Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis İnvaziv Lobüler Meme Kanserinde N6-metiladenozin (m6A) Silici Yağ Kütlesi ve Obeziteyle İlişkili (FTO) Proteinin Karakterizasyonu ve Hedef Genlerin Tanımlanması(2025) Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsMeme kanseri dünyada kadınlarda en yaygın olarak teşhis edilen bir kanser tipidir. Histolojik olarak invaziv lobüler meme kanseri memenin süt üretiminin gerçekleştiği lobüllerde meydana gelmektedir ve tüm meme kanserlerinin yaklaşık olarak %15'ini oluşturmaktadır. ER ve PR ekspresyonu yüksek HER2 ekspresyonu düşüktür ve çeşitli sinyal yolaklarında görev alan CDH1, TP53, PTEN ve AKT1, gibi genlerde mutasyon bulundurmaktadır. Kanserin regülasyonunda m6A RNA modifikasyonu gibi epitanskriptomik modifikasyonlar kanserinin biyolojik süreçlerinde görev almaktadır. m6A modifikasyonunun dinamik olarak ve geri döndürülebilir bir şekilde düzenlenmesini yazıcı, silici ve okuyucu proteinler sağlamaktadır. Bu proteinlerin ekspresyon seviyeleri kanser çeşidi ve hücre tiplerine göre farklılık göstermektedir. Bu farklılıklar kanser hücrelerinin tespiti ve tedavi edilmesi için oldukça önemlidir. Bu tezin amacı, ters genetik yaklaşımlar kullanarak FTO manipülasyonu ile MDA-MB-134 invaziv lobüler meme kanseri ilişkili fenotipler arasında bir bağlantı kurmak ve bu hücrelerde FTO'nun potansiyel hedef genlerini belirlemektir. Bu nedenle her iki hücre hattında da FTO proteini susturulmuş olup canlılığın MCF10A hücrelerinde %19,5, MDA-MB-134 hücrelerinde %16,7 oranında azaldığı; MDA-MB-134 hücrelerinin canlı hücre oranının %9,41 azaldığı ve erken apoptoz oranının %8,40 arttığı; MCF10A hücrelerinin S fazının %3,2 azalırken, MDA-MB-134 hücrelerinin S fazının %5,3 azaldığı ve G0/G1 fazında %5,1 arttığı gözlemlenmiştir. Bu nedenle MDA-MB-134 hücrelerinde bu fenotiplere sebep olabilecek ve MCF10A hücrelerinden farklı metile olan aday genler ZFP36L1, CDKN2B, SSTR2 ve AR olarak belirlenmiş ancak ekspresyon seviyelerinde FTO'ya bağlı bir değişim gözlemlenmemiştir.Master Thesis Investigation of M1a and M6a Rna Methylations in Triple Negative Breast Cancer Cells(2024) Sağlam, Buket; Akgül, Bünyamin; Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of TechnologyMeme kanseri dünya çapında kadınlarda en sık görülen kanser türüdür ve iki alt gruba ayrılır: invaziv lobuler ve invaziv duktal meme kanseri. Bunlardan invaziv duktal meme kanseri, %80 oranında dünya çapındaki meme kanserleri arasında yerini almaktadır. Üçlü negatif meme kanseri ise östrojen reseptörü, progesteron reseptörü ve insan epidermal büyüme faktörü reseptör 2'nin çoğaltılmasını gerçekleştiremeyen agresif bir meme kanseri alt türüdür. Kanser çalışmalarında RNA metilasyonları da hücrenin kaderine etkilerini kanıtlamış önde gelen modifikasyonlardır. Bütün metilasyonlarda olduğu gibi, m6A ve m1A de yazıcı, okuyucu ve silici proteinlerin yardımı ile gerçekleştirilen dinamik bir düzenleme mekanizmasına sahiptir. Bu proteinler, kanser türlerine göre farklı ifadelenme seviyelerine sahiptirler. Bu karakteristik özellikleri ile tedavi ve tespit amaçlı kullanılmaları hedeflenmektedir. Mevcut tez çalışmasında, yazıcı proteinleri olan METTL3 ve TRMT61A proteinlerinin susturulması sonrası, m6A ve m1A metilasyonlarının etkilerinin ve karşılaştırılmasının üçlü negatif meme kanseri hücrelerinden biri olan HCC1143 hücre hattında incelenmesi amaçlanmıştır. Öncelikle, METTL3 susturulması sonrası 72 saatte, maksimum düzey olan %41,2 oranında m6A miktarında azalma gözlenmiştir. Ardından fenotipik etkileri incelemek amaçlı gerçekleştirilen canlılık deneylerinde, METTL3 ve TRMT61A'nın susturulması ile sırasıyla %40,1 ve %27,4 azalma gözlemlendi. Ek olarak, TRMT61A'nın yıkılmasının aksine, yalnızca m6A metilasyonunun azalması sonucu G2/M fazında duraksama gözlenmiştir. m6A miktarının azaltılması sonucu 585 artan/azalan gen ve m1A metilasyonun azaltılması sonucu 687 artan/azalan gen tespit edilmiştir. Bunlardan 151 gen ortak olarak değişkenlik göstermiştir. Gen Ontolojisi zenginleştirme analizleri sonucunda METTL3 yıkımında hücre migrasyonu ve hücre motilite yolakları yoğun olarak gözlenmiştir. m1A azalması sonucu ise bağışıklık sistemi ve canlılığı negatif yönde etkileyen yolaklarda değişkenlik gözlenmiştir.