tRNA'lardan kökenlenen küçük RNA fragmanlarının etkileştiği komplekslerin tanımlanması ve gelişim üzerine etkilerinin araştırılması

Abstract

Bir dizi genom projesinin tamamlanması ve sekanslama teknolojisinin gelişmesine paralel olarak ökaryotik bir hücrede bulunan transkriptomu algılayışımız oldukça değişmiştir. 15-26 nükleotit uzunluğunda küçük RNA’ları sekanslamaya imkan veren bu teknoloji sayesinde daha önce “çöp DNA” olarak ileri sürülen genomik bölgelerden endojen siRNA’ların üretildiği tespit edilmiştir. Detaylı analizler, ökaryotik hücrelerde yapısal olarak bilinen mRNA, rRNA, snoRNA ve tRNA’lardan da küçük RNA’ların üretildiğini göstermiştir. Drozofila embriyonik gelişiminin model olarak kullanıldığı bu projede drozofila embriyo ve S2 hücre hattı sitozolik ekstraktları translasyonal statülerine göre fraksiyonlara ayrılarak tRNA’lardan kökenlenen fragmanların etkileştikleri komplekslerin tanımlanması amaçlanmıştır. Aşırı ifade ve in situ hibridizasyon yöntemleri kullanılarak ilgili tRNA fragmanlarının hücre içi konumları belirlenmiştir. Ayrıca, embriyolara mikroenjeksiyon ve mutant sineklerde fragman analizleri yapılarak tRNA fragmanlarının gelişim üzerine etkileri incelenmiştir.