Neuroblastoma Ras (NRAS) Mutasyonlu Melanomda Negative Regulator Of Antiviral Response (NRAV) Uzun Kodlamayan RNA'nın Tip-2 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin İmmünoterapi Yanıtıyla İlişkilerinin Araştırılması

Abstract

Bu çalışma, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) NRAV'ın tip II interferon (IFN-γ) sinyal yolaklarını düzenlemedeki rolünü ve bunun melanoma biyolojisi ile immünoterapi etkinliği üzerindeki etkilerini incelemektedir. NRAS mutasyonuna sahip SKMEL147 melanoma hücre hattı kullanılarak, IFN-γ uyarımı öncesi ve sonrası koşullarda interferonla uyarılan genlerin (ISG) ekspresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki değişiklikleri değerlendirmek amacıyla NRAV aşırı ifade eden hücre modelleri oluşturulmuştur. NRAV'ın aşırı ifadesi, IFIT2, IRF1 ve PD-L1 gibi kritik ISG'leri baskılayarak IFN-γ–STAT1 sinyal yolunun inhibe edildiğini göstermiştir. Fonksiyonel olarak, NRAV hücre büyümesini azaltmış ve hücre ölümünü nekroza kaydırmıştır; bu bulgu koloni oluşum deneyleri ve akış sitometrisi ile doğrulanmıştır. RNA pulldown sonrası yapılan proteomik analiz, NRAV ile ilişkili proteinlerin otofaji, translasyon ve mitokondriyal stres yanıtlarında rol aldığını ortaya koyarak, NRAV'ın hücre kaderini post-transkripsiyonel düzeyde düzenleyebileceğini göstermiştir. Melanoma immünoterapisi veri setlerine uygulanan makine öğrenmesi, LINC02273, LINC01833 ve MIR210HG gibi immünoterapiye yanıtla ilişkili olabilecek çok sayıda lncRNA'yı belirlemiş, ZFAT-AS1 ve CSRP3-AS1 gibi yeni adayları da ortaya koymuştur. Bu bulgular, NRAV'ın hem IFN aracılı bağışıklığı baskılayıcı hem de nekrotik hücre ölümünü düzenleyici ikili işlevine dikkat çekmekte olup, onu gelecekteki mekanistik ve terapötik çalışmalar için potansiyel bir hedef haline getirmektedir. Bu araştırma, melanomada bağışıklık düzenleyici lncRNA'ların anlaşılmasını derinleştirerek, immünoterapi direncinde biyobelirteç ve hedef keşfi için yeni yollar açmaktadır.This work examines the function of the long non-coding RNA (lncRNA) NRAV in regulating type II interferon (IFN-γ) signaling and its effects on melanoma biology and immunotherapy efficacy. Utilizing the NRAS-mutant SKMEL147 melanoma cell line, we developed NRAV-overexpressing models to evaluate alterations in interferon-stimulated gene (ISG) expression, proliferation, and cell mortality under both basal and IFN-γ–stimulated conditions. NRAV overexpression specifically downregulated critical ISGs, including IFIT2, IRF1, and PD-L1, indicating inhibition of the IFN-γ–STAT1 signaling pathway. NRAV functionally decreased cell growth and shifted cell death towards necrosis, a conclusion corroborated by colony formation experiments and flow cytometry. Proteomic study subsequent to RNA pulldown revealed NRAV-associated proteins implicated in autophagy, translation, and mitochondrial stress responses, suggesting post-transcriptional regulatory functions of NRAV in determining cell fate. Machine learning applied to melanoma immunotherapy datasets discovered many lncRNAs, including LINC02273, LINC01833, and MIR210HG, as possible biomarkers for treatment response, alongside novel candidates such as ZFAT-AS1 and CSRP3-AS1. These findings underscore NRAV's dual function as an inhibitor of IFN-mediated immunity and a regulator of necrotic cell death, establishing it as a candidate for future mechanistic and therapeutic investigations.