Floresanlı yerinde hibritleme (FISH) yöntemi ile bazı indikatör ve patojen bakterilerin çiğ kanatlı etlerinde ve kıymada saptanması

Abstract

Floresanlı yerinde hibritleme (FISH, Fluorescent in situ hybridization), mikroorganizmaların nükleik asit dizilerine özgül, floresan işaretli DNA probları ile hedefin işaretlenmesi ve floresan mikroskobunda görüntülenmesi prensibine dayanan bir yöntemdir. Bu çalışmada gıda güvenliği ve sanitasyon indeksi olarak kullanılan indikatör mikroorganizma (Escherichia coli) ve gıda kaynaklı hastalıklara neden olan patojenlerin (Salmonella ve Listeria) İzmir’de satışa sunulan tavuk göğüs eti, hindi göğüs eti ve kıymada saptanması için floresanlı yerinde hibritleme yönteminin (FISH) kullanım olanağı araştırılmıştır. Çalışma 2 aşamadan oluşmaktadır. İlk aşamada söz konusu indikatör ve patojen mikroorganizmaların tavuk/hindi göğüs filetolarına veya kıyma örneğine inokülasyonu yapıldıktan sonra geleneksel yöntemlerle ve FISH tekniği ile sayım yapılmış ve ikinci aşamada ise piyasadan satın alınan örneklerde söz konusu mikroorganizmalar geleneksel yöntemlerle ve FISH tekniği ile saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar kıyaslanarak yöntemin uygulanabilirliği belirlenmiştir. FISH tekniğinin uygulanabilirliği E. coli, Salmonella enterica serovar Typhimurium, Salmonella enterica serovar Enteritidis, L. monocytogenes ve L. innocua kültürleri kullanılarak test edilmiştir. Tüm bakteri kültürleri türe spesifik problarla pozitif hibridizasyon sinyali vermiştir. Tüm bakteri suşları Eub338 ile hibridize olurken hiç bir bakteri kültürü Non338 ile hibridize olmamıştır. Ent, Sal3 ve Lis637 problarının kullanıldığı 16S veya 23S rRNA FISH metodu tavuk/hindi göğüs filetolarında veya kıymada E. coli, Salmonella ve Listeria türlerinin saptanması için hızlı bir yöntem olarak uygulanmış ve Standart kültürel yöntemle kıyaslanmıştır. Analiz edilen 216 örnekten Standart kültürel yöntemle 5 örnekten Salmonella izole edilirken, FISH yöntemi ile 9 örnekte Salmonella saptanmıştır. Ancak, Standart kültürel yöntemle 27 örnekte Listeria saptanırken FISH yöntemi ile 25 örnekte Listeria belirlenmiştir. Sonuçlar FISH’in E. coli, Salmonella ve Listeria türlerinin tavuk/hindi göğüs filetolarında veya kıymada saptanmasında ve sayımında umut verici bir teknik olduğunu göstermektedir.