Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
163 results
Search Results
Master Thesis Development and Characterization of Affinity-Maturated Nanobodies Targeting B-Lymphocyte Antigen Cd19(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Al Alı, Ghazi; Güner, Şerife Ayaz; 01. Izmir Institute of TechnologyB-Hücre Akut Lenfoblastik Lösemi (B-ALL), B-lenfositlerin kontrolsüz çoğalması ile karakterize bir lösemi alt tipidir. B-ALL tanısı kan sayımları, immünfenotipleme, sitogenetik analiz ve moleküler testlere dayanır. B-ALL tedavi stratejileri arasında kemoterapi, radyoterapi, allojenik kemik iliği nakli ve kök hücre nakli bulunur. B-ALL'nin tanı ve tedavisinde, bir B-lenfosit antijeni olarak bilinen CD19 proteinine özgü antikorlar veya antikor parçaları yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak, hedef antijenlere özgü antikor üretimi genellikle yüksek maliyetlidir. Yalnızca ağır zincirli deve antikorlarının ağır zincir değişken bölgesini oluşturan nanokütlelerin (nanobody, Nb) daha avantajlı olduğu gösterilmiştir. (H. Wang ve ark., 2021a) çalışmasında, doğal bir Nb-ekspresyonlu faj gösterim kütüphanesinden seçilen ve CD19'a afinitesi olan üç nanokütle (Nb) test edilmiştir. Deve antikorlarının ağır zincirlerinden türetilen ve antikorların tek zincirli ağır değişken bölgesini oluşturan bu nanokütleler in-silico olarak olgunlaştırılmıştır. Üç nanokütleden ikisi, in-silico performanslarına dayanarak dört varyantla birlikte seçilmiştir. Bu çalışmanın amacı, kurum içinde geliştirilen afinite olgunlaştırma protokolünün (yapı tahmini, filtreleme ve derecelendirme) uygulanabilirliğini, afinitesi olgunlaştırılmış varyantların in-vitro üretimi ve fonksiyonel karakterizasyonuyla ana nanokütlelere karşı doğrulamaktır. Ayrıca, nanokütlelerin in-silico afinitesi olgunlaştırılmasıyla ilgili çeşitli paradigmalar ve modellerin deneysel gerçeklik karşısındaki durumu üzerine değerlendirmelerde bulunulmuştur.Master Thesis Proteomic analysis of benzylisoquninoline alkaloid (BIA) biosynthesis in different opium poppy cultivars and examination of differentially expressed proteins in relation to bia content(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Frary, Anne; Frary, Anne; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyHaşhaş (Papaver somniferum), eczacılıkta kullanılan benzilizokinolin alkaloidleri (BIA) üretmesi nedeniyle Türkiye için stratejik öneme sahip bir bitkidir. Yalnızca haşhaş bitkisinden elde edilebilen bu alkaloidler, ağrı kesici, öksürük kesici ve narkotik amaçlı ilaç olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. Türkiye'nin haşhaş çeşitleri, yüksek BIA içeriği hedeflenerek geliştirilmiş olup küresel rekabet için verimlerinin artırılması gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı haşhaş çeşitlerinin belirli organlarındaki protein seviyelerinin değişen BIA içeriği ile ilişkili olarak karşılaştırılmasını içeren proteomik bir yaklaşım kullanılmıştır. Çalışmada, belirli alkaloidler açısından öne çıkan üç Türk haşhaş çeşidi kullanılmıştır: tebain (TMO T), morfin (Ofis 2) ve noskapin (Ofis NM). Haşhaş bitkisinin belirli dokularından alınan protein ekstraktları, LC-MS/MS kullanılarak incelenmiş ve ardından kuru kapsüllerdeki BIA miktarı TLC/HPLC analizleriyle ölçülmüştür. Bu şekilde, farklı haşhaş çeşitlerinin ve organlarının protein ekspresyon modelleri ile kapsüllerdeki alkaloid birikimi arasındaki bağlantılar araştırılmış ve BIA metabolizmasının biyosentetik ve düzenleyici yollarına dair bilgi edinilmiştir. İncelenen beş doku arasında, olgun kapsüller en yüksek sayıda anlamlı farklı şekilde ifade edilen proteini gösterirken, Ofis 2 protein ifade profilleri açısından tüm dokularda TMO T ve Ofis NM'den belirgin şekilde ayrışmıştır. BIA yolağındaki kilit enzimler, üç haşhaş çeşidinin kapsülleri ve lateks içeren gövdeleri arasında anlamlı yukarı ve aşağı regülasyon göstermiştir. Gelecekteki araştırmalar, BIA biyosentezini aydınlatmak ve manipüle etmek için karakterize edilmemiş proteinlerin işlevlerini, çoklu omik entegrasyonunu, dokuya özgü enzim lokalizasyonunu ve işlevsel gen çalışmalarını araştırabilir. Bu sayede farmasötik amaçlar için yüksek verimli haşhaş çeşitlerinin geliştirilmesine olanak sağlanabilir.Master Thesis The Use of Crispr Cas9 Technology To Reduce Polyphenol Oxidase (PPO) Enzyme Activity in Eggplant(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Dalgıç, Fatma Hacımalak; Doğanlar, Sami; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyPatlıcan (Solanum melongena), Solanaceae ailesinin önemli bir üyesidir ve ekonomik potansiyeli ve zengin besin değeriyle öne çıkmaktadır. Patlıcan, dünyada en fazla üretimi yapılan sebzelerden biridir. Ayrıca, patlıcanın benzersiz genetik yapısı ve zorlu çevre koşullarına uyum sağlayabilme potansiyeli, ürün dayanıklılığı, verim ve besin içeriğini yükseltmeyi amaçlayan çalışmalar için önemli bir hedef haline getirmektedir. Genom düzenleme teknolojilerindeki son gelişmeler, özellikle CRISPR/Cas9 teknolojisi, patlıcanda spesifik genlerin düzenlemesi için umut vadetmektedir. Patlıcanın hasat edildikten sonra işlenmesinde önemli bir sorun olan enzimatik kararma, fenolik bileşiklerin oksidasyon reaksiyonundan kaynaklanmaktadır. Polifenol oksidazlar, kısaca PPO'lar bu reaksiyonu katalize etmektedir. Patlıcanda enzimatik esmerleşme yalnızca görünümde olumsuz etkilere neden olmamakla birlikte, raf ömrünü ve tüketici talebini de negatif şekilde etkilemektedir. Çalışmada, bir Türk patlıcan çeşidi olan Aydın Siyahı çeşidinin enzimatik esmerleşme sorununa hızlı ve kalıcı bir çözüm sağlamak amacıyla CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılmıştır. PPO genlerinde mutasyonlar oluşturularak, ilgili genlerin ifadesinde azalma ve esmerleşmenin azalması hedeflenmektedir. Geleneksel yöntemlerle esmerleşme probleminin çözümü zaman alıcı olacaktır ve ayrıca tüketicilerin tercih ettiği özelliklerin kaybolmasına neden olabilir. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türk tipi patlıcanda birden fazla PPO genini hedefleyebilen CRISPR/Cas9 protokolü başarıyla optimize edilmiş ve uygulanmıştır. Bir Türk patlıcan çeşidi olan Kemer tipi Aydın Siyahı için, maksimum üç rehber RNA içerecek şekilde hazırlanan vektörler ve doku kültürü rejenerasyon protokolleri bu çalışmanın önemli başarılarıdır.Master Thesis Development and Characterization of Solanum Linnaeanum Hairy Root Lines(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Doğanlar, Sami; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologySolanum lınnaeanum, birçok Afrika ülkesinde geleneksel olarak tedavi edici özellikleri nedeniyle sıkça kullanılır ve Solanum melongena'nın yabani bir akrabasıdır. Fenolik bileşikler ve glikoalkaloitler de dahil olmak üzere bu bitkinin ürettiği birçok ikincil metabolit, antibakteriyel, antifungal ve antiviral özellikler gösterir. Tüylü kök kültürleri ikincil metabolitlerin üretimi ve bitkinin metabolik yolaklarının çalışılması için sıkça kullanılan bir bitki doku kültürü yöntemidir. Bu çalışmada, S. l?nnaeanum ve S. melongena eksplantlarından tüylü kök hatları oluşturmak için Agrobacter?um rh?zogenes'in agropin suşlarından biri olan ATCC 43057 kullanıldı. İstatistiksel olarak anlamlı olmamasına rağmen, transformasyon verimliliği iki tür için de hipokotil eksplantlarında kotiledon eksplantlarına göre daha yüksek olarak bulundu. T-DNA bölgesinin bitki genomuna entegrasyonu PCR ile doğrulandıktan sonra, transforme edilen tüylü kökler sıvı MS besi yerinde büyütüldü ve biyokimyasal analizler yapıldı. Analizler sonucunda, S. melongena tüylü kök hatlarıyla karşılaştırıldığında, S. l?nnaeanum tüylü kök hatlarında total fenolik (5,75 mg/g kuru ağırlık) ve total flavonoid (14,85 mg/g kuru ağırlık) içeriğinin ve total antioksidan kapasitesinin (11,45 mg/g kuru ağırlık) daha yüksek olduğu gözlemlendi. Ayrıca, myb1, HQT ve Game9 genlerinin ekspresyon analizi S. l?nnaeanum tüylü kök kültürlerinde daha fazla mRNA seviyeleri gösterdi. Bu sonuçlar, ikincil metabolit üretimi için S. l?nnaeanum tüylü kök kültürlerinin, elisitörler veya biyoreaktörler kullanılarak daha da geliştirilebilecek potansiyel bir kaynak olabileceğini göstermektedir.Master Thesis The Investigation of the Role of Nf-Κb in the Proliferation and Differentiation of Hacat Cells Containing Cx26 Kid Syndrome Mutations(01. Izmir Institute of Technology, 2024) İnal, Ece; Özçivici, Gülistan Meşe; 01. Izmir Institute of TechnologyKeratit-iktiyozis-sağırlık (KID) sendromu, Connexin26 (Cx26) mutasyonlarından kaynaklanan, sağırlık ve görme bozukluklarının yanı sıra palmoplantar keratoderma (avuç içi ve ayak tabanlarında epidermisin kalınlaşması) ile karakterize edilen nadir bir genetik hastalıktır. Cx26 mutasyonları, hücre zarında kontrolsüz molekül geçişine neden olan sürekli açık, hiperaktif yarım kanalların oluşumuna yol açar. Bu durum keratinositlerin proliferasyonu ve farklılaşmasını etkilese de, Cx26 mutasyonlarından kaynaklanan epidermal değişikliklerin altında yatan mekanizmalar henüz bilinmemektedir. Proteomik çalışmalar, Cx26-D50Y KID sendromu mutasyonu içeren HaCaT keratinosit hücre hattında NF-κB sinyal yolağı proteinlerinde zenginleşme olduğunu göstermiştir. Bu nedenle, Cx26 mutant kanallarının NF-κB yolağı aracılığıyla keratinosit proliferasyon ve farklılaşma mekanizmalarını etkileyerek epidermal bozukluklara yol açabileceği hipotez edildi. Hastalarda farklı şiddetlere neden olan Cx26-G45E and Cx26-D50Y mutasyonlarını sürekli olarak ifade eden HaCaT hücrelerinin proliferasyon ve farklılaşma mekanizmaları üzerinde NF-κB sinyal yolağının rolünü araştırdık. G45E ve D50Y hücreleri sırasıyla çekirdekte bulunan en yüksek RelA ve c-Rel sinyallerini gösterdi. Ek olarak, NaSal muamelesi D50Y hücrelerinde erken ve geç apoptoz oranlarını farklı şekilde etkiledi. Dahası, erken ve geç apoptoz oranları karşılaştırıldığında G45E ve D50Y hücreleri ters yönde bir trend gösterdi. Ayrıca, NF-κB inhibisyonu, G45E hücrelerinin proliferasyon oranını azalttı. Son olarak, NaSal muamelesinden sonra G45E hücrelerinde cytokeratin10 protein seviyelerinde farklılıklar görüldü. G45E ve D50Y'de NF-κB, apoptozu farklı mekanizmalarla etkileyebilir ve D50Y'nin apoptoz mekanizmaları üzerinde farklı etkiler gösteriyor olabilir. Ayrıca, NF-κB, G45E'nin proliferasyon ve farklılaşma mekanizmalarını düzenliyor olabilir. KID sendromu için mevcut bir tedavi bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu çalışma KID sendromunun moleküler ve hücresel mekanizmalarını anlamak açısından önemlidir.Master Thesis Investigation of M1a and M6a Rna Methylations in Triple Negative Breast Cancer Cells(2024) Sağlam, Buket; Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyMeme kanseri dünya çapında kadınlarda en sık görülen kanser türüdür ve iki alt gruba ayrılır: invaziv lobuler ve invaziv duktal meme kanseri. Bunlardan invaziv duktal meme kanseri, %80 oranında dünya çapındaki meme kanserleri arasında yerini almaktadır. Üçlü negatif meme kanseri ise östrojen reseptörü, progesteron reseptörü ve insan epidermal büyüme faktörü reseptör 2'nin çoğaltılmasını gerçekleştiremeyen agresif bir meme kanseri alt türüdür. Kanser çalışmalarında RNA metilasyonları da hücrenin kaderine etkilerini kanıtlamış önde gelen modifikasyonlardır. Bütün metilasyonlarda olduğu gibi, m6A ve m1A de yazıcı, okuyucu ve silici proteinlerin yardımı ile gerçekleştirilen dinamik bir düzenleme mekanizmasına sahiptir. Bu proteinler, kanser türlerine göre farklı ifadelenme seviyelerine sahiptirler. Bu karakteristik özellikleri ile tedavi ve tespit amaçlı kullanılmaları hedeflenmektedir. Mevcut tez çalışmasında, yazıcı proteinleri olan METTL3 ve TRMT61A proteinlerinin susturulması sonrası, m6A ve m1A metilasyonlarının etkilerinin ve karşılaştırılmasının üçlü negatif meme kanseri hücrelerinden biri olan HCC1143 hücre hattında incelenmesi amaçlanmıştır. Öncelikle, METTL3 susturulması sonrası 72 saatte, maksimum düzey olan %41,2 oranında m6A miktarında azalma gözlenmiştir. Ardından fenotipik etkileri incelemek amaçlı gerçekleştirilen canlılık deneylerinde, METTL3 ve TRMT61A'nın susturulması ile sırasıyla %40,1 ve %27,4 azalma gözlemlendi. Ek olarak, TRMT61A'nın yıkılmasının aksine, yalnızca m6A metilasyonunun azalması sonucu G2/M fazında duraksama gözlenmiştir. m6A miktarının azaltılması sonucu 585 artan/azalan gen ve m1A metilasyonun azaltılması sonucu 687 artan/azalan gen tespit edilmiştir. Bunlardan 151 gen ortak olarak değişkenlik göstermiştir. Gen Ontolojisi zenginleştirme analizleri sonucunda METTL3 yıkımında hücre migrasyonu ve hücre motilite yolakları yoğun olarak gözlenmiştir. m1A azalması sonucu ise bağışıklık sistemi ve canlılığı negatif yönde etkileyen yolaklarda değişkenlik gözlenmiştir.Master Thesis Expression, Purification and Preliminary Functional Characterization of the Acidianus Two-Tailed Virus Tnpb Endonucleases(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Burgeia, Arwa Saleh; Oke, Muse; Oke, Muse; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyTnpB is an RNA-guided endonuclease encoded in the IS200/605 transposon family. It forms a complex with a self-encoded ωRNA that directs TnpB to an appropriate target DNA sequence for activity. DNA cleavage at the target site promotes homologous recombination thus ensuring propagation of IS200/605 elements. Although IS200/605 elements are abundant in prokaryotic genomes, they are rarely found in viruses. However, the Acidianus two-tailed virus (ATV), which possesses 72 genes, encodes four TnpB proteins (gp10, gp40, gp43 and gp68). In this study, bioinformatics analysis of all ATV tnpB genes demonstrated that they were all solo tnpB genes and therefore could be classified as part of the IS1341 group. TnpB proteins are characterized by having a DED catalytic site motif and a C-terminal C4 zinc finger motif. Although the ATV gp10 protein retains the DED active site motif found in most TnpB proteins, the other ATV TnpB proteins possess a different amino acid instead of the Glu residue. Additionally, the ATV TnpB proteins possess the C4 zinc finger motif except for ATV gp40, which possesses three cysteine residues. All four ATV tnpB genes were cloned and expressed in the heterologous Escherichia coli host. The gp40 and gp68 proteins were purified using Ni2+ -NTA and gel filtration chromatography. Although gp68 appears to bind to DNA, there is insufficient evidence for RNA binding. Cleavage assays revealed that gp68 demonstrated nonspecific DNA nickase and cleavage activities. The significance of this study and the broader implications regarding the possible role of TnpB in virus survival are discussed.Master Thesis Identification of Neuroinflammatory Markers in a Mouse Model With a Deficiency of Neu1(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Seyrantepe, Volkan; Seyrantepe, Volkan; Seyrantepe, Volkan; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyLysosomal neuraminidase 1 is responsible for sialic acid removal from oligosaccharides and glycoconjugates. Neu1 sialidase forms enzyme complex with protective protein cathepsin A, and glycosidase β-galactosidase. Mutations in Neu1 sialidase cause sialidosis, and Neu1-/- mice show symptoms of sialidosis patients. GM3 ganglioside is defined as substrate of lysosomal sialidase in vitro, and marked increase in GM3, GD3, and GM4 ganglioside levels in brain, spleen and liver autopsy tissues of sialidosis patients. Additionally, it was monitored that Neu1 has regulatory roles in immune response; expression of interleukins, activation of Toll-like receptor, and production of NF-kB in immune cells. However, relationship between inflammatory pathways and secondary lipid metabolisms in Neu1 sialidase deficiency remains unclear. Here, we aimed to investigate secondary lipid alterations and inflammatory response in tissues of Neu1-/- mice. In this study, lipidomic, molecular, histological and immunohistochemical analyses were performed in brain, spleen and kidney tissues of 2- and 5-month-old Neu1-/- mice. Decreasing levels of secondary lipids (phosphotidylcholine, phosphatidylethanolamine, and phosphotidylinositol) and elevated levels of pro-inflammatory cytokines, glycoconjugate accumulations, morphological degenerations, oligodendrocyte and neuronal loss, astrogliosis, and microgliosis were observed in brain, spleen and kidney of 2- and 5-month-old Neu1-/- mice. In the light of our findings, reduced levels of glycerophospholipids may be considered as biomarkers of activated inflammatory response in Type II sialidosis mice model. In the future studies, novel therapeutic strategies can target these altered glycerophospholipids, and their regulation can be crucial for alleviation of pathogenesis in sialidosis patients.Master Thesis Investigation of Biomarkers Using Lipidome-Based Research Analysis in Sialidosis(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gümüş, İlker; Seyrantepe, Volkan; Seyrantepe, Volkan; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyNeuraminidase 1, also known as N-acetyl-α-neuraminidase, is an enzyme found in lysosomes and encoded by the NEU1 gene. This enzyme is responsible for eliminating terminal sialic acids from glycoproteins and oligosaccharides. When mutations occur in the NEU1 gene, it leads to a particular lysosomal storage disorder known as sialidosis. Sialidosis is a rare genetic disorder that is inherited in an autosomal recessive manner. Sialidosis is classified into two subtypes: Type I, which has a later onset and Type II, which presents with early onset. In previous studies, an increase in glycolipid levels in visceral organs, and accumulation of sialyloligosaccharides and sialoglycoproteins were reported. However, the effect of NEU1 sialidase on secondary lipid expression levels in sialidosis pathology remains unknown. The relationship between lipid expression levels and inflammation of human and mice sialidosis fibroblasts cell lines was analyzed for the first time in this study. To understand the connection between secondary lipid alterations and inflammation in sialidosis molecular biological approaches and shotgun lipidome analysis were followed. The link between the secondary lipid alterations and its association with sialidosis was determined in our research. We have concluded that the findings not only provide the elucidation of the lipidome characteristics in sialidosis models of mice and patients, but they also have the potential to establish a connection between the lipidome features and the occurrence of neuroinflammation in sialidosis. Grasping the correlation between the changes in secondary lipids and inflammation may offer therapeutic strategies for sialidosis patients by modulating the expression of secondary lipids.Master Thesis The Effects of Calcium on Nf-Κb Pathway in Hacat Cells Containing Connexin26 Kid Syndrome Mutations(01. Izmir Institute of Technology, 2023) Yaşarbaş, Sümeyye Şüheda; Özçivici, Gülistan Meşe; 01. Izmir Institute of TechnologyKeratitis-ichthyosis-deafness (KID) syndrome is a rare genetic disorder characterized by deafness, corneal defects, and thickened, scaly skin and associated with mutations in Connexin26 (Cx26), resulting in the formation of hyperactive hemichannels that disrupt calcium (Ca2+) transfer. Ca2+ is crucial for normal epidermal cell function and may contribute to characteristics of KID syndrome. While unregulated Ca2+ transfer through aberrant Cx26 hemichannels is known to impact keratinocyte proliferation and differentiation, the specific mechanisms remained unclear. An increase in the molecules associated with the nuclear factor-κB (NF-κB) signaling pathway was observed in the D50Y mutation of KID syndrome. This suggests that Cx26 mutant channels may disrupt keratinocyte physiology through NF-κB signaling. Our study hypothesizes that Ca2+ signals altered due to Cx26 mutations affect the NF-κB pathway, potentially contributing to KID syndrome by modifying keratinocyte cell physiology. Our study showed that NF-κB activation significantly increased in D50Y cells, linked to hyperproliferation and activation was dependent on intracellular Ca2+. This was associated with increased p65 activation and nuclear localization due to hyperactive Cx26 channels in D50Y cells. These findings reveal a direct link between aberrant Ca2+ transport through Cx26 channels due to the D50Y mutation and NF-κB activation, shedding light on the hyperproliferative characteristics of Cx26 D50Y KID syndrome. Our goal was to understand how Ca2+ mechanisms impact the NF-κB pathway, potentially altering the physiology of keratinocytes expressing D50Y and G45E mutations. This research offers insights into the potential targeting of the NF-κB pathway for treating KID syndrome caused by Cx26 mutations.