using caspase-3 colorimetric assay and JC-1 MMP detection kit. Expression levels of ceramide-metabolizing genes were examined by RT-PCR. Results The results revealed that manipulations of ceramide metabolism toward generation or accumulation of apoptotic ceramides increased apoptotic effects of resveratrol in HL60 cells, synergistically. More importantly, gene expression analyses revealed that resveratrol-induced apoptosis via increasing expression levels of ceramide generating genes and decreasing expression levels of antiapoptotic sphingosine kinase-1 and glucosylceramide synthase genes. Conclusion These results showed for the first time that increasing intracellular levels of ceramides by biochemical approaches has also increased sensitivity of HL60 cells to resveratrol. We also showed that resveratrol induces apoptosis through manipulating ceramide-metabolizing genes that resulted in the accumulation of ceramides in HL60 cells.