GCRIS

Now showing 1 - 3 of 3

The Use of Crispr Cas9 Technology To Reduce Polyphenol Oxidase (PPO) Enzyme Activity in Eggplant
(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Dalgıç, Fatma Hacımalak; Doğanlar, Sami; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Patlıcan (Solanum melongena), Solanaceae ailesinin önemli bir üyesidir ve ekonomik potansiyeli ve zengin besin değeriyle öne çıkmaktadır. Patlıcan, dünyada en fazla üretimi yapılan sebzelerden biridir. Ayrıca, patlıcanın benzersiz genetik yapısı ve zorlu çevre koşullarına uyum sağlayabilme potansiyeli, ürün dayanıklılığı, verim ve besin içeriğini yükseltmeyi amaçlayan çalışmalar için önemli bir hedef haline getirmektedir. Genom düzenleme teknolojilerindeki son gelişmeler, özellikle CRISPR/Cas9 teknolojisi, patlıcanda spesifik genlerin düzenlemesi için umut vadetmektedir. Patlıcanın hasat edildikten sonra işlenmesinde önemli bir sorun olan enzimatik kararma, fenolik bileşiklerin oksidasyon reaksiyonundan kaynaklanmaktadır. Polifenol oksidazlar, kısaca PPO'lar bu reaksiyonu katalize etmektedir. Patlıcanda enzimatik esmerleşme yalnızca görünümde olumsuz etkilere neden olmamakla birlikte, raf ömrünü ve tüketici talebini de negatif şekilde etkilemektedir. Çalışmada, bir Türk patlıcan çeşidi olan Aydın Siyahı çeşidinin enzimatik esmerleşme sorununa hızlı ve kalıcı bir çözüm sağlamak amacıyla CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılmıştır. PPO genlerinde mutasyonlar oluşturularak, ilgili genlerin ifadesinde azalma ve esmerleşmenin azalması hedeflenmektedir. Geleneksel yöntemlerle esmerleşme probleminin çözümü zaman alıcı olacaktır ve ayrıca tüketicilerin tercih ettiği özelliklerin kaybolmasına neden olabilir. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türk tipi patlıcanda birden fazla PPO genini hedefleyebilen CRISPR/Cas9 protokolü başarıyla optimize edilmiş ve uygulanmıştır. Bir Türk patlıcan çeşidi olan Kemer tipi Aydın Siyahı için, maksimum üç rehber RNA içerecek şekilde hazırlanan vektörler ve doku kültürü rejenerasyon protokolleri bu çalışmanın önemli başarılarıdır.
Development and Characterization of Solanum Linnaeanum Hairy Root Lines
(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Doğanlar, Sami; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Solanum lınnaeanum, birçok Afrika ülkesinde geleneksel olarak tedavi edici özellikleri nedeniyle sıkça kullanılır ve Solanum melongena'nın yabani bir akrabasıdır. Fenolik bileşikler ve glikoalkaloitler de dahil olmak üzere bu bitkinin ürettiği birçok ikincil metabolit, antibakteriyel, antifungal ve antiviral özellikler gösterir. Tüylü kök kültürleri ikincil metabolitlerin üretimi ve bitkinin metabolik yolaklarının çalışılması için sıkça kullanılan bir bitki doku kültürü yöntemidir. Bu çalışmada, S. l?nnaeanum ve S. melongena eksplantlarından tüylü kök hatları oluşturmak için Agrobacter?um rh?zogenes'in agropin suşlarından biri olan ATCC 43057 kullanıldı. İstatistiksel olarak anlamlı olmamasına rağmen, transformasyon verimliliği iki tür için de hipokotil eksplantlarında kotiledon eksplantlarına göre daha yüksek olarak bulundu. T-DNA bölgesinin bitki genomuna entegrasyonu PCR ile doğrulandıktan sonra, transforme edilen tüylü kökler sıvı MS besi yerinde büyütüldü ve biyokimyasal analizler yapıldı. Analizler sonucunda, S. melongena tüylü kök hatlarıyla karşılaştırıldığında, S. l?nnaeanum tüylü kök hatlarında total fenolik (5,75 mg/g kuru ağırlık) ve total flavonoid (14,85 mg/g kuru ağırlık) içeriğinin ve total antioksidan kapasitesinin (11,45 mg/g kuru ağırlık) daha yüksek olduğu gözlemlendi. Ayrıca, myb1, HQT ve Game9 genlerinin ekspresyon analizi S. l?nnaeanum tüylü kök kültürlerinde daha fazla mRNA seviyeleri gösterdi. Bu sonuçlar, ikincil metabolit üretimi için S. l?nnaeanum tüylü kök kültürlerinin, elisitörler veya biyoreaktörler kullanılarak daha da geliştirilebilecek potansiyel bir kaynak olabileceğini göstermektedir.
Development of Single Nucleotide Polymorphism Markers Using Genotyping by Sequencing Technique for Determination of Genetic Diversity and Population Structure in Hazelnut
(01. Izmir Institute of Technology, 2021) Doğanlar, Sami; Doğanlar, Sami; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Hazelnut (Corylus avellana L.) is a critical commodity for Turkey due to its economic and nutritional value. Turkey ranks first in world hazelnut production with 65-75% of the market. Due to the signifacance of this crop, it is crucial to preserve Turkish hazelnut genetic diversity. In the current study, a panel representing the entire national collection of 430 accessions was used. Genetic characterization of the panel revealed 7609 high-quality SNPs, 5567 of which were physically mapped to the Tombul reference genome. Fingerprint analysis indicated that all individuals could be distinguished with only seven SNP markers. Population structure analysis of the dataset indicated that the panel's genetic relationships were explained by three clusters containing 8, 17, and 25 accessions, respectively. Nearly half of the accessions had admixed ancestry. The admixed material contained 8 cultivars, 22 landraces, and 12 wild accessions indicating that nearly 50% of each type of material had admixed ancestry. An unweighted neighbor-joining dendrogram was constructed using a distance matrix computed with the identity by state distance measure. The calculated dissimilarity values ranged from 0.15 to 0.30 with a mean of 0.26. This study is the first time that the Gras-Di sequencing approach was used on a nut tree and provides a new perspective on hazelnut genetics. In addition, the panel will serve as a wellcharacterized genetic resource for future work on this economically important tree nut crop.

Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Browse

Filters

Settings

Sort By

Results per page

Search Results