Ms Homolog özelliğe dayalı veritabanı aramalarının kapsamının genişletilmesi

Abstract

Proteomik, çalışılan proteinin işlevini, yerini, etkileşimi ve diğer özelliklerini inceleyen bir bilim dalıdır. Kütle spektrometresi (MS) bu alanda kullanılan bir analitik tekniktir. Bu teknik, birkaç saat içerisinde binlerce spektrumlar üretilmesine olanak sağlamaktadır. Bu alanda, temel olarak iki yaklaşım bulunmaktadır: veritabanı araması ve de novo dizileme. Veritabanı araması, bilinen bir protein dizisi söz konusu olduğunda spektrumlara tahmin atamaları yapılmasına fırsat vermektedir. Fakat tahminler, veritabanında dizinin doğru bir şekilde eklenmiş olmasına bağlıdır. Dizinin veritabanında yer almadığı durumlarda, de novo dizileme algoritmaları ile veritabanından herhangi bir yardım almadan incelenen protein hakkında sonuç elde edilebilmektedir. Fakat bu algoritmaların başarısı spektrumların kalitesine oldukça bağlıdır. Veritabanı aramalarında, hata-toleranslı tanımlamaya olanak veren bazı yöntemler bulunmaktadır. Peptit dizi etkiletleme (PDE) bu amaçla kullanılan bir tekniktir. PDE, arama alanını azaltmak amacı ile veritabanının filtrelemesinde de kullanılan kısa amino asit dizisidir. Fakat PDE’ler, öncül yon kütlesine bağlıdır ve bu yüzden öncül iyon kütlesindeki herhangi bir değişiklik PDE yaratılmasını engellemektedir. Ayrıca, veritabanında protein dizisi bulunmadığı durumlarda homoloji arama yapılması da yararlı olabilmektedir. Bu strateji, yakın türler üzerinde veritabanı aramasını olanak sağlamaktadır. Mevcut homoloji arama yöntemleri de novo dizileme algoritmalarına dayalı olarak çalışmaktadır. Fakat kullanılan de novo dizileme algoritmaları modellemede bazı matematiksel hataları içerebilmekte ve spektrumlara her zaman tahmin verememektedirler.